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- PDB-5u0s: Cryo-EM structure of the Mediator-RNAPII complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u0s
タイトルCryo-EM structure of the Mediator-RNAPII complex
要素
  • (Mediator complex subunit ...Mediator (coactivator)) x 16
  • (RNA polymerase II subunit ...RNAポリメラーゼII) x 12
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE / transcriptional (転写 (生物学)) / transcription (転写 (生物学)) / Mediator / Srb / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / RNA (リボ核酸) / Pol2 / activation (活性化) / complex / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / regulation of septum digestion after cytokinesis / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DNA-templated transcription elongation / core mediator complex / mediator complex / : / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / termination of RNA polymerase II transcription / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / pericentric heterochromatin / translation initiation factor binding / P-body / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / ユークロマチン / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / nucleic acid binding / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotide binding / クロマチン / 核小体 / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med27 / Mediator complex subunit 27 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med7 superfmaily / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med7 ...Mediator complex, subunit Med27 / Mediator complex subunit 27 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med7 superfmaily / Mediator complex, subunit Med31 / Mediator complex, subunit Med21 / Mediator of RNA polymerase II, subunit Med31 superfamily / SOH1 / Subunit 21 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med7 / Mediator complex, subunit Med7/Med21-like / MED7 protein / Mediator complex, subunit Med20 / Mediator complex, subunit Med14 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex subunit MED14 / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / S1 RNA binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Uncharacterized protein C24C9.04 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 ...DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Uncharacterized protein C24C9.04 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb7 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb4 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / DNA-directed RNA polymerase II subunit rpb1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Tsai, K.-L. / Yu, X. / Gopalan, S. / Chao, T.-C. / Zhang, Y. / Florens, L. / Washburn, M.P. / Murakami, K. / Conaway, R.C. / Conaway, J.W. / Asturias, F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM67167 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM41628 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Mediator structure and rearrangements required for holoenzyme formation.
著者: Kuang-Lei Tsai / Xiaodi Yu / Sneha Gopalan / Ti-Chun Chao / Ying Zhang / Laurence Florens / Michael P Washburn / Kenji Murakami / Ronald C Conaway / Joan W Conaway / Francisco J Asturias /
要旨: The conserved Mediator co-activator complex has an essential role in the regulation of RNA polymerase II transcription in all eukaryotes. Understanding the structure and interactions of Mediator is ...The conserved Mediator co-activator complex has an essential role in the regulation of RNA polymerase II transcription in all eukaryotes. Understanding the structure and interactions of Mediator is crucial for determining how the complex influences transcription initiation and conveys regulatory information to the basal transcription machinery. Here we present a 4.4 Å resolution cryo-electron microscopy map of Schizosaccharomyces pombe Mediator in which conserved Mediator subunits are individually resolved. The essential Med14 subunit works as a central backbone that connects the Mediator head, middle and tail modules. Comparison with a 7.8 Å resolution cryo-electron microscopy map of a Mediator-RNA polymerase II holoenzyme reveals that changes in the structure of Med14 facilitate a large-scale Mediator rearrangement that is essential for holoenzyme formation. Our study suggests that access to different conformations and crosstalk between structural elements are essential for the Mediator regulation mechanism, and could explain the capacity of the complex to integrate multiple regulatory signals.
履歴
登録2016年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / Item: _em_sample_support.grid_type
改定 1.52020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8480
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8480
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Mediator complex subunit 6
H: Mediator complex subunit 8
Q: Mediator complex subunit 17
R: Mediator complex subunit 18
T: Mediator complex subunit 20
K: Mediator complex subunit 11
V: Mediator complex subunit 22
N: Mediator complex subunit 14
D: Mediator complex subunit 4
G: Mediator complex subunit 7
U: Mediator complex subunit 21
3: Mediator complex subunit 31
2: Mediator complex subunit 27
I: Mediator complex subunit 9
S: Mediator complex subunit 19
J: Mediator complex subunit 10
a: RNA polymerase II subunit Rpb1
b: RNA polymerase II subunit Rpb2
c: RNA polymerase II subunit Rpb3
d: RNA polymerase II subunit Rpb4
e: RNA polymerase II subunit Rpb5
f: RNA polymerase II subunit Rpb6
g: RNA polymerase II subunit Rpb7
h: RNA polymerase II subunit Rpb8
i: RNA polymerase II subunit Rpb9
j: RNA polymerase II subunit Rpb10
k: RNA polymerase II subunit Rpb11
l: RNA polymerase II subunit Rpb12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)953,38228
ポリマ－953,38228
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Mediator complex subunit ... , 16種, 16分子 FHQRTKVNDGU32ISJ

