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- PDB-5wek: GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wek
タイトルGluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1
要素Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / response to lithium ion / cellular response to glycine / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / response to lithium ion / cellular response to glycine / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / presynaptic active zone membrane / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / somatodendritic compartment / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ionotropic glutamate receptor binding / cytoskeletal protein binding / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / dendrite cytoplasm / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / protein tetramerization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / establishment of protein localization / terminal bouton / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / cerebral cortex development / シナプス小胞 / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / 成長円錐 / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / scaffold protein binding / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / glutamatergic synapse / シナプス / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / 細胞膜 / 小胞体 / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
GSG1-like / GSG1-like protein / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site ...GSG1-like / GSG1-like protein / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / リガンド依存性イオンチャネル / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZK1 / Germ cell-specific gene 1-like protein / GRIA2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Twomey, E.C. / Yelshanskaya, M.V. / Grassucci, R.A. / Frank, J. / Sobolevsky, A.I.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS093838 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS083660 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA206573 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM029169 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Channel opening and gating mechanism in AMPA-subtype glutamate receptors.
著者: Edward C Twomey / Maria V Yelshanskaya / Robert A Grassucci / Joachim Frank / Alexander I Sobolevsky /
要旨: AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid)-subtype ionotropic glutamate receptors mediate fast excitatory neurotransmission throughout the central nervous system. Gated by the ...AMPA (α-amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazole propionic acid)-subtype ionotropic glutamate receptors mediate fast excitatory neurotransmission throughout the central nervous system. Gated by the neurotransmitter glutamate, AMPA receptors are critical for synaptic strength, and dysregulation of AMPA receptor-mediated signalling is linked to numerous neurological diseases. Here we use cryo-electron microscopy to solve the structures of AMPA receptor-auxiliary subunit complexes in the apo, antagonist- and agonist-bound states and determine the iris-like mechanism of ion channel opening. The ion channel selectivity filter is formed by the extended portions of the re-entrant M2 loops, while the helical portions of M2 contribute to extensive hydrophobic interfaces between AMPA receptor subunits in the ion channel. We show how the permeation pathway changes upon channel opening and identify conformational changes throughout the entire AMPA receptor that accompany activation and desensitization. Our findings provide a framework for understanding gating across the family of ionotropic glutamate receptors and the role of AMPA receptors in excitatory neurotransmission.
履歴
登録2017年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / Item: _em_sample_support.grid_type
改定 1.32019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-8819
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
B: Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
C: Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
D: Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)471,5228
ポリマ－469,8854
非ポリマー1,6374
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area28520 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area159320 Å2

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要素

#1: タンパク質
Chimera of Glutamate receptor 2,Germ cell-specific gene 1-like protein / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2 / GSG1-like protein


分子量: 117471.211 Da / 分子数: 4
断片: UNP P19491 residues 25-847, UNP D3Z7H4 residues 2-238 linked via LINKER GTG
変異: N241E, V382L, G384E, N385D, N392Q, V1151L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Gria2, Glur2, Gsg1l / 細胞株 (発現宿主): HEK293 gnti- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19491, UniProt: D3Z7H4
#2: 化合物
ChemComp-ZK1 / {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid / [[3,4-Dihydro-7-(4-morpholinyl)-2,3-dioxo-6-(trifluorom ethyl)-1(2H)-quinoxalinyl]methyl]phosphonic acid / ZK-200775 / Fanapanel


分子量: 409.254 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15F3N3O6P / コメント: アンタゴニスト, 薬剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: GluA2 bound to antagonist ZK and GSG1L in digitonin, state 1
試料支持詳細: Gold-gold grids, hydrogen and oxygen glow discharge (20s, 10 watts, 6.4 sccm H2, 27.5 sccm O2)
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26971 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00428068
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.85937976
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.10916590
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0474220
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0074760

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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