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万見
- PDB-5uz4: The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uz4
タイトルThe cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • 16S RIBOSOMAL RNA16SリボソームRNA
  • Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
キーワードRIBOSOME/Hydrolase / Ribosome assembly (リボソーム) / 30S subunit / YjeQ protein / RsgA protein / RIBOSOME-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / transcription antitermination factor activity, RNA binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity ...guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / transcription antitermination factor activity, RNA binding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / GDP binding / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type ...Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / S4 RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GGM / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS4 ...Chem-GGM / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Razi, A. / Guarne, A. / Ortega, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-82930 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: The cryo-EM structure of YjeQ bound to the 30S subunit suggests a fidelity checkpoint function for this protein in ribosome assembly.
著者: Aida Razi / Alba Guarné / Joaquin Ortega /
要旨: Recent work suggests that bacterial YjeQ (RsgA) participates in the late stages of assembly of the 30S subunit and aids the assembly of the decoding center but also binds the mature 30S subunit with ...Recent work suggests that bacterial YjeQ (RsgA) participates in the late stages of assembly of the 30S subunit and aids the assembly of the decoding center but also binds the mature 30S subunit with high affinity. To determine the function and mechanisms of YjeQ in the context of the mature subunit, we determined the cryo-EM structure of the fully assembled 30S subunit in complex with YjeQ at 5.8-Å resolution. We found that binding of YjeQ stabilizes helix 44 into a conformation similar to that adopted by the subunit during proofreading. This finding indicates that, along with acting as an assembly factor, YjeQ has a role as a checkpoint protein, consisting of testing the proofreading ability of the 30S subunit. The structure also informs the mechanism by which YjeQ implements the release from the 30S subunit of a second assembly factor, called RbfA. Finally, it reveals how the 30S subunit stimulates YjeQ GTPase activity and leads to release of the protein. Checkpoint functions have been described for eukaryotic ribosome assembly factors; however, this work describes an example of a bacterial assembly factor that tests a specific translation mechanism of the 30S subunit.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22017年5月10日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月15日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8621
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S RIBOSOMAL RNA
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
B: 30S ribosomal protein S2
Z: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)813,84423
ポリマ－813,12321
非ポリマー7212
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTB

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS9, UniProt: P0A7V3*PLUS
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR2, UniProt: P0A7V8*PLUS
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W3, UniProt: P0A7W1*PLUS
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS1
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBZ1
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCT6, UniProt: P0A7R5*PLUS
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR3
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCV7
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T1, UniProt: P0A7S9*PLUS
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS2, UniProt: P0AG59*PLUS
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10319.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8X9M2, UniProt: P0ADZ4*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7, UniProt: P0A7T3*PLUS
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS6
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MLK7
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCT1, UniProt: P0A7U3*PLUS
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MAE3, UniProt: P0A7U7*PLUS
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MBF0, UniProt: P0A7V0*PLUS

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AZ

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 494971.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1095872043
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA


分子量: 37345.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rsgA, engC, yjeQ, b4161, JW4122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P39286, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#22: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#23: 化合物 ChemComp-GGM / 3'-O-(N-methylanthraniloyl)-beta:gamma-imidoguanosine-5'-triphosphate / MANT-GMPPNP / 3′-O-[2-(メチルアミノ)ベンゾイル]グアノシン5′-O-りん酸[[(ジヒドロキシホスフィニル)アミノ]ヒドロキ(以下略)


分子量: 655.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24N7O14P3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the 30S subunit in complex with YjeQ GTPase
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat CFT-222C
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 25000 X / 倍率（補正後）: 34482 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
13Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 487018
3次元再構成解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130462 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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