#1: タンパク質 Mediator complex subunit 6 / Mediator (coactivator)


分子量: 24928.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9US45
#2: タンパク質 Mediator complex subunit 8 / Mediator (coactivator)


分子量: 23360.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94646
#3: タンパク質 Mediator complex subunit 17 / Mediator (coactivator)


分子量: 62551.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P87306
#4: タンパク質 Mediator complex subunit 18 / Mediator (coactivator)


分子量: 24056.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14198
#5: タンパク質 Mediator complex subunit 20 / Mediator (coactivator)


分子量: 22374.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10317
#6: タンパク質 Mediator complex subunit 11 / Mediator (coactivator)


分子量: 13118.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P6Q0
#7: タンパク質 Mediator complex subunit 22 / Mediator (coactivator)


分子量: 15396.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14010
#8: タンパク質 Mediator complex subunit 14 / Mediator (coactivator)


分子量: 105382.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P7Y4
#9: タンパク質 Mediator complex subunit 4 / Mediator (coactivator)


分子量: 20358.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#10: タンパク質 Mediator complex subunit 7 / Mediator (coactivator)


分子量: 43573.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O60104
#11: タンパク質 Mediator complex subunit 21 / Mediator (coactivator)


分子量: 15821.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94376
#12: タンパク質 Mediator complex subunit 31 / Mediator (coactivator)


分子量: 16913.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USH1
#13: タンパク質 Mediator complex subunit 27 / Mediator (coactivator)


分子量: 31132.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10477
#14: タンパク質 Mediator complex subunit 9 / Mediator (coactivator)


分子量: 13810.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13964
#15: タンパク質 Mediator complex subunit 19 / Mediator (coactivator)


分子量: 11847.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
#16: タンパク質 Mediator complex subunit 10 / Mediator (coactivator)


分子量: 11251.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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RNA polymerase II subunit ... , 12種, 12分子 abcdefghijkl

#17: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb1 / RNAポリメラーゼII


分子量: 194372.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P36594, ポリメラーゼ
#18: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb2 / RNAポリメラーゼII


分子量: 138027.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q02061, ポリメラーゼ
#19: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb3 / RNAポリメラーゼII


分子量: 33748.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P37382
#20: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb4 / RNAポリメラーゼII


分子量: 15379.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74825
#21: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb5 / RNAポリメラーゼII


分子量: 23954.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09191
#22: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb6 / RNAポリメラーゼII


分子量: 15742.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P36595
#23: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb7 / RNAポリメラーゼII


分子量: 19121.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14459
#24: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb8 / RNAポリメラーゼII


分子量: 14317.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q92399
#25: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb9 / RNAポリメラーゼII


分子量: 13192.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74635
#26: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb10 / RNAポリメラーゼII


分子量: 8286.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13877
#27: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb11 / RNAポリメラーゼII


分子量: 14143.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P87123
#28: タンパク質 RNA polymerase II subunit Rpb12 / RNAポリメラーゼII


分子量: 7216.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P48011

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: complex of Mediator and RNAPII / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4, 200 mM potassium acetate, 5 mM b-Mercaptoethanol, 0.01% NP-40
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 4C
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 22500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 9.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Appion粒子像選択
2Leginon3画像取得
4CTFFIND3CTF補正
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3862 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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