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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vvl | ||||||
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タイトル | Cas1-Cas2 bound to full-site mimic with Ni | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / Complex / DNA (デオキシリボ核酸) / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CRISPR / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA修復 / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å | ||||||
データ登録者 | Wright, A.V. / Knott, G.J. / Doxzen, K.D. / Doudna, J.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structures of the CRISPR genome integration complex. 著者: Addison V Wright / Jun-Jie Liu / Gavin J Knott / Kevin W Doxzen / Eva Nogales / Jennifer A Doudna / 要旨: CRISPR-Cas systems depend on the Cas1-Cas2 integrase to capture and integrate short foreign DNA fragments into the CRISPR locus, enabling adaptation to new viruses. We present crystal structures of ...CRISPR-Cas systems depend on the Cas1-Cas2 integrase to capture and integrate short foreign DNA fragments into the CRISPR locus, enabling adaptation to new viruses. We present crystal structures of Cas1-Cas2 bound to both donor and target DNA in intermediate and product integration complexes, as well as a cryo-electron microscopy structure of the full CRISPR locus integration complex, including the accessory protein IHF (integration host factor). The structures show unexpectedly that indirect sequence recognition dictates integration site selection by favoring deformation of the repeat and the flanking sequences. IHF binding bends the DNA sharply, bringing an upstream recognition motif into contact with Cas1 to increase both the specificity and efficiency of integration. These results explain how the Cas1-Cas2 CRISPR integrase recognizes a sequence-dependent DNA structure to ensure site-selective CRISPR array expansion during the initial step of bacterial adaptive immunity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5vvl.cif.gz | 593.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vvl.ent.gz | 484.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vvl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/5vvl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-CRISPR-associated ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 33570.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / Variant: MG1655 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q46896, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: タンパク質 | 分子量: 11553.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / Variant: MG1655 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P45956, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 4種, 4分子 GHJK
#3: DNA鎖 | 分子量: 3319.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 3343.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#5: DNA鎖 | 分子量: 17907.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#6: DNA鎖 | 分子量: 17967.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 1種, 22分子
#7: 化合物 | ChemComp-NI / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.08 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM MES pH 6.4, 20% (w/v) PEG MME 2000, 0.2 M NaCl, 3 mM NiCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.96→39.55 Å / Num. obs: 47810 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 92.52 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 329343 / Scaling rejects: 0 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DS5 解像度: 3.31→39.504 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.46
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 328.62 Å2 / Biso mean: 106.5272 Å2 / Biso min: 46.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.31→39.504 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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