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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5u0f | ||||||
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タイトル | Identification of a New Zinc Binding Chemotype by Fragment Screening | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 2炭酸脱水酵素 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Fragment screening / carbonic anhydrase (炭酸脱水酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / regulation of intracellular pH / morphogenesis of an epithelium / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å | ||||||
データ登録者 | Peat, T.S. / Poulsen, S.A. / Ren, B. / Dolezal, O. / Woods, L.A. / Mujumdar, P. / Chrysanthopoulos, P.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017 タイトル: Identification of a New Zinc Binding Chemotype by Fragment Screening. 著者: Chrysanthopoulos, P.K. / Mujumdar, P. / Woods, L.A. / Dolezal, O. / Ren, B. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5u0f.cif.gz | 144 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5u0f.ent.gz | 110.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5u0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/5u0f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-7R1 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 % |
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結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: the reservoir condition consisted of 2.9 M ammonium sulfate with 0.1 M Tris buffer at pH 8.3; concentrated CA II at ~10 mg mL-1 was set up with seeding; dry compound was added to crystals ...詳細: the reservoir condition consisted of 2.9 M ammonium sulfate with 0.1 M Tris buffer at pH 8.3; concentrated CA II at ~10 mg mL-1 was set up with seeding; dry compound was added to crystals several days before harvesting and data collection |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.21→41.5 Å / Num. obs: 70877 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.21→1.23 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / CC1/2: 0.896 / % possible all: 84.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4cq0 解像度: 1.21→41.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.36 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.445 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.21→41.5 Å
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拘束条件 |
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