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- PDB-5uz4: The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5uz4
タイトルThe cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly
構成要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • 16S RIBOSOMAL RNA16S rRNA系統解析
  • Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
キーワードRIBOSOME/Hydrolase / Ribosome assembly (リボソーム) / 30S subunit / YjeQ protein / RsgA protein / RIBOSOME-Hydrolase complex
機能・相同性Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 30S ribosomal protein S17 ...Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S4, conserved site / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Nucleic acid-binding, OB-fold / Ribosomal protein S13-like, H2TH / RsgA GTPase domain / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S12/S23 / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S6 superfamily / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Ribosomal protein S10 domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S14 signature. / RsgA GTPase / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / KH domain / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S3 signature. / S4 domain / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S13 family profile. / Type-2 KH domain profile. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain profile. / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S5, bacterial-type
機能・相同性情報
試料の由来Escherichia coli (大腸菌)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 5.8 Å 分解能
データ登録者Razi, A. / Guarne, A. / Ortega, J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / : 2017
タイトル: The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly.
著者: Aida Razi / Alba Guarné / Joaquin Ortega
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年2月24日 / 公開: 2017年4月19日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年4月19日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年4月26日Structure modelDatabase references
1.22017年5月10日Structure modelDatabase references
1.32017年9月27日Structure modelAuthor supporting evidence / Data collectionem_software / pdbx_audit_support_em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-8621
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: 16S RIBOSOMAL RNA
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
B: 30S ribosomal protein S2
Z: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)813,84423
ポリマ-813,12321
非ポリマ-7212
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
構成要素

+
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTB

#2: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS9, UniProt: P0A7V3*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR2, UniProt: P0A7V8*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W3, UniProt: P0A7W1*PLUS
#5: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S6 / / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#6: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#7: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS1
#8: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBZ1
#9: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCT6, UniProt: P0A7R5*PLUS
#10: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR3
#11: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCV7
#12: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T1, UniProt: P0A7S9*PLUS
#13: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS2, UniProt: P0AG59*PLUS
#14: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10319.882 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2, UniProt: P0ADZ4*PLUS
#15: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7, UniProt: P0A7T3*PLUS
#16: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS6
#17: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MLK7
#18: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCT1, UniProt: P0A7U3*PLUS
#19: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MAE3, UniProt: P0A7U7*PLUS
#20: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBF0, UniProt: P0A7V0*PLUS

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RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AZ

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA / 16S rRNA系統解析


分子量: 494971.188 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1095872043
#21: タンパク質・ペプチド Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA


分子量: 37345.172 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rsgA, engC, yjeQ, b4161, JW4122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P39286, Hydrolases, Acting on acid anhydrides, In phosphorus-containing anhydrides

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非ポリマー , 2種, 2分子

#22: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / : Zn / 亜鉛
#23: 化合物 ChemComp-GGM / 3'-O-(N-methylanthraniloyl)-beta:gamma-imidoguanosine-5'-triphosphate / MANT-GMPPNP


分子量: 655.343 Da / 分子数: 1 / : C18H24N7O14P3

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase
タイプ: COMPLEX
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21
由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 / グリッドのタイプ: C-flat CFT-222C
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 kelvins

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 25000 / 倍率(補正後の値): 34482 / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り系: 50 microns / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ冷却材: NITROGEN
試料ホルダのモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均照射時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
9RELION1.4initial Euler assignment
10RELION1.4final Euler assignment
11RELION1.4classification
13Cootmodel refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 487018
3次元再構成分解能: 5.8 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130462 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築精密化のプロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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