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- PDB-5uj9: Cryo-EM structure of bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uj9
タイトルCryo-EM structure of bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1)
要素bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1),Multidrug resistance-associated protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / multidrug resistance (多剤耐性)
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity ...Heme degradation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / cyclic nucleotide transport / Transport of RCbl within the body / Paracetamol ADME / leukotriene transport / glutathione transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ABC-family proteins mediated transport / Cytoprotection by HMOX1 / ABC-type xenobiotic transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / xenobiotic transport / lipid transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of inflammatory response / basolateral plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Multi drug resistance-associated protein / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Johnson, Z.L. / Chen, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
The Rockefeller University 米国
Jane Coffin Childs Memorial Fund for Medical Research 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Substrate Recognition by the Multidrug Resistance Protein MRP1.
著者: Zachary Lee Johnson / Jue Chen /
要旨: The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that confers resistance to many anticancer drugs and plays a role in the disposition and efficacy of several ...The multidrug resistance protein MRP1 is an ATP-binding cassette (ABC) transporter that confers resistance to many anticancer drugs and plays a role in the disposition and efficacy of several opiates, antidepressants, statins, and antibiotics. In addition, MRP1 regulates redox homeostasis, inflammation, and hormone secretion. Using electron cryomicroscopy, we determined the molecular structures of bovine MRP1 in two conformations: an apo form at 3.5 Å without any added substrate and a complex form at 3.3 Å with one of its physiological substrates, leukotriene C. These structures show that by forming a single bipartite binding site, MRP1 can recognize a spectrum of substrates with different chemical structures. We also observed large conformational changes induced by leukotriene C, explaining how substrate binding primes the transporter for ATP hydrolysis. Structural comparison of MRP1 and P-glycoprotein advances our understanding of the common and unique properties of these two important molecules in multidrug resistance to chemotherapy.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32017年3月29日Group: Source and taxonomy
改定 1.42017年11月8日Group: Data processing / Derived calculations / カテゴリ: em_software / pdbx_struct_assembly
Item: _em_software.name / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.52018年10月3日Group: Data collection / Other ...Data collection / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: cell / em_entity_assembly / refine
Item: _cell.length_a / _cell.length_b ..._cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _em_entity_assembly.entity_id_list
改定 1.62019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.82024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8559
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1),Multidrug resistance-associated protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7021
ポリマ－159,7021
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1),Multidrug resistance-associated protein 1 / ATP-binding cassette sub-family C member 1 / Leukotriene C(4) transporter / LTC4 transporter


分子量: 159701.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ABCC1, MRP1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GntI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8HXQ5
配列の詳細Residues 31-194, corresponding to TMD0, are modeled as poly-alanine. The register in this region ...Residues 31-194, corresponding to TMD0, are modeled as poly-alanine. The register in this region could not be confidently established and thus the numbering assigned to the residues is putative. The poly-alanine regions have been renamed as unknown

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: bovine multidrug resistance protein 1 (MRP1) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GntI- / プラスミド: Baculovirus
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1150 mMKCl1
250 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
32 mMMgCl21
42 mMDTT1
50.06 %Digitoninジギトニン1
63 mMFos-Choline-8, fluorinated1
試料濃度: 4.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD
グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 400-mesh Au Holey Carbon Grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 37000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 84 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2232
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.7モデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10FREALIGN最終オイラー角割当
12FREALIGN３次元再構成
13PHENIX1.11モデル精密化
14REFMACCCP4 7.0モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 251986
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251986 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 3.49→148 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / ESU R: 0.448
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.28564 --
obs0.28564 88282 99.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 265.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.2 Å2-0.4 Å22.19 Å2
2--4.38 Å20.61 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 9857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.01910042
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.029686
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.0281.95713640
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg3.791322312
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.54851286
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg31.40223.795390
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.13151667
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg12.6411555
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0540.21619
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0030.0211130
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.022045
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it6.37427.3975171
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other6.37327.3955170
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it10.48941.0736448
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other10.48841.0756449
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it6.42426.8854871
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other6.42326.8794869
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other11.37440.2817192
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined17.8412003
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other17.8412004
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.49→3.581 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.765 6547 -
Rfree-0 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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