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- PDB-5tle: Fructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tle
タイトルFructose-1,6-bisphosphate aldolase from rabbit muscle in complex with the inhibitor 2-phosphate-naphthalene 6-bisphosphonate
要素Fructose-bisphosphate aldolase A
キーワードLYASE/INHIBITOR / INHIBITOR (酵素阻害剤) / BISPHOSPHONATE (ビスホスホネート) / COMPLEX / ALDOLASE / LYASE (リアーゼ) / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / M band / I band / glycolytic process / protein homotetramerization / positive regulation of cell migration
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RD1 / Fructose-bisphosphate aldolase A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.576 Å
データ登録者Heron, P.W. / Sygusch, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2018
タイトル: Bisphosphonate Inhibitors of Mammalian Glycolytic Aldolase.
著者: Heron, P.W. / Abellan-Flos, M. / Salmon, L. / Sygusch, J.
履歴
登録2016年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase A
B: Fructose-bisphosphate aldolase A
C: Fructose-bisphosphate aldolase A
D: Fructose-bisphosphate aldolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,83110
ポリマ－157,0554
非ポリマー1,7776
水39,8852214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12360 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area46790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.742, 103.717, 84.524
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name O or name...
21(chain B and ((resid 1 and (name O or name...
31(chain C and ((resid 1 and (name O or name...
41(chain D and ((resid 1 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPRO(chain A and ((resid 1 and (name O or name...AA11
12TYRTYR(chain A and ((resid 1 and (name O or name...AA1 - 3631 - 363
13TYRTYR(chain A and ((resid 1 and (name O or name...AA1 - 3631 - 363
14TYRTYR(chain A and ((resid 1 and (name O or name...AA1 - 3631 - 363
15TYRTYR(chain A and ((resid 1 and (name O or name...AA1 - 3631 - 363
16TYRTYR(chain A and ((resid 1 and (name O or name...AA1 - 3631 - 363
21PROPRO(chain B and ((resid 1 and (name O or name...BB11
22TYRTYR(chain B and ((resid 1 and (name O or name...BB1 - 3631 - 363
23TYRTYR(chain B and ((resid 1 and (name O or name...BB1 - 3631 - 363
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26TYRTYR(chain B and ((resid 1 and (name O or name...BB1 - 3631 - 363
31PROPRO(chain C and ((resid 1 and (name O or name...CC11
32TYRTYR(chain C and ((resid 1 and (name O or name...CC1 - 3631 - 363
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46TYRTYR(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD1 - 3631 - 363

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要素

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase A / Muscle-type aldolase


分子量: 39263.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ALDOA / プラスミド: pPB14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(SI) / 参照: UniProt: P00883, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-RD1 / {[6-(phosphonooxy)naphthalen-2-yl]methylene}bis(phosphonic acid)


分子量: 398.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13O10P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.57 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M Sodium HEPES, 17.5% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月25日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. obs: 184916 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.966 / Net I/av σ(I): 21.774 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 542448
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.58-1.612.40.78395140.5470.5890.9840.7897.6
1.61-1.642.40.64794440.6080.4890.8140.82596.7
1.64-1.672.40.57493660.6880.4310.720.83896.3
1.67-1.72.40.49493640.7470.370.6190.82995.5
1.7-1.742.40.39892190.8060.2970.4990.8694.6
1.74-1.782.50.33691490.8410.2490.420.89193.5
1.78-1.822.50.27790390.90.2060.3460.90892.5
1.82-1.872.60.21889360.9330.160.2720.93191.8
1.87-1.932.70.17789440.9530.1290.221.03491.6
1.93-1.992.80.14289670.9680.1020.1761.15891.5
1.99-2.062.90.11888640.9780.0830.1441.23190.6
2.06-2.1430.09186810.9870.0630.1111.16589
2.14-2.243.10.07286230.9920.0480.0871.01288.1
2.24-2.363.20.05886770.9950.0380.071.02888.6
2.36-2.513.20.04990240.9960.0310.0581.22292.3
2.51-2.73.20.04696540.9960.030.0551.47298.2
2.7-2.973.40.03598160.9970.0220.0420.82100
2.97-3.43.70.02298160.9990.0130.0260.938100
3.4-4.293.80.016985710.0090.0190.748100
4.29-503.80.015996210.0090.0170.67699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QUT

