PDB-5vkk: Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vkk

タイトル

Crystal structure of Fab fragment of anti-CD22 Epratuzumab

要素

Epratuzumab Fab Heavy Chain
Epratuzumab Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

therapeutic antibody /

B cell (B細胞)

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / extracellular region /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.014 Å

データ登録者

Sicard, T. / Ereno-Orbea, J. / Julien, J.P.

資金援助

カナダ, 3件

組織	認可番号	国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	111111	カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	PJT-148811	カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)	BPF-144483	カナダ

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Molecular basis of human CD22 function and therapeutic targeting.
著者: June Ereño-Orbea / Taylor Sicard / Hong Cui / Mohammad T Mazhab-Jafari / Samir Benlekbir / Alba Guarné / John L Rubinstein / Jean-Philippe Julien /

要旨: CD22 maintains a baseline level of B-cell inhibition to keep humoral immunity in check. As a B-cell-restricted antigen, CD22 is targeted in therapies against dysregulated B cells that cause ...

履歴

登録	2017年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vkk.cif.gz	353 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vkk.ent.gz	288.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/5vkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8704C 8705C 5vkjC 5vkmC 5vl3C 6aniS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h0e-1 4oaw-2 1cbv-d 6al4-1 4xh2-4 6xuk-d 1lo0-1 1cfq-d 1i8m-2 1yei-d 1bog-d 1e4w-d 4dgv-d 2fx8-1 1xgy-2 6vl8-4 5u4r-2 1xf2-2 6h0e-4 4uil-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Epratuzumab Fab Heavy Chain

L: Epratuzumab Fab Light Chain

A: Epratuzumab Fab Heavy Chain

B: Epratuzumab Fab Light Chain

95.6 kDa, 4 ポリマー
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1

H: Epratuzumab Fab Heavy Chain

L: Epratuzumab Fab Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.8 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Epratuzumab Fab Heavy Chain

B: Epratuzumab Fab Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.712, 61.564, 65.285
Angle α, β, γ (deg.)	71.81, 81.07, 75.95
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	Epratuzumab Fab Heavy Chain 分子量: 23741.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: DKFZp686P15220 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6N089
#2: 抗体	Epratuzumab Fab Light Chain 分子量: 24053.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 503 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 85 mM Tris, pH 8.5, 25.5% PEG 4000 (w/v), 170 mM sodium acetate and 15% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.014→49.671 Å / Num. obs: 52026 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.957 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_rim(I) all: 0.177 / Χ²: 0.963 / Net I/σ(I): 6.62

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.014-2.08	2.979	0.756	1.71	5119	0.626	0.928	96
2.08-2.16	2.98	0.598	2.18	4935	0.67	0.731	96.7
2.16-2.25	2.988	0.507	2.7	4774	0.743	0.619	96.9
2.25-2.35	2.986	0.424	3.24	4628	0.821	0.516	96.8
2.35-2.46	2.991	0.349	3.92	4400	0.86	0.425	97
2.46-2.59	2.991	0.261	5.13	4189	0.914	0.318	97.1
2.59-2.75	2.984	0.198	6.67	3951	0.948	0.24	97.3
2.75-2.94	2.982	0.134	9.16	3725	0.975	0.163	97.4
2.94-3.18	2.992	0.093	12.7	3443	0.988	0.112	97.2
3.18-3.48	2.958	0.065	16.69	3193	0.993	0.08	96.9
3.48-3.89	2.959	0.048	20.95	2870	0.995	0.059	96.8
3.89-4.49	2.956	0.038	25.1	2511	0.996	0.046	96.4
4.49-5.5	2.926	0.033	26.46	2138	0.997	0.04	96.8
5.5-7.78	2.922	0.036	24.55	1672	0.997	0.045	97.2
7.78-49.671	2.907	0.028	30.19	908	0.998	0.035	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ANI

6ani

解像度: 2.014→49.671 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2366	2000	3.84 %
R_work	0.2121	-	-
obs	0.2131	52020	96.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.014→49.671 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6681	0	0	503	7184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6853
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.833	9329
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.79	4095
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1044
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1181

