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万見
- PDB-5vos: VGSNKGAIIGL from Amyloid Beta determined by MicroED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vos
タイトルVGSNKGAIIGL from Amyloid Beta determined by MicroED
要素Amyloid beta A4 protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid (アミロイド) / steric zipper
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis ...regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / signaling receptor activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / regulation of Wnt signaling pathway / mating behavior / positive regulation of amyloid fibril formation / 繊毛 / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / neuron remodeling / Golgi-associated vesicle / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / presynaptic active zone / : / nuclear envelope lumen / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / modulation of excitatory postsynaptic potential / suckling behavior / dendrite development / 小胞体 / regulation of NMDA receptor activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / negative regulation of long-term synaptic potentiation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / regulation of presynapse assembly / The NLRP3 inflammasome / intracellular copper ion homeostasis / transition metal ion binding / regulation of multicellular organism growth / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / forebrain development / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of chemokine production / クラスリン / Notchシグナリング / cholesterol metabolic process / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / neuron projection maintenance / positive regulation of glycolytic process / extracellular matrix organization / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic cell cycle / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / dendritic shaft / trans-Golgi network membrane / locomotory behavior / platelet alpha granule lumen / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / 学習 / positive regulation of interleukin-1 beta production / central nervous system development / positive regulation of long-term synaptic potentiation / astrocyte activation / endosome lumen / Post-translational protein phosphorylation / synapse organization / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / neuromuscular junction / visual learning / serine-type endopeptidase inhibitor activity / recycling endosome / 認識 / positive regulation of inflammatory response / neuron cellular homeostasis / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / エンドサイトーシス / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell-cell junction / シナプス小胞 / positive regulation of tumor necrosis factor production / regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta A4 protein / アミロイド前駆体タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Rodriguez, J.A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S. / Griner, S.L. / Gonen, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018
タイトル: Common fibrillar spines of amyloid-β and human islet amyloid polypeptide revealed by microelectron diffraction and structure-based inhibitors.
著者: Pascal Krotee / Sarah L Griner / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Jose A Rodriguez / Dan Shi / Stephan Philipp / Kevin Murray / Lorena Saelices / Ji Lee / Paul Seidler / Charles G Glabe / ...著者: Pascal Krotee / Sarah L Griner / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Jose A Rodriguez / Dan Shi / Stephan Philipp / Kevin Murray / Lorena Saelices / Ji Lee / Paul Seidler / Charles G Glabe / Lin Jiang / Tamir Gonen / David S Eisenberg /
要旨: Amyloid-β (Aβ) and human islet amyloid polypeptide (hIAPP) aggregate to form amyloid fibrils that deposit in tissues and are associated with Alzheimer's disease (AD) and type II diabetes (T2D), ...Amyloid-β (Aβ) and human islet amyloid polypeptide (hIAPP) aggregate to form amyloid fibrils that deposit in tissues and are associated with Alzheimer's disease (AD) and type II diabetes (T2D), respectively. Individuals with T2D have an increased risk of developing AD, and conversely, AD patients have an increased risk of developing T2D. Evidence suggests that this link between AD and T2D might originate from a structural similarity between aggregates of Aβ and hIAPP. Using the cryoEM method microelectron diffraction, we determined the atomic structures of 11-residue segments from both Aβ and hIAPP, termed Aβ(24-34) WT and hIAPP(19-29) S20G, with 64% sequence similarity. We observed a high degree of structural similarity between their backbone atoms (0.96-Å root mean square deviation). Moreover, fibrils of these segments induced amyloid formation through self- and cross-seeding. Furthermore, inhibitors designed for one segment showed cross-efficacy for full-length Aβ and hIAPP and reduced cytotoxicity of both proteins, although by apparently blocking different cytotoxic mechanisms. The similarity of the atomic structures of Aβ(24-34) WT and hIAPP(19-29) S20G offers a molecular model for cross-seeding between Aβ and hIAPP.
履歴
登録2017年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42018年6月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62021年6月30日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.72024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_author_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,0291
ポリマ－1,0291
非ポリマー00
水181
1
A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein

