PDB-5uod: Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uod

タイトル

Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 3-[(2-Amino-4-methylquinolin-7-yl)methoxy]-5-((methylamino)methyl)benzonitrile

要素

Nitric oxide synthase, endothelial

一酸化窒素合成酵素

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor /

nitric oxide synthase (一酸化窒素合成酵素) /

inhibitor complex (酵素阻害剤) / heme enzyme / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) /

nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / mitochondrion organization / negative regulation of blood pressure ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Li, H. / Poulos, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Nitrile in the Hole: Discovery of a Small Auxiliary Pocket in Neuronal Nitric Oxide Synthase Leading to the Development of Potent and Selective 2-Aminoquinoline Inhibitors.
著者: Cinelli, M.A. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2017年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uod.cif.gz	344.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uod.ent.gz	290.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/5uod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5unrC 5unsC 5untC 5unuC 5unvC 5unwC 5unxC 5unyC 5unzC 5uo0C 5uo1C 5uo2C 5uo3C 5uo4C 5uo5C 5uo6C 5uo7C 5uo8C 5uo9C 5uoaC 5uobC 5uocC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4d3a-d 6pp4-1 1p6l-d 1rs9-d 3nos-d 4k5j-d 3n68-d 1m9k-d 4kcr-d 3jwz-d 1nse-d 4k5i-d 3jwy-d 4cu0-d 3n6g-d 6nh3-2 1zzs-d 4cx1-d 5vvc-2 3n61-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (22) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (10) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitric oxide synthase, endothelial

B: Nitric oxide synthase, endothelial

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.540, 106.060, 156.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nitric oxide synthase, endothelial / 一酸化窒素合成酵素 / Constitutive NOS / cNOS / EC-NOS / Endothelial NOS / eNOS / NOS type III / NOSIII 分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-482 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Residues 110 to 119 are disordered. The N-terminal residues 39 to 66 are invisible in density. Residue 100 was found as an Arg in crystal rather than a Cys 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / Cell: endothelial / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

#1: タンパク質

Nitric oxide synthase, endothelial /

一酸化窒素合成酵素 / Constitutive NOS / cNOS / EC-NOS / Endothelial NOS / eNOS / NOS type III / NOSIII

分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-482 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 110 to 119 are disordered. The N-terminal residues 39 to 66 are invisible in density. Residue 100 was found as an Arg in crystal rather than a Cys
由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / Cell: endothelial / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 483分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン / テトラヒドロビオプテリン分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₅O₃ / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物	ChemComp-8EY / 3-[(2-amino-4-methylquinolin-7-yl)methoxy]-5-[(methylamino)methyl]benzonitrile 分子量: 332.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₀N₄O
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 % / 解説: cube
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20-24% PEG3350,0.1 M cacodylate,140-200 mM Mg acetate,5 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月16日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→80 Å / Num. obs: 62276 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.074 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.01→2.09 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4031 / CC_1/2: 0.53 / R_pim(I) all: 0.767 / R_sym value: 0.863 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.01→78.325 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 23.31

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2109	5793	4.87 %	random
R_work	0.1682	-	-	-
obs	0.1703	62200	96.48 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→78.325 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6444	0	183	474	7101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.172	9332
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.584	2462
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	970
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1198

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.0329	0.3694	189	0.339	3504	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0329-2.0568	0.3577	186	0.3042	3495	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0568-2.0819	0.349	204	0.3043	3568	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0819-2.1082	0.3094	197	0.2889	3487	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1082-2.136	0.3234	156	0.2743	3555	X-RAY DIFFRACTION	90
2.136-2.1652	0.2858	187	0.276	3626	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1652-2.1962	0.3068	191	0.2553	3613	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1962-2.229	0.2869	172	0.2487	3660	X-RAY DIFFRACTION	93
2.229-2.2638	0.2905	201	0.2366	3635	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2638-2.3009	0.2524	212	0.2297	3713	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3009-2.3406	0.2772	176	0.2198	3687	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3406-2.3831	0.2573	202	0.2128	3782	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3831-2.429	0.2427	191	0.2003	3749	X-RAY DIFFRACTION	97
2.429-2.4786	0.2663	193	0.1959	3818	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4786-2.5325	0.2456	177	0.1896	3889	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5325-2.5914	0.2507	238	0.1815	3807	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5914-2.6562	0.2543	183	0.1741	3844	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6562-2.728	0.2239	210	0.1697	3910	X-RAY DIFFRACTION	99
2.728-2.8083	0.2051	145	0.171	3891	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8083-2.8989	0.2168	192	0.174	3936	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8989-3.0025	0.2236	214	0.1753	3871	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0025-3.1228	0.2103	178	0.166	3877	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1228-3.2649	0.2091	191	0.1686	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2649-3.437	0.2026	207	0.1504	3899	X-RAY DIFFRACTION	100
3.437-3.6524	0.198	185	0.1412	3941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6524-3.9344	0.1463	183	0.1309	3895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9344-4.3303	0.1771	223	0.1196	3886	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3303-4.9568	0.1387	178	0.113	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9568-6.2446	0.1858	233	0.1401	3884	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2446-78.3845	0.1595	199	0.1447	3896	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6314	-0.2034	-0.3948	1.0268	0.22	1.4518	0.0086	0.0147	0.0229	-0.1977	0.0427	-0.1264	-0.0621	0.0851	-0.0477	0.2613	-0.0395	0.0069	0.2248	-0.0032	0.251	11.2301	10.3961	31.9184
2	0.541	-0.2207	0.2907	1.1435	-1.0253	2.3151	0.0244	-0.1328	-0.0542	0.1428	0.0878	0.056	-0.0372	-0.1417	-0.091	0.236	-0.0105	-0.0098	0.252	0.0006	0.2431	2.5784	5.7544	67.8118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 67:482)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 69:482)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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