[日本語] English
万見
- PDB-5t62: Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase L... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t62
タイトルNmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis: 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 Complex
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 39
  • 25S Ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S Ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S Ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • 60S ribosomal export protein NMD3
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Large subunit GTPase 1
  • Ribosomal Protein uL1
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Ribosome Biogenesis (リボソーム生合成) / 60S / Nmd3 / Lsg1 / Tif6 / cryo-em (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits ...mating projection tip / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / translational termination / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / オートファジー / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / protein transport / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / 核小体 / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ras GTPase GNL1-like / Nmd3, N-terminal / Ribosomal export protein Nmd3 / : / : / NMD3 family / NMD3 OB-fold domain / NMD3 SH3 domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Ras GTPase GNL1-like / Nmd3, N-terminal / Ribosomal export protein Nmd3 / : / : / NMD3 family / NMD3 OB-fold domain / NMD3 SH3 domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal L29e protein family / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L14 / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Large ribosomal subunit protein uL15 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / 60S ribosomal export protein NMD3 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large subunit GTPase 1 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Malyutin, A.G. / Musalgaonkar, S. / Patchett, S. / Frank, J. / Johnson, A.W.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM53655 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM29169 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)HHMI 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: Nmd3 is a structural mimic of eIF5A, and activates the cpGTPase Lsg1 during 60S ribosome biogenesis.
著者: Andrey G Malyutin / Sharmishtha Musalgaonkar / Stephanie Patchett / Joachim Frank / Arlen W Johnson /
要旨: During ribosome biogenesis in eukaryotes, nascent subunits are exported to the cytoplasm in a functionally inactive state. 60S subunits are activated through a series of cytoplasmic maturation events. ...During ribosome biogenesis in eukaryotes, nascent subunits are exported to the cytoplasm in a functionally inactive state. 60S subunits are activated through a series of cytoplasmic maturation events. The last known events in the cytoplasm are the release of Tif6 by Efl1 and Sdo1 and the release of the export adapter, Nmd3, by the GTPase Lsg1. Here, we have used cryo-electron microscopy to determine the structure of the 60S subunit bound by Nmd3, Lsg1, and Tif6. We find that a central domain of Nmd3 mimics the translation elongation factor eIF5A, inserting into the E site of the ribosome and pulling the L1 stalk into a closed position. Additional domains occupy the P site and extend toward the sarcin-ricin loop to interact with Tif6. Nmd3 and Lsg1 together embrace helix 69 of the B2a intersubunit bridge, inducing base flipping that we suggest may activate the GTPase activity of Lsg1.
履歴
登録2016年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年2月22日Group: Database references
改定 1.32017年4月12日Group: Database references
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52017年11月8日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.62018年6月13日Group: Data collection / Other / Structure summary / カテゴリ: cell / entity / struct
Item: _cell.length_a / _cell.length_b ..._cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.72018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.82019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.92019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8362
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: Eukaryotic translation initiation factor 6
A: 25S Ribosomal RNA
B: 5S Ribosomal RNA
C: 5.8S Ribosomal RNA
D: 60S ribosomal protein L2-A
E: 60S ribosomal protein L3
F: 60S ribosomal protein L4-A
G: 60S ribosomal protein L5
H: 60S ribosomal protein L6-A
I: 60S ribosomal protein L7-A
J: 60S ribosomal protein L8-A
K: 60S ribosomal protein L9-A
L: 60S ribosomal protein L10
M: 60S ribosomal protein L11-A
N: 60S ribosomal protein L13-A
O: 60S ribosomal protein L14-A
a: 60S ribosomal protein L15-A
b: 60S ribosomal protein L16-A
c: 60S ribosomal protein L17-A
d: 60S ribosomal protein L18-A
e: 60S ribosomal protein L19-A
f: 60S ribosomal protein L20-A
g: 60S ribosomal protein L21-A
h: 60S ribosomal protein L22-A
i: 60S ribosomal protein L23-A
j: 60S ribosomal protein L24-A
k: 60S ribosomal protein L25
l: 60S ribosomal protein L26-A
m: 60S ribosomal protein L27-A
n: 60S ribosomal protein L28
o: 60S ribosomal protein L29
p: 60S ribosomal protein L30
q: 60S ribosomal protein L31-A
r: 60S ribosomal protein L32
s: 60S ribosomal protein L33-A
t: 60S ribosomal protein L34-A
u: 60S ribosomal protein L35-A
v: 60S ribosomal protein L36-A
w: 60S ribosomal protein L37-A
x: 60S ribosomal protein L38
y: 60S ribosomal protein L39
z: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
Q: 60S ribosomal protein L42-A
R: 60S ribosomal protein L43-A
S: Ribosomal Protein uL1
V: 60S ribosomal export protein NMD3
W: Large subunit GTPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,110,894210
ポリマ－2,106,40447
非ポリマー4,489163
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area379870 Å2
ΔGint-4424 kcal/mol
Surface area710130 Å2

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 5分子 XzSVW

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 28597.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TIF6, CDC95, YPR016C, LPZ15C / プラスミド: pAJ3283 / 詳細 (発現宿主): 6HIS-kemptide-TIF6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12522
#42: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08
#45: タンパク質 Ribosomal Protein uL1 /


分子量: 18485.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#46: タンパク質 60S ribosomal export protein NMD3 / Nonsense-mediated mRNA decay protein 3


分子量: 59995.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38861
#47: タンパク質 Large subunit GTPase 1


分子量: 71945.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P53145, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#2: RNA鎖 25S Ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: REF: 831416132
#3: RNA鎖 5S Ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039024045
#4: RNA鎖 5.8S Ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1102645687

+
60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 DEFGHIJKLMNOabcdefghijklmnopqr...

