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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t03 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of heparan sulfate 6-O-sulfotransferase with bound PAP and glucuronic acid containing hexasaccharide substrate | |||||||||
要素 | maltose binding protein - heparan sulfate 6-O-sulfotransferase isoform 3 fusion protein | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / heparan sulfate (ヘパラン硫酸) / sulfotransferase / complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heparan sulfate 6-O-sulfotransferase activity / HS-GAG biosynthesis / 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類 / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / sulfotransferase activity / oligosaccharide binding / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex ...heparan sulfate 6-O-sulfotransferase activity / HS-GAG biosynthesis / 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類 / heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process, enzymatic modification / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / sulfotransferase activity / oligosaccharide binding / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Pedersen, L.C. / Moon, A.F. / Krahn, J.M. / Liu, J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017 タイトル: Structure Based Substrate Specificity Analysis of Heparan Sulfate 6-O-Sulfotransferases. 著者: Xu, Y. / Moon, A.F. / Xu, S. / Krahn, J.M. / Liu, J. / Pedersen, L.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5t03.cif.gz | 563.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5t03.ent.gz | 463.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5t03.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/5t03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/5t03 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 78557.203 Da / 分子数: 2 変異: D82A, K83A, E172A, N173A, K239A, E359A, K362A, D363A 由来タイプ: 組換発現 詳細: This is an N-terminal MBP fusion to HS 6-O-sulfotransferase from zebrafish isoform 3. To keep the correct numbering with the 6-O-sulfotransferase add 1000. 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, hs6st3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: A0MGZ7, UniProt: P0AEX9*PLUS, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類 |
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-糖 , 2種, 4分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | |
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-非ポリマー , 7種, 950分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 化合物 | ChemComp-NA / #9: 化合物 | ChemComp-TLA / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM Tris pH 7.5, 200mM di-sodium tartrate, 18-19% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 102512 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 6.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→38.648 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.648 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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