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- PDB-5vkm: Crystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with al... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vkm
タイトルCrystal structure of human CD22 Ig domains 1-3 in complex with alpha 2-6 sialyllactose
要素B-cell receptor CD22
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Siglec (SIGLEC) / Sialic acid (シアル酸) / carbohydrate binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of B cell proliferation / IgM binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of calcium-mediated signaling / sialic acid binding / CD22 mediated BCR regulation / CD4 receptor binding / neuronal cell body membrane / B cell activation ...negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of B cell proliferation / IgM binding / negative regulation of immunoglobulin production / negative regulation of calcium-mediated signaling / sialic acid binding / CD22 mediated BCR regulation / CD4 receptor binding / neuronal cell body membrane / B cell activation / regulation of endocytosis / regulation of immune response / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / recycling endosome / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / エンドソーム / 細胞接着 / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / 細胞膜 / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell receptor CD22
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Julien, J.P. / Ereno-Orbea, J. / Sicard, T.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
CIHR, Banting カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Molecular basis of human CD22 function and therapeutic targeting.
著者: June Ereño-Orbea / Taylor Sicard / Hong Cui / Mohammad T Mazhab-Jafari / Samir Benlekbir / Alba Guarné / John L Rubinstein / Jean-Philippe Julien /
要旨: CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause ...CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause autoimmune diseases and blood cancers. Here we report the crystal structure of human CD22 at 2.1 Å resolution, which reveals that specificity for α2-6 sialic acid ligands is dictated by a pre-formed β-hairpin as a unique mode of recognition across sialic acid-binding immunoglobulin-type lectins. The CD22 ectodomain adopts an extended conformation that facilitates concomitant CD22 nanocluster formation on B cells and binding to trans ligands to avert autoimmunity in mammals. We structurally delineate the CD22 site targeted by the therapeutic antibody epratuzumab at 3.1 Å resolution and determine a critical role for CD22 N-linked glycosylation in antibody engagement. Our studies provide molecular insights into mechanisms governing B-cell inhibition and valuable clues for the design of immune modulators in B-cell dysfunction.The B-cell-specific co-receptor CD22 is a therapeutic target for depleting dysregulated B cells. Here the authors structurally characterize the ectodomain of CD22 and present its crystal structure with the bound therapeutic antibody epratuzumab, which gives insights into the mechanism of inhibition of B-cell activation.
履歴
登録2017年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_related / Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_related.db_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell receptor CD22
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1354
ポリマ－36,6601
非ポリマー1,4743
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.283, 57.912, 48.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 B-cell receptor CD22 / B-lymphocyte cell adhesion molecule / BL-CAM / Sialic acid-binding Ig-like lectin 2 / Siglec-2 / T- ...B-lymphocyte cell adhesion molecule / BL-CAM / Sialic acid-binding Ig-like lectin 2 / Siglec-2 / T-cell surface antigen Leu-14


分子量: 36660.293 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain residues 20-330 / 変異: N67A,N112A,N135A,N164A,N231A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD22, SIGLEC2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20273
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M lithium chloride and 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→36.886 Å / Num. obs: 16865 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) all% possible allNum. unique obsRrim(I) all
2.2-2.283.80.54951.60.5970.333199.8
2.79-2.943.8030.1658.40.98399.711830.192

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VKJ

5vkj


解像度: 2.2→36.886 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 1669 10.01 %
Rwork0.2103 --
obs0.2147 16680 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2436 0 99 69 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032603
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6083542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5691557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004437
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.26470.37181370.33671229X-RAY DIFFRACTION100
2.2647-2.33780.39451390.33231256X-RAY DIFFRACTION100
2.3378-2.42140.37841390.31411248X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.51830.36121380.28551238X-RAY DIFFRACTION100
2.5183-2.63290.31211380.26531240X-RAY DIFFRACTION100
2.6329-2.77160.32851390.24721249X-RAY DIFFRACTION100
2.7716-2.94520.30711370.26351236X-RAY DIFFRACTION100
2.9452-3.17250.31611390.24331250X-RAY DIFFRACTION100
3.1725-3.49150.26341400.2131257X-RAY DIFFRACTION100
3.4915-3.99630.21491400.19271263X-RAY DIFFRACTION100
3.9963-5.03280.19421390.15781256X-RAY DIFFRACTION99
5.0328-36.89150.19071440.15761289X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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