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万見
- PDB-5vvn: Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vvn
タイトルStructure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 4-(2-(((2-Aminoquinolin-7-yl)methyl)amino)ethyl)benzonitrile
要素Nitric oxide synthase, endothelial一酸化窒素合成酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / nitric oxide synthase (一酸化窒素合成酵素) / inhibitor complex (酵素阻害剤) / heme enzyme / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / mitochondrion organization / response to hormone / カベオラ / 凝固・線溶系 / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to lipopolysaccharide / 細胞骨格 / calmodulin binding / heme binding / ゴルジ体 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / テトラヒドロビオプテリン / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-P94 / Nitric oxide synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Li, H. / Poulos, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM57353 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Hydrophilic, Potent, and Selective 7-Substituted 2-Aminoquinolines as Improved Human Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors.
著者: Pensa, A.V. / Cinelli, M.A. / Li, H. / Chreifi, G. / Mukherjee, P. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide synthase, endothelial
B: Nitric oxide synthase, endothelial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,26015
ポリマ－99,4542
非ポリマー2,80613
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11300 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area32490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.093, 106.388, 156.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nitric oxide synthase, endothelial / 一酸化窒素合成酵素 / endothelial nitric oxide synthase / Constitutive NOS / cNOS / EC-NOS / Endothelial NOS / eNOS / NOS ...endothelial nitric oxide synthase / Constitutive NOS / cNOS / EC-NOS / Endothelial NOS / eNOS / NOS type III / NOSIII


分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: endothelial / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 7種, 106分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン / テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-P94 / 4-(2-{[(2-aminoquinolin-7-yl)methyl]amino}ethyl)benzonitrile


分子量: 302.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N4
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % / 解説: cube
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20-24% PEG3350, 0.1 M cacodylate, 140-200 mM magnesium acetate, 5 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.087 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.087 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 38722 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.052 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3889 / CC1/2: 0.361 / Rpim(I) all: 1.257 / Rsym value: 1.78 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSMarch 1, 2015データ削減
Aimless0.5.8データスケーリング
REFMAC5.8.0049位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1NSE

1nse


解像度: 2.4→39.232 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 28.71
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2339 3668 5.02 %random
Rwork0.1798 ---
obs0.1825 38654 99.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.232 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6451 0 195 93 6739
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1519344
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9312460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3965-2.4280.43961360.32852539X-RAY DIFFRACTION93
2.428-2.46120.43561410.31812679X-RAY DIFFRACTION100
2.4612-2.49640.37481540.32152648X-RAY DIFFRACTION100
2.4964-2.53370.39191670.30912689X-RAY DIFFRACTION100
2.5337-2.57320.31651560.2982635X-RAY DIFFRACTION100
2.5732-2.61540.35991640.3082646X-RAY DIFFRACTION100
2.6154-2.66050.40931220.28952708X-RAY DIFFRACTION100
2.6605-2.70890.32761360.27142668X-RAY DIFFRACTION100
2.7089-2.7610.29711360.27052711X-RAY DIFFRACTION100
2.761-2.81730.30881230.25392703X-RAY DIFFRACTION100
2.8173-2.87860.32911120.25092706X-RAY DIFFRACTION100
2.8786-2.94550.2781490.2322650X-RAY DIFFRACTION100
2.9455-3.01910.25381410.21772659X-RAY DIFFRACTION100
3.0191-3.10070.30681630.2142681X-RAY DIFFRACTION100
3.1007-3.19190.26481330.22662698X-RAY DIFFRACTION100
3.1919-3.29490.30871180.21912716X-RAY DIFFRACTION100
3.2949-3.41260.26941590.20572661X-RAY DIFFRACTION100
3.4126-3.54910.22411270.18192658X-RAY DIFFRACTION100
3.5491-3.71060.25361560.16582668X-RAY DIFFRACTION100
3.7106-3.9060.18351430.15482701X-RAY DIFFRACTION100
3.906-4.15050.25471170.14352706X-RAY DIFFRACTION100
4.1505-4.47050.18111620.12662635X-RAY DIFFRACTION100
4.4705-4.91970.15891180.11822712X-RAY DIFFRACTION100
4.9197-5.62980.22411200.14132674X-RAY DIFFRACTION100
5.6298-7.08610.16321610.16652661X-RAY DIFFRACTION100
7.0861-39.23680.19751540.15262620X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2734-0.5802-0.71351.31150.50561.9181-0.0159-0.03280.0075-0.22050.1225-0.1415-0.14440.0942-0.09330.505-0.06820.00350.3612-0.02390.418411.21810.366331.807
20.6783-0.38310.61751.4732-0.93573.27250.1214-0.0695-0.05640.02880.0094-0.0168-0.0096-0.0103-0.10490.3489-0.0454-0.00240.4055-0.00720.38332.63145.73367.4967
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 67:482)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 69:482)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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