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万見
- PDB-5v58: Crystal structure of human prolyl-tRNA synthetase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5v58
タイトルCrystal structure of human prolyl-tRNA synthetase in complex with Aze-SA
要素Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / aminoacyl-tRNA synthetase (アミノアシルtRNA合成酵素) / non-proteinogenic amino acids (タンパク質を構成しないアミノ酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / グルタミン酸tRNAリガーゼ / glutamate-tRNA ligase activity / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / プロリンtRNAリガーゼ / glutamyl-tRNA aminoacylation / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol ...regulation of long-chain fatty acid import into cell / Selenoamino acid metabolism / グルタミン酸tRNAリガーゼ / glutamate-tRNA ligase activity / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / プロリンtRNAリガーゼ / glutamyl-tRNA aminoacylation / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / RNA stem-loop binding / GAIT complex / cellular response to type II interferon / cellular response to insulin stimulus / GTPase binding / protein-containing complex assembly / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
C-terminal domain of ProRS / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain ...C-terminal domain of ProRS / Glutamyl-tRNA synthetase, archaeal/eukaryotic cytosolic / : / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, anti-codon binding domain / tRNA synthetases class I (E and Q), anti-codon binding domain / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase / Glutamyl/glutaminyl-tRNA synthetase, class Ib, catalytic domain / tRNA synthetases class I (E and Q), catalytic domain / Translation Initiation Factor IF3 / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / S15/NS1, RNA-binding / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8X1 / Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Zhou, H. / Song, Y. / Schimmel, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM23562 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Double mimicry evades tRNA synthetase editing by toxic vegetable-sourced non-proteinogenic amino acid.
著者: Song, Y. / Zhou, H. / Vo, M.N. / Shi, Y. / Nawaz, M.H. / Vargas-Rodriguez, O. / Diedrich, J.K. / Yates, J.R. / Kishi, S. / Musier-Forsyth, K. / Schimmel, P.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5583
ポリマ－59,0631
非ポリマー4952
水46826
1
A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,1176
ポリマ－118,1272
非ポリマー9904
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area4790 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area37430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.766, 86.766, 108.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional glutamate/proline--tRNA ligase / Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl- ...Bifunctional aminoacyl-tRNA synthetase / Cell proliferation-inducing gene 32 protein / Glutamatyl-prolyl-tRNA synthetase


分子量: 59063.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPRS, GLNS, PARS, QARS, QPRS, PIG32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P07814, グルタミン酸tRNAリガーゼ, プロリンtRNAリガーゼ
#2: 化合物 ChemComp-8X1 / 5'-O-{[(2S)-azetidine-2-carbonyl]sulfamoyl}adenosine


分子量: 429.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N7O7S
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 9% PEG3350, 250 mM sodium nitrate, 100 mM 3-(1-pyridino)-1-propane sulfonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 14793 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.59-2.638.10.3376520.964186.5
2.63-2.6810.60.2280.85195.9
2.68-2.7310.70.2130.904196
2.73-2.7910.50.1920.873196.5
2.79-2.8510.60.1720.921196.7
2.85-2.9210.50.1640.932196.9
2.92-2.9910.60.1280.949197.1
2.99-3.0710.60.1130.972196.9
3.07-3.1610.50.1011.027197.3
3.16-3.2610.60.0861.07197.2
3.26-3.3810.50.0760.98197.5
3.38-3.5110.50.0611.044197.3
3.51-3.6710.30.0560.917198.4
3.67-3.8710.20.050.916197.9
3.87-4.1110.10.0460.916197.8
4.11-4.439.60.0420.751198.4
4.43-4.879.60.0430.72197.4
4.87-5.589.90.0410.876198.7
5.58-7.0210.10.0411.116198.9
7.02-509.40.0531.503198.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HVC

4hvc


解像度: 2.59→35.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 11.639 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.378 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 749 5.1 %RANDOM
Rwork0.2268 ---
obs0.2291 13977 96.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.51 Å2 / Biso mean: 59.398 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å2-1.33 Å2-0 Å2
2---1.33 Å2-0 Å2
3---4.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.59→35.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3741 0 30 26 3797
Biso mean--49.39 50.13 -
残基数----476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0193868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0451.9595257
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69538276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.165473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.3424.023174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10815638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.8461524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02885
LS精密化 シェル解像度: 2.588→2.655 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 53 -
Rwork0.291 931 -
all-984 -
obs--89.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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