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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5tkp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FBP aldolase from Toxoplasma gondii, equilibrium Schiff base FBP complex | ||||||
要素 | Fructose-bisphosphate aldolase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / TIM BARREL (TIMバレル) / ALDOLASE / GLYCOLYSIS (解糖系) / SUBSTRATE / INTERMEDIATE / COVALENT (共有結合) / SCHIFF BASE (シッフ塩基) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Heron, P.W. / Sygusch, J. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Isomer activation controls stereospecificity of class I fructose-1,6-bisphosphate aldolases. 著者: Heron, P.W. / Sygusch, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5tkp.cif.gz | 203.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5tkp.ent.gz | 171.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5tkp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39146.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: ald-1 / プラスミド: pE-SUMO-AMP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star (DE3) / 参照: UniProt: Q8I8I2, fructose-bisphosphate aldolase |
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#2: 化合物 | ChemComp-P6F / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 0.2M Lithium Sulfate, 3.5% PEG 8000, 10% PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 19184 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 30.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.881 / Net I/av σ(I): 19.846 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 154302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.09→50 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.79 Å2 / Biso mean: 39.2937 Å2 / Biso min: 17.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.09→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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