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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uq7 | ||||||
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タイトル | 70S ribosome complex with dnaX mRNA stemloop and E-site tRNA ("in" conformation) | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / 70S ribosome (リボソーム) / dnaX / stem-loop (ステムループ) / structured mRNA / -1 programmed frameshifting / E site (リボソーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) Escherichia coli K-12 (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Hong, S. / Skiniotis, G. / Dunham, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Alternative Mode of E-Site tRNA Binding in the Presence of a Downstream mRNA Stem Loop at the Entrance Channel. 著者: Yan Zhang / Samuel Hong / Ajchareeya Ruangprasert / Georgios Skiniotis / Christine M Dunham / 要旨: Structured mRNAs positioned downstream of the ribosomal decoding center alter gene expression by slowing protein synthesis. Here, we solved the cryo-EM structure of the bacterial ribosome bound to an ...Structured mRNAs positioned downstream of the ribosomal decoding center alter gene expression by slowing protein synthesis. Here, we solved the cryo-EM structure of the bacterial ribosome bound to an mRNA containing a 3' stem loop that regulates translation. Unexpectedly, the E-site tRNA adopts two distinct orientations. In the first structure, normal interactions with the 50S and 30S E site are observed. However, in the second structure, although the E-site tRNA makes normal interactions with the 50S E site, its anticodon stem loop moves ∼54 Å away from the 30S E site to interact with the 30S head domain and 50S uL5. This position of the E-site tRNA causes the uL1 stalk to adopt a more open conformation that likely represents an intermediate state during E-site tRNA dissociation. These results suggest that structured mRNAs at the entrance channel restrict 30S subunit movement required during translation to slow E-site tRNA dissociation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5uq7.cif.gz | 3.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5uq7.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5uq7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/5uq7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 ABayzx
#1: RNA鎖 | 分子量: 948035.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38882.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382 |
#32: RNA鎖 | 分子量: 493903.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382 |
#53: RNA鎖 | 分子量: 24801.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: 1126835761 |
#55: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: GenBank: 1126835761 |
#56: RNA鎖 | 分子量: 17773.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
+50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 DEFGHINOPQRSTUVWXYZ0123456789C
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 bcdefghijklmnopqrstu
#33: タンパク質 | 分子量: 26646.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371 |
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#34: タンパク質 | 分子量: 22862.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372 |
#35: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373 |
#36: タンパク質 | 分子量: 16144.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#37: タンパク質 | 分子量: 11917.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#38: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291 |
#39: タンパク質 | 分子量: 15737.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS |
#40: タンパク質 | 分子量: 14122.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374 |
#41: タンパク質 | 分子量: 11056.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7 |
#42: タンパク質 | 分子量: 12032.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376 |
#43: タンパク質 | 分子量: 13650.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#44: タンパク質 | 分子量: 13067.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377 |
#45: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS |
#46: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#47: タンパク質 | 分子量: 9795.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#48: タンパク質 | 分子量: 11722.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS |
#49: タンパク質 | 分子量: 7897.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0 |
#50: タンパク質 | 分子量: 9455.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#51: タンパク質 | 分子量: 10876.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380 |
#52: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2831.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
-非ポリマー , 2種, 7分子
#57: 化合物 | ChemComp-ZN / #58: 化合物 | ChemComp-SF4 / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 70S-dnaX complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#56 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 60 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / アルゴリズム: BACK PROJECTION | |||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||
精密化 | 解像度: 3.5→384 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE |