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- PDB-5vzq: Sperm whale myoglobin V68A/I107Y with nitric oxide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vzq
タイトルSperm whale myoglobin V68A/I107Y with nitric oxide
要素Myoglobinミオグロビン
キーワードOXYGEN TRANSPORT (血液) / Heme (ヘム) / Myoglobin (ミオグロビン) / nitrosyl / nitric oxide (一酸化窒素)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen peroxide mediated signaling pathway / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ミオグロビン / Globins / Globin family profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 一酸化窒素 / 亜硝酸塩 / ミオグロビン
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
Model detailsThis stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale ...This stable porphyrin-Fe(?Ea)-nitrosoalkane complex was obtained from the reaction of sperm whale myoglobin ferric H64A and N-hydroxyamphetamine.
データ登録者Wang, B. / Thomas, L.M. / Richter-Addo, G.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1213674 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Nitrosyl Myoglobins and Their Nitrite Precursors: Crystal Structural and Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Theoretical Investigations of Preferred Fe -NO Ligand Orientations in ...タイトル: Nitrosyl Myoglobins and Their Nitrite Precursors: Crystal Structural and Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Theoretical Investigations of Preferred Fe -NO Ligand Orientations in Myoglobin Distal Pockets.
著者: Wang, B. / Shi, Y. / Tejero, J. / Powell, S.M. / Thomas, L.M. / Gladwin, M.T. / Shiva, S. / Zhang, Y. / Richter-Addo, G.B.
履歴
登録2017年5月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1765
ポリマ－17,3871
非ポリマー7894
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.816, 29.321, 63.923
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Myoglobin / ミオグロビン


分子量: 17387.127 Da / 分子数: 1 / 変異: V68A/I107Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: MB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185

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非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル / 一酸化窒素


分子量: 30.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#5: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素 / 亜硝酸塩


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 1 mM EDTA, pH 7.4 2.56 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 11655 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.033 / Χ2: 2.75 / Net I/av σ(I): 49.271 / Net I/σ(I): 49.1 / Num. measured all: 35049
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.79-1.8220.0420.9950.0330.0542.66591.9
1.82-1.852.30.0430.9960.0330.0552.69596.3
1.85-1.892.50.0430.9950.030.0532.90596.7
1.89-1.932.90.0420.9960.0290.0513.10998
1.93-1.9730.040.9970.0270.0483.04297.8
1.97-2.0230.0350.9980.0240.0432.56598
2.02-2.0730.0330.9980.0210.0392.67497
2.07-2.123.20.0330.9980.0210.0392.88298.1
2.12-2.183.20.0310.9980.020.0372.64697.5
2.18-2.263.30.0310.9990.020.0382.83896.9
2.26-2.343.30.0310.9980.020.0372.88596.8
2.34-2.433.40.0280.9990.0180.0342.73697.5
2.43-2.543.30.030.9980.0190.0362.76196.9
2.54-2.673.30.0310.9980.020.0372.73598
2.67-2.843.30.030.9980.0190.0352.6196.3
2.84-3.063.20.0270.9990.0180.0332.84997.5
3.06-3.373.20.0250.9990.0160.032.47996.4
3.37-3.863.10.0250.9990.0160.032.45597.9
3.86-4.8630.0240.9980.0160.0292.38898.2
4.86-502.60.0220.9990.0160.0273.24196.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MBW

2mbw


解像度: 1.79→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.451 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.132
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2048 556 4.8 %RANDOM
Rwork0.1566 ---
obs0.1589 11086 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.39 Å2 / Biso mean: 14.844 Å2 / Biso min: 6.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0 Å2-0.12 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1218 0 53 96 1367
Biso mean--12.49 19.95 -
残基数----153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021265
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9992.0011764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0832914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.225152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46424.18255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27615234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.489154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6011.236612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4461.232610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2411.84762
LS精密化 シェル解像度: 1.789→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 40 -
Rwork0.163 801 -
all-841 -
obs--91.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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