PDB-5tnq: Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tnq

タイトル

Crystal structure of the E153Q mutant of the CFTR inhibitory factor Cif containing the adducted (R)-Styrene oxide hydrolysis intermediate

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

epoxide hydrolase / hydroxyalkyl-enzyme intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Hvorecny, K.L. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P20GM113132	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30GM106394	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	U24DK097154	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	T32GM008704	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	R01ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	P42ES004699	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	K99ES024806	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	R00ES024806	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Active-Site Flexibility and Substrate Specificity in a Bacterial Virulence Factor: Crystallographic Snapshots of an Epoxide Hydrolase.
著者: Hvorecny, K.L. / Bahl, C.D. / Kitamura, S. / Lee, K.S.S. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2016年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tnq.cif.gz	492.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tnq.ent.gz	405.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tnq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/5tnq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tndC 5tneC 5tnfC 5tngC 5tnhC 5tniC 5tnjC 5tnkC 5tnlC 5tnmC 5tnnC 5tnpC 5tnrC 5tnsC 3kd2S 4dmc S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dm7-1 4dnf-1 5tni-2 5hka-1 4dmh-1 5tnh-2 3kda-2 4dm7-2 4dmc-2 5tns-2 5tnp-1 4dmf-1 5tnf-2 5hka-2 5tnl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.173, 83.979, 89.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.55, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor / 分子量: 34163.715 Da / 分子数: 4 / 変異: E153Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: A0A0M3KL26, UniProt: A0A0H2ZD27*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FEH / (1R)-1-phenylethane-1,2-diol / (R)-1-フェニル-1,2-エタンジオ-ル分子量: 138.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	FEH is bound form of (R)-Styrene oxide via its C8 atom convalently linked to OD1 atom of ASP ...FEH is bound form of (R)-Styrene oxide via its C8 atom convalently linked to OD1 atom of ASP residue 129 of CIF.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: sodium acetate, pH5 calcium chloride PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→19.806 Å / Num. obs: 194347 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.76
反射シェル	解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 4.67 % / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / CC_1/2: 0.872 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS	Oct 15, 2015	データ削減
XDS	Oct 15, 2015	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.5→19.806 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1829	9700	4.99 %
R_work	0.1614	-	-
obs	0.1625	194339	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.806 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9352	0	36	1156	10544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.838	13453
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.589	5838
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1389
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1774

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.2429	485	0.2307	5993	X-RAY DIFFRACTION	100
1.517-1.5349	10000000	0	0.2212	6416	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5349-1.5536	0.2353	485	0.2135	6000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5536-1.5732	0.2318	485	0.2073	5950	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5732-1.5939	10000000	0	0.1972	6484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5939-1.6158	0.2334	485	0.1916	5953	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.6388	0.214	485	0.1887	5909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6388-1.6633	10000000	0	0.1741	6472	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6633-1.6893	0.1908	485	0.1685	5984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6893-1.7169	0.1862	485	0.1714	6009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7169-1.7465	10000000	0	0.1697	6482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7465-1.7783	0.1871	485	0.1678	5915	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7783-1.8125	0.2098	485	0.171	5978	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8125-1.8494	10000000	0	0.1702	6469	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8494-1.8896	0.2044	485	0.1731	5994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8896-1.9335	0.1877	485	0.1632	5980	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-1.9818	10000000	0	0.1652	6440	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9818-2.0354	0.1926	485	0.1586	5970	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0354-2.0952	0.1719	485	0.161	5996	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0952-2.1627	10000000	0	0.1576	6464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1627-2.2399	0.1917	485	0.1601	6032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2399-2.3295	0.1879	485	0.1617	5981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3295-2.4353	10000000	0	0.1591	6459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4353-2.5635	0.1792	485	0.1636	6015	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5635-2.7237	0.1742	485	0.1651	6026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7237-2.9334	10000000	0	0.1632	6509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9334-3.2275	0.1852	485	0.1609	6043	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2275-3.6918	0.1719	485	0.1474	6012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6918-4.6414	10000000	0	0.1362	6561	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6414-19.808	0.1526	485	0.1533	6143	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.816	-0.0048	-0.0162	1.1256	0.0879	0.7469	-0.005	-0.0648	0.127	0.0835	-0.01	-0.0934	-0.0857	0.0219	0.0141	0.1037	0.0147	-0.0011	0.1013	-0.0039	0.113	5.7004	-0.0967	26.9011
2	1.0548	-0.3614	-0.0524	1.3588	0.2482	0.6218	0.0298	0.029	-0.0394	-0.0366	-0.0026	-0.1334	0.0497	0.0171	-0.0206	0.0873	0.0215	0.0107	0.0965	0.0007	0.0779	14.5396	-38.9698	15.6863
3	0.8881	-0.0049	0.0778	0.9087	-0.0206	0.7043	-0.0113	-0.1205	-0.1045	0.098	0.0036	0.0496	0.0881	-0.0314	0.0091	0.1022	0.0133	0.009	0.112	0.0133	0.0741	-22.0925	-31.8136	27.1034
4	1.0951	-0.4458	-0.0044	1.4595	-0.1629	0.6481	-0.0154	0.0121	0.1621	-0.0497	0.0113	0.0353	-0.0797	-0.0184	0.0055	0.0824	0.0144	-0.0229	0.0951	0.0003	0.1305	-30.8791	6.9821	15.4447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain C and resid 25:317)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain D and resid 25:317)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 25:317)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 25:317)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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