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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qqe | ||||||
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タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Kalirin/Rac1 in complex with MolPort-009-531-494 | ||||||
要素 |
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キーワード | Hydrolase/Transferase / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / XChemExplorer / Hydrolase-Transferase complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 ...regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NADPH oxidase complex / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / cortical cytoskeleton organization / respiratory burst / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / ruffle organization / cell projection assembly / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / DCC mediated attractive signaling / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cell size / DSCAM interactions / extrinsic component of membrane / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / ephrin receptor signaling pathway / localization / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / positive regulation of microtubule polymerization / RHO GTPases activate PKNs / vesicle-mediated transport / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / actin filament polymerization / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell-matrix adhesion / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / positive regulation of endothelial cell migration / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / actin filament organization / 運動性 / RHO GTPases Activate