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- PDB-5whl: Kelch domain of human Keap1 bound to inhibitory small molecule fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whl
タイトルKelch domain of human Keap1 bound to inhibitory small molecule fragment: hydroxyphenyl propionic acid
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / Scaffold (足場) / Inhibitor / Fragment / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROXYPHENYL PROPIONIC ACID / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Carolan, J.P. / Lynch, A.J. / Allen, K.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM118078 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Interaction Energetics and Druggability of the Protein-Protein Interaction between Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (KEAP1) and Nuclear Factor Erythroid 2 Like 2 (Nrf2).
著者: Zhong, M. / Lynch, A. / Muellers, S.N. / Jehle, S. / Luo, L. / Hall, D.R. / Iwase, R. / Carolan, J.P. / Egbert, M. / Wakefield, A. / Streu, K. / Harvey, C.M. / Ortet, P.C. / Kozakov, D. / ...著者: Zhong, M. / Lynch, A. / Muellers, S.N. / Jehle, S. / Luo, L. / Hall, D.R. / Iwase, R. / Carolan, J.P. / Egbert, M. / Wakefield, A. / Streu, K. / Harvey, C.M. / Ortet, P.C. / Kozakov, D. / Vajda, S. / Allen, K.N. / Whitty, A.
履歴
登録2017年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2536
ポリマ－73,7982
非ポリマー4544
水55831
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0652
ポリマ－36,8991
非ポリマー1661
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1874
ポリマ－36,8991
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.849, 68.306, 77.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 36899.176 Da / 分子数: 2 / 変異: E540A, E542A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: His-tagged variant including mutations for altered crystallographic packing
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-HPP / HYDROXYPHENYL PROPIONIC ACID / 3-(4-ヒドロキシフェニル)プロピオン酸 / フロレト酸


分子量: 166.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2 - 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH = 6.0 - 6.5
PH範囲: 6.0 - 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月26日
詳細: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→71.22 Å / Num. obs: 25927 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.1519 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 2545 / CC1/2: 0.482 / % possible all: 99.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WFL

5wfl


解像度: 2.5→71.218 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.67
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2841 2015 7.81 %Random selection
Rwork0.2297 ---
obs0.234 25815 99.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→71.218 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4359 0 27 31 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084493
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0666123
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8572588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062651
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007807
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56260.39241460.33811683X-RAY DIFFRACTION100
2.5626-2.63180.38161420.30871700X-RAY DIFFRACTION100
2.6318-2.70930.39741330.31091665X-RAY DIFFRACTION99
2.7093-2.79670.35991400.29931666X-RAY DIFFRACTION99
2.7967-2.89670.39631410.29651696X-RAY DIFFRACTION99
2.8967-3.01270.34771470.29111681X-RAY DIFFRACTION99
3.0127-3.14980.32781480.27051698X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.31590.31291390.24311689X-RAY DIFFRACTION100
3.3159-3.52360.30861440.23751717X-RAY DIFFRACTION100
3.5236-3.79570.24131430.21341697X-RAY DIFFRACTION100
3.7957-4.17760.22951470.18861705X-RAY DIFFRACTION100
4.1776-4.7820.19371420.16421709X-RAY DIFFRACTION100
4.782-6.02430.25111500.19271729X-RAY DIFFRACTION100
6.0243-71.24670.29011530.22521765X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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