2qut


解像度: 1.576→32.344 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1575 2007 1.09 %
Rwork0.1311 182860 -
obs0.1314 184867 94.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.31 Å2 / Biso mean: 28.3784 Å2 / Biso min: 10.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.576→32.344 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10672 0 180 2238 13090
Biso mean--23.39 39.25 -
残基数----1397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93915154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551689
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5146762
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7625X-RAY DIFFRACTION4.19TORSIONAL
12B7625X-RAY DIFFRACTION4.19TORSIONAL
13C7625X-RAY DIFFRACTION4.19TORSIONAL
14D7625X-RAY DIFFRACTION4.19TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5761-1.61550.28711450.2726130621320795
1.6155-1.65920.28041450.2323133391348496
1.6592-1.7080.26491460.2155131701331695
1.708-1.76320.2191400.1913130021314294
1.7632-1.82620.18481480.1806128171296593
1.8262-1.89930.18921320.1569126491278192
1.8993-1.98570.17381410.1381126981283992
1.9857-2.09040.15841380.1286124731261190
2.0904-2.22130.14271300.1186122721240288
2.2213-2.39280.14611400.1137122831242389
2.3928-2.63350.1591460.1144132421338896
2.6335-3.01430.13861490.11791386914018100
3.0143-3.79680.13891490.1131394914098100
3.7968-32.35030.1321580.11471403514193100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4681-0.1067-0.11190.32180.35160.4366-0.0023-0.00090.00130.096-0.0103-0.0568-0.00110.0469-00.1519-0.0294-0.01540.1623-0.0090.21025.5509-20.137549.7349
20.4255-0.15560.00630.69820.1910.38470.0188-0.0575-0.00610.07950.0069-0.09750.04830.061400.1320.0002-0.01790.1391-0.00510.15432.5572-25.741545.2104
30.4145-0.23270.1371.070.44640.31870.03320.05520.01060.14970.0502-0.33690.15050.05850.04780.17110.0175-0.06170.1919-0.01710.272817.4746-32.525345.0084
40.54850.03950.16910.162-0.05240.46240.01770.0450.0650.029-0.0865-0.10110.0409-0.121200.1367-0.0199-0.00130.17880.00160.1956-33.1576-19.958652.2658
50.2897-0.0288-0.12770.23890.03510.72480.0242-0.07240.03610.0113-0.03380.0162-0.038-0.10320.00050.12950.00030.0080.1518-0.01760.1453-30.8657-14.921246.8539
60.19670.1443-0.04780.5912-0.34190.24520.0207-0.00540.08360.0089-0.06460.0481-0.2302-0.4117-0.03260.17060.0717-0.00480.3182-0.04880.1978-45.7235-8.214348.0998
70.51880.1037-0.02320.2263-0.2210.52130.0897-0.0402-0.0611-0.0237-0.1144-0.13960.0224-0.03800.15870.00630.00470.15560.01070.2008-35.3735-25.28657.4222
80.4065-0.03390.10240.4043-0.12060.66490.03410.0376-0.0478-0.0352-0.00920.03360.1225-0.08250.00040.1611-0.0263-0.00520.1219-0.00740.138-31.3768-30.002112.4957
90.4642-0.2560.36650.5674-0.3970.34260.1278-0.1198-0.0976-0.0664-0.06060.12460.4745-0.2719-0.05850.3063-0.1063-0.04050.20410.00910.1953-44.7608-39.729812.899
100.28180.21160.24480.22090.24940.41130.053-0.02370.0117-0.1-0.08280.109-0.0110.1275-00.1760.0120.02140.1897-0.00950.22962.6844-17.34955.1071
110.32580.054-0.01310.2245-0.03550.63850.01120.07220.0427-0.0521-0.0249-0.0378-0.07350.108900.1564-0.02220.02140.14290.0060.1568-0.9643-12.41299.9858
120.3141-0.1543-0.1890.46350.28690.2970.0886-0.01830.1161-0.0444-0.1039-0.0855-0.42790.3616-0.04020.2808-0.09560.03470.2770.03040.248912.4035-2.78868.34
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 51 )A1 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 275 )A52 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 276 through 363 )A276 - 363
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 51 )B1 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 52 through 275 )B52 - 275
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 276 through 363 )B276 - 363
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1 through 51 )C1 - 51
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 52 through 275 )C52 - 275
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 276 through 363 )C276 - 363
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12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 276 through 363 )D276 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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