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0144-2.0647	0.3338	138	0.3177	3449	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0647-2.1206	0.3591	141	0.2969	3526	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1206-2.183	0.2708	143	0.2768	3595	X-RAY DIFFRACTION	97
2.183-2.2534	0.2595	143	0.2681	3563	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2534-2.334	0.315	144	0.264	3591	X-RAY DIFFRACTION	97
2.334-2.4274	0.3042	143	0.255	3571	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4274-2.5379	0.3086	142	0.2519	3564	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5379-2.6717	0.2779	145	0.2455	3624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6717-2.8391	0.2757	145	0.2322	3626	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8391-3.0582	0.2494	142	0.2149	3563	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0582-3.3659	0.224	144	0.2007	3597	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3659-3.8528	0.2027	144	0.1817	3595	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8528-4.8535	0.1804	143	0.1568	3560	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8535-49.6863	0.1812	143	0.1845	3595	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5602	-0.7757	-0.3829	2.2738	-0.8296	1.5394	-0.0518	-0.0075	0.5132	-0.1622	-0.0894	-0.0714	0.0261	0.0357	-0.0619	0.1801	-0.0429	0.0564	0.2476	0.0229	0.1806	31.8458	52.3807	19.1016
2	1.3301	-0.6401	0.5202	2.8059	-0.117	0.7825	0.0088	0.0579	-0.0878	-0.0437	-0.0475	0.273	0.0298	0.0127	0.0489	0.1884	-0.0506	0.0163	0.2474	0.013	0.2492	18.752	53.7269	19.766
3	2.0754	-1.3173	0.3701	4.0244	-0.9742	1.0908	-0.2658	-0.637	0.3021	0.3362	0.2486	0.2373	-0.0758	-0.4002	0.0011	0.2314	0.0035	0.0476	0.2655	-0.0577	0.2813	19.3169	58.8123	29.2534
4	1.1433	-0.3612	-0.151	2.0541	0.179	0.8557	-0.0689	-0.0844	0.0592	0.2246	0.0483	-0.0086	0.0578	0.1678	0.0305	0.2082	-0.0188	-0.0025	0.2318	-0.0201	0.1961	28.1841	54.81	23.4021
5	0.8714	0.6426	-0.9366	1.7883	0.6228	1.5442	0.0746	0.2073	0.3425	-0.3501	-0.1465	0.3575	-0.0645	-0.1958	0.0691	0.1778	-0.0113	-0.0221	0.154	0.0399	0.2297	17.6994	50.9454	13.6573
6	0.4038	-0.5235	-0.5439	1.5913	-0.3886	0.7085	0.0624	0.0587	-0.1576	-0.1722	-0.1745	0.3788	0.105	0.0286	0.0914	0.1537	0.0132	-0.0415	0.2005	-0.0208	0.2513	41.3441	25.0167	15.8464
7	1.1024	0.8041	0.4488	1.4038	0.907	2.0146	-0.0128	0.1628	-0.03	-0.1775	-0.1069	0.2629	0.0945	0.0055	0.0722	0.1541	0.0129	-0.0098	0.2713	-0.0049	0.1906	45.9654	26.5659	7.9684
8	1.2099	0.5262	-0.1999	3.5643	0.3169	1.5932	-0.0392	-0.0624	-0.2596	-0.2058	0.0282	-0.9256	0.1548	0.3056	0.1181	0.1945	0.0651	0.0048	0.2884	0.0027	0.2567	50.2986	22.559	11.4371
9	1.6577	0.1232	-0.6662	1.8893	0.541	1.1175	0.0782	-0.1381	0.2204	0.1097	-0.0452	0.2761	-0.0805	-0.071	0.025	0.1986	-0.0528	0.0377	0.265	0.0123	0.2841	4.8798	39.8042	20.3204
10	1.1296	-0.2834	0.2636	0.6875	0.0078	0.4302	0.0094	0.0656	0.0449	-0.0528	-0.028	0.1122	-0.0033	-0.0264	0.029	0.1896	-0.0522	0.0488	0.2442	0.0188	0.1999	17.7262	32.5024	16.2571
11	2.966	-0.0059	0.7088	1.5966	0.4659	0.9234	-0.1691	-0.1199	0.0139	0.0799	0.1682	-0.0499	0.0401	-0.0459	0.0101	0.2302	0.0042	0.0132	0.2106	0.0163	0.2448	30.9706	18.279	23.4568
12	2.2569	-0.2464	0.6713	0.7245	0.3286	0.5108	0.0051	-0.2651	-0.3796	0.4036	0.1943	-0.1699	0.2639	-0.0515	-0.2012	0.301	0.0321	-0.0729	0.3302	0.0774	0.3682	41.2797	10.7792	28.4954
13	3.2114	0.2029	-0.7102	2.8458	-0.1124	2.7435	0.1542	-0.1076	-0.1803	0.0269	-0.2206	0.3434	0.3221	0.134	-0.0865	0.2646	0.0095	-0.0421	0.1863	0.0121	0.187	2.9501	17.4233	43.9654
14	2.0665	-0.2656	0.2325	2.6774	0.4138	2.0033	0.1055	-0.0901	0.0027	0.084	0.0575	-0.0498	-0.0988	-0.1523	-0.1692	0.2832	0.0562	-0.0523	0.2876	-0.023	0.1823	6.4386	29.9177	48.2776
15	1.1171	0.3274	0.7882	2.209	0.1197	1.1089	0.0508	-0.0452	-0.0237	0.0351	0.02	0.1274	0.0245	-0.1323	-0.0177	0.2352	0.0467	-0.0136	0.2	-0.0068	0.1779	3.6712	27.6832	44.7202
16	0.6919	-0.4194	-0.2455	1.7812	0.7039	0.2037	0.2113	0.1653	-0.0708	-0.2188	-0.3689	0.2645	0.1722	0.1832	0.1714	0.3669	0.1194	-0.0626	0.3147	-0.0241	0.2513	23.3391	-2.5475	48.1397
17	1.8376	0.1789	0.6773	2.3337	1.4429	1.9056	-0.0073	-0.2818	0.0364	-0.0942	-0.3111	0.5718	-0.0396	-0.4481	0.1473	0.3586	0.0051	0.0167	0.3964	-0.0572	0.3209	20.757	-2.7724	54.1944
18	0.7149	-0.2818	0.2149	1.6219	0.3277	0.735	0.0209	0.1049	0.0819	-0.2921	0.0417	-0.1864	-0.2181	0.1147	-0.0444	0.3388	-0.0408	-0.0143	0.2224	-0.0063	0.2628	22.4459	31.753	57.9131
19	1.0604	-1.4393	0.3185	2.2473	1.7645	1.6593	0.3732	0.2314	0.3377	-0.548	-0.0023	-0.7974	-0.2226	0.2264	-0.2033	0.4558	0.0683	0.1291	0.3393	-0.0274	0.447	36.2976	-1.1721	48.0174

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 24 through 52 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 53 through 67 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 68 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 92 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 110 through 191 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 192 through 203 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 204 through 219 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 1 through 38 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 39 through 133 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 134 through 179 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 180 through 219 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 3 through 24 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 25 through 51 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 52 through 109 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 110 through 148 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 149 through 219 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1 through 118 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 119 through 219 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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