PDB-5sxg: Crystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sxg

タイトル

Crystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B

要素

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

APOBEC /

deaminase (脱アミノ)

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome /

活性化誘導シチジンデアミナーゼ / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing /

deoxycytidine deaminase activity /

cytidine deaminase activity / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / retrotransposon silencing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Shi, K. / Kurahashi, K. / Aihara, H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Conformational Switch Regulates the DNA Cytosine Deaminase Activity of Human APOBEC3B.
著者: Shi, K. / Demir, O. / Carpenter, M.A. / Wagner, J. / Kurahashi, K. / Harris, R.S. / Amaro, R.E. / Aihara, H.

履歴

登録	2016年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sxg.cif.gz	224.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sxg.ent.gz	182.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/5sxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/5sxg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5sxhC 5cqkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5sxh-2 5z9m-1 3hsj-d 5z9m-2 4urn-1 6nfl-d 6r59-2 6r4w-1 1zyn-1 7c7n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B

B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B

ヘテロ分子

44.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.390, 50.800, 76.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B / A3B / Phorbolin-1-related protein / Phorbolin-2/3 分子量: 21821.688 Da / 分子数: 2 / 変異: F200S, W228S, L230K, Y250S, F308K, Delta 242-249 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UH17, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル / 1,3-プロパンジオール分子量: 76.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 25238 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.105 / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC_1/2: 0.549 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2499	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CQK

5cqk

解像度: 1.93→37.481 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	1217	4.83 %
R_work	0.1766	-	-
obs	0.1783	25220	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→37.481 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2884	0	37	281	3202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.67	4054
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.262	1757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	526

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9301-2.0074	0.2852	141	0.271	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0074-2.0987	0.2768	130	0.2361	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0987-2.2094	0.2439	136	0.2161	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2094-2.3478	0.2339	146	0.2018	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3478-2.529	0.2466	115	0.187	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.7834	0.2105	138	0.1792	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7834-3.186	0.2102	143	0.1704	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.186-4.0133	0.1843	129	0.1427	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0133-37.4877	0.1726	139	0.1536	2747	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0715	-0.0568	-0.0217	0.0574	0.0649	0.1388	-0.0462	0.0013	-0.1085	0.0601	0.0899	0.1322	-0.057	-0.0528	0.0099	0.1473	-0.017	0.0405	0.1646	-0.0125	0.2202	-1.2667	-0.0243	-3.7543
2	0.1716	0.1086	0.1874	0.2349	0.1769	0.3722	-0.1451	0.1012	-0.0066	0.1017	0.1075	-0.1354	-0.0116	-0.1242	-0.0001	0.2026	0.002	0.0132	0.2088	-0.0053	0.1839	2.8697	3.264	4.6841
3	0.1846	0.0512	0.1601	0.2015	-0.0974	0.2199	0.0597	0.001	-0.0353	-0.0737	0.145	0.01	-0.0152	0.033	0.0147	0.1912	-0.0023	0.0059	0.1945	-0.0194	0.2345	11.5617	1.5631	-1.9956
4	0.245	0.2312	0.1063	0.2163	0.1511	0.2979	-0.0867	0.1052	-0.0476	-0.0715	0.0886	-0.1169	0.0141	-0.0757	-0.0186	0.1549	-0.0242	0.0105	0.1415	-0.0011	0.239	17.096	7.2859	-2.5804
5	0.5229	-0.198	0.4107	0.1092	-0.1908	0.3411	-0.1044	0.0496	-0.1061	0.0981	0.0588	-0.1157	-0.0841	-0.0389	-0.0296	0.1614	-0.001	-0.0396	0.1696	0.0386	0.1869	13.1293	7.0803	9.8505
6	0.1435	0.0009	0.0009	0.0694	0.0754	0.1534	-0.0656	-0.0534	-0.0819	0.0487	0.0246	-0.1809	-0.1131	-0.0527	-0.0018	0.1946	-0.0048	-0.0584	0.1579	0.0078	0.2112	10.2907	12.9378	12.8922
7	0.2315	-0.1874	-0.0957	0.1481	0.0738	0.0374	0.0137	0.0034	-0.1367	-0.0672	-0.0539	0.0003	-0.0777	-0.0236	-0	0.1658	0.0196	-0.0255	0.1783	-0.009	0.177	-5.9788	8.1862	-4.2462
8	0.0771	0.1268	-0.0777	0.2825	-0.1859	0.1532	-0.1254	0.1058	0.0413	0.1187	0.0186	0.2086	-0.1939	0.0782	-0.0007	0.1853	0.047	-0.0297	0.2112	-0.012	0.1515	-1.4619	15.3092	13.8861
9	0.0016	0.0071	-0.0115	0.0746	-0.0032	0.0535	0.2361	0.0672	0.0252	0.0452	-0.1123	-0.0376	0.1081	0.0904	0.0004	0.2589	0.0099	0.0271	0.2012	0.029	0.1869	37.9763	-6.049	40.9383
10	0.7169	-0.4748	0.4045	0.7866	-0.4092	0.5066	0.165	-0.1079	-0.0549	-0.0451	-0.0241	0.0597	0.0385	-0.0846	0.2967	0.1744	0.0098	0.0355	0.1522	0.0162	0.1443	27.096	-4.0626	37.5615
11	0.6909	0.33	0.3701	0.2389	0.0012	0.545	-0.024	-0.0044	-0.0352	0.0435	0.1332	0.1947	-0.1845	-0.1565	0.1393	0.1982	0.0709	0.0439	0.2591	0.0464	0.2042	19.1436	1.8376	36.117
12	0.8489	0.4217	0.1763	0.8038	0.3207	0.1309	-0.221	-0.2812	-0.0546	0.2217	0.2372	0.1651	-0.1125	-0.2382	0.2225	0.1872	0.1072	0.0307	0.3055	0.0519	0.143	18.5859	7.0351	37.972
13	0.1226	0.0831	0.1764	1.0082	-0.4261	0.3219	0.0904	-0.0005	0.0109	-0.0096	-0.16	0.0189	-0.0082	-0.0104	-0.0028	0.227	0.031	-0.0017	0.2135	0.0045	0.1585	33.8257	4.5083	30.926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 190 through 202 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 203 through 222 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 223 through 253 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 254 through 279 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 280 through 318 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 319 through 337 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 338 through 361 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 362 through 378 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 190 through 202 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 203 through 265 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 266 through 298 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 299 through 309 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 310 through 378 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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