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A / リボソーム / L5 / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX45
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / リボソーム / L2 / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26321
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / リボソーム / L17 / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02326
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / リボソーム / L6 / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / リボソーム / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / リボソーム / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / / L9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41805
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / リボソーム / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W9
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / リボソーム


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / リボソーム


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / リボソーム / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / リボソーム / L13a / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / リボソーム / L20A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / リボソーム / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / リボソーム / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / リボソーム / L18a


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / リボソーム


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02753
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / リボソーム / L1c / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05749
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / リボソーム / L17a / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / リボソーム / L30 / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04449
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04456
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / リボソーム / L33 / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / リボソーム


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H6
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02406
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / / YL43


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05747
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / リボソーム / L34 / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H8
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L32 /


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / リボソーム / L37 / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / リボソーム


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87262
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / リボソーム


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / リボソーム / L39 / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / リボソーム / L43 / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L38 /


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49167
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / L46 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04650
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / リボソーム / L41 / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX27
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / リボソーム / L37a / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25

-
非ポリマー , 4種, 169分子

#48: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#49: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#50: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#51: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細In chain 47 the two UNK segments (135-175 and 276-298) are separated by gaps from the rest of the ...In chain 47 the two UNK segments (135-175 and 276-298) are separated by gaps from the rest of the known sequence and there is not enough information in my EM maps to accurately assign neither the number nor sequence to these regions

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
160S in complex with Nmd3, Lsg1, and Tif6RIBOSOME#1-#470MULTIPLE SOURCES
260S-Nmd3-Tif6-Lsg1 complex with focus on Nmd3COMPLEX#1-#471MULTIPLE SOURCESThis map was acquired by combining 60S-Nmd3 and 60S-Nmd3-Tif6-Lsg1 datasets to increase the number of particles containing 60S-Nmd3 in closed conformation.
分子量
IDEntity assembly-ID単位実験値
11MEGADALTONSNO
12
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
緩衝液
IDSpecimen-IDpH
117.5
227.5
試料
IDExperiment-ID包埋シャドウイング染色凍結
11NONONOYES
21NONONOYES
試料支持
IDSpecimen-ID詳細グリッドの材料グリッドのサイズ (divisions/in.)グリッドのタイプ
1110WGOLD300Made in lab
2210WGOLD300Made in lab
急速凍結
ID装置凍結剤湿度 (%)Specimen-ID凍結前の試料温度 (K)Entry-ID
1FEI VITROBOT MARK IVETHANE10012775T62
2FEI VITROBOT MARK IVETHANE10022775T62

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company /
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

加速電圧: 300 kV / 凍結剤: NITROGEN / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Specimen-ID: 1

IDアライメント法C2レンズ絞り径 (µm)倍率（補正後） (X)モデルCs (mm)最大 デフォーカス（公称値） (nm)最小 デフォーカス（公称値） (nm)倍率（公称値） (X)試料ホルダーモデル
1COMA FREE3031000FEI TECNAI F302.264000150027000OTHER
2FEI TITAN KRIOSFEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影
IDImaging-ID平均露光時間 (sec.)電子線照射量 (e/Å2)検出モードフィルム・検出器のモデル
11840COUNTINGGATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
22859.5COUNTINGGATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0088 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing-IDImaging-ID
1RELION1.4粒子像選択1
2Leginon画像取得1
4CTFFIND34.0.18CTF補正1
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10Cootモデル精密化
14RELION1.4初期オイラー角割当1
15RELION1.4最終オイラー角割当1
16RELION1.4分類1
17RELION1.4３次元再構成1
27MotionCor208-22-10CTF補正2
30RELION2.0 Open Beta初期オイラー角割当2
31RELION2.0 Open Beta最終オイラー角割当2
32RELION2.0 Open Beta分類2
33RELION2.0 Open Beta３次元再構成2
画像処理
IDImage recording-ID
11
22
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成
ID解像度 (Å)解像度の算出法粒子像の数Image processing-IDEntry-ID対称性のタイプ
13.1FSC 0.143 CUT-OFF22651615T62POINT
23.3FSC 0.143 CUT-OFF1941125T62POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化最高解像度: 3.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 131777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.015143315
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0291952
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.0341.539208158
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.1913215337
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg16.7078.85322998
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.45122.1062365
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg16.7131510318
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg14.78115579
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1070.21123498
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.02106354
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.0231969
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.76712.88229293
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other5.76712.88129292
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it10.57319.29536520
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other10.57319.29636521
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it5.34612.028114022
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other5.34612.028114023
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other8.97918.08171639
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined28.252404065
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other28.252404065
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る