A: Amyloid beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,29210
ポリマ－10,29210
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_575x,y+2,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation1_535x,y-2,z1
crystal symmetry operation2_658-x+1,y+1/2,-z+31
crystal symmetry operation2_668-x+1,y+3/2,-z+31
crystal symmetry operation2_678-x+1,y+5/2,-z+31
crystal symmetry operation2_648-x+1,y-1/2,-z+31
crystal symmetry operation2_638-x+1,y-3/2,-z+31
単位格子
Length a, b, c (Å)18.780, 4.730, 33.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Amyloid beta A4 protein


分子量: 1029.213 Da / 分子数: 1
断片: VGSNKGAIIGL peptide (residues 24-34, UNP residues 7-17)
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L7XCZ9, UniProt: P05067*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Fibrils of Amyloid Beta segment 24-34 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
EM crystal formation装置: microcentrifuge tube / Atmosphere: air / 詳細: shaking / 温度: 310 K / Time: 2 DAY
緩衝液pH: 4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
125 mMcitric acidクエン酸1
25 %DMSOジメチルスルホキシド1
試料濃度: 7.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: nanocrystals
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
結晶マシュー密度: 1.42 Å3/Da
結晶化温度: 310 K / 手法: バッチ法 / pH: 4 / 詳細: 50 mM sodium citrate, pH 4.0, 10% v/v DMSO

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION回折
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影電子線照射量: 0.03 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 471
画像スキャン横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 1840 mm
EM回折 シェル解像度: 1.42→1.49 Å / フーリエ空間範囲: 47.5 % / 多重度: 2.6 / 構造因子数: 84 / 位相残差: 0.01 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 85.5 % / 再高解像度: 1.42 Å / 測定した強度の数: 5843 / 構造因子数: 1129 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 0.01 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.222 / Rsym: 0.222
回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: ELECTRON MICROSCOPE / タイプ: TECNAI F20 TEM / 波長: 0.0251 Å
検出器タイプ: TVIPS F416 CMOS CAMERA / 検出器: CMOS / 日付: 2015年4月17日
放射波長波長: 0.0251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→32.96 Å / Num. obs: 1129 / % possible obs: 85.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.175 % / Biso Wilson estimate: 14.635 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rrim(I) all: 0.244 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 4.88 / Num. measured all: 5843 / Scaling rejects: 33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.42-1.492.5710.4961.09216177840.4520.61147.5
1.49-1.574.1320.3153.15621811360.8990.35475.1
1.57-1.673.5850.3882.243801301060.8550.44381.5
1.67-1.784.4090.4212.665071331150.6540.47986.5
1.78-1.925.4960.3433.746981311270.9770.37696.9
1.92-2.116.7590.2645.838991341330.9770.28599.3
2.11-2.367.3570.2736.649491311290.9420.29698.5
2.36-2.725.5120.2096.247486860.990.231100
2.72-3.335.4530.2147.0246986860.9220.238100
3.33-4.726.1820.17110.0954489880.9760.18498.9
4.72-32.963.7180.1388.3414542390.9890.16192.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1TVIPS TemCam-F416画像取得
6Cootモデルフィッティング
8phaser分子置換
11XSCALEJun 17, 2015crystallography merging
13Refmac5モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 100.017 ° / ∠γ: 90 ° / A: 18.78 Å / B: 4.73 Å / C: 33.47 Å / 空間群名: P21 / 空間群番号: 4
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.42→32.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 2.871 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.122
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2924 113 10 %RANDOM
Rwork0.2335 ---
obs0.2389 1014 85.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 42.18 Å2 / Biso mean: 13.166 Å2 / Biso min: 4.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å2-0 Å20.83 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→32.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数72 0 0 1 73
Biso mean---15.91 -
残基数----11
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0160.01971
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d0.0030.0281
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.8382.0494
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg0.6593185
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg8.714510
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg52.256301
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg15.7341513
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0760.212
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0050.0280
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other00.0212
LS精密化 シェル解像度: 1.422→1.459 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 4 -
Rwork0.367 38 -
all-42 -
obs--42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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