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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v8m | |||||||||||||||
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タイトル | BG505 SOSIP.664 trimer in complex with broadly neutralizing HIV antibody 3BNC117 | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / HIV (ヒト免疫不全ウイルス) / broadly neutralizing antibody (中和抗体) / 3BNC117 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Lee, J.H. / Cottrell, C.A. / Ward, A.B. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2017 タイトル: A Broadly Neutralizing Antibody Targets the Dynamic HIV Envelope Trimer Apex via a Long, Rigidified, and Anionic β-Hairpin Structure. 著者: Jeong Hyun Lee / Raiees Andrabi / Ching-Yao Su / Anila Yasmeen / Jean-Philippe Julien / Leopold Kong / Nicholas C Wu / Ryan McBride / Devin Sok / Matthias Pauthner / Christopher A Cottrell / ...著者: Jeong Hyun Lee / Raiees Andrabi / Ching-Yao Su / Anila Yasmeen / Jean-Philippe Julien / Leopold Kong / Nicholas C Wu / Ryan McBride / Devin Sok / Matthias Pauthner / Christopher A Cottrell / Travis Nieusma / Claudia Blattner / James C Paulson / Per Johan Klasse / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV delineate vaccine targets and are prophylactic and therapeutic agents. Some of the most potent bnAbs target a quaternary epitope at the apex of the ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV delineate vaccine targets and are prophylactic and therapeutic agents. Some of the most potent bnAbs target a quaternary epitope at the apex of the surface HIV envelope (Env) trimer. Using cryo-electron microscopy, we solved the atomic structure of an apex bnAb, PGT145, in complex with Env. We showed that the long anionic HCDR3 of PGT145 penetrated between glycans at the trimer 3-fold axis, to contact peptide residues from all three Env protomers, and thus explains its highly trimer-specific nature. Somatic hypermutation in the other CDRs of PGT145 were crucially involved in stabilizing the structure of the HCDR3, similar to bovine antibodies, to aid in recognition of a cluster of conserved basic residues hypothesized to facilitate trimer disassembly during viral entry. Overall, the findings exemplify the creative solutions that the human immune system can evolve to recognize a conserved motif buried under a canopy of glycans. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5v8m.cif.gz | 524.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5v8m.ent.gz | 432 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5v8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/5v8m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 AFGBIJ
#1: タンパク質 | 分子量: 54064.277 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-505 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BG505 / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6 #2: タンパク質 | 分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 509-661 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BG505 / 遺伝子: env / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6 |
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-抗体 , 2種, 6分子 HRSLTU
#3: 抗体 | 分子量: 24656.484 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: B cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 23022.658 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 7種, 60分子
#5: 多糖 | #6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | #8: 多糖 | #9: 多糖 | #10: 多糖 | #11: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BG505 SOSIP.664 soluble Env trimer in complex with 3BNC117 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.51 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22625 / 対称性のタイプ: POINT |