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- PDB-5ukd: PH INFLUENCES FLUORIDE COORDINATION NUMBER OF THE ALFX PHOSPHORYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ukd
タイトルPH INFLUENCES FLUORIDE COORDINATION NUMBER OF THE ALFX PHOSPHORYL TRANSFER TRANSITION STATE ANALOG
要素URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / NUCLEOSIDE MONOPHOSPHATE KINASE / NMP KINASE / PHOSPHORYL TRANSFER / TRANSITION STATE ANALOG COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine nucleobase salvage / サルベージ経路 / UMP/CMP kinase / CDP biosynthetic process / cytidylate kinase activity / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UMP kinase activity ...pyrimidine nucleobase salvage / サルベージ経路 / UMP/CMP kinase / CDP biosynthetic process / cytidylate kinase activity / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / CMP kinase activity / dCMP kinase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / UMP kinase activity / UDP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / フッ化アルミニウム / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP-CMP kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schlichting, I. / Reinstein, J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: pH influences fluoride coordination number of the AlFx phosphoryl transfer transition state analog.
著者: Schlichting, I. / Reinstein, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structures of active conformations of UMP kinase from Dictyostelium discoideum suggest phosphoryl transfer is associative.
著者: Schlichting, I. / Reinstein, J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the complex of UMP/CMP kinase from Dictyostelium discoideum and the bisubstrate inhibitor P1-(5'-adenosyl) P5-(5'-uridyl) pentaphosphate (UP5A) and Mg2+ at 2.2 A: ...タイトル: Crystal structure of the complex of UMP/CMP kinase from Dictyostelium discoideum and the bisubstrate inhibitor P1-(5'-adenosyl) P5-(5'-uridyl) pentaphosphate (UP5A) and Mg2+ at 2.2 A: implications for water-mediated specificity.
著者: Scheffzek, K. / Kliche, W. / Wiesmuller, L. / Reinstein, J.
#3: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of UMP/CMP-kinase from Dictyostelium discoideum with the specific bisubstrate inhibitor P1-(adenosine 5')-P5-(uridine 5')-pentaphosphate (UP5A).
著者: Wiesmuller, L. / Scheffzek, K. / Kliche, W. / Goody, R.S. / Wittinghofer, A. / Reinstein, J.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: cDNA-derived sequence of UMP-CMP kinase from Dictyostelium discoideum and expression of the enzyme in Escherichia coli.
著者: Wiesmuller, L. / Noegel, A.A. / Barzu, O. / Gerisch, G. / Schleicher, M.
履歴
登録1999年4月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月12日Group: Refinement description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8305
ポリマ－21,9711
非ポリマー8594
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.500, 77.500, 100.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 URIDYLMONOPHOSPHATE/CYTIDYLMONOPHOSPHATE KINASE / UMP/CMP KINASE


分子量: 21970.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株: AX2-214 / 遺伝子: KCY_DICDI / プラスミド: PIMS5-CDUK-1 / 遺伝子 (発現宿主): KCY_DICDI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20425, UMP/CMP kinase

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非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP / シチジル酸


分子量: 323.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#5: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム / フッ化アルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細ALF3 IS A PLANAR TRIGONAL TRANSITION STATE ANALOG OF THE PHOSPHORYL GROUP BEING TRANSFERRED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 8.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Wiesmuller, L., (1995) FEBS Lett., 363, 22.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
214 %(w/v)PEG33501drop
350 mMTris-HCl1drop
4100 mM1dropMgCl2
50.02 %sodium azide1drop
610 mMDTE1drop
728 %(w/v)PEG33501reservoir
8100 mMTris-HCl1reservoir
9200 mM1reservoirMgCl2
100.04 %sodium azide1reservoir
1120 mMDTE1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1998年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Y / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 33934 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.02 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 136455
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UKD

3ukd


Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.209 / 最高解像度: 1.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1537 0 53 181 1771
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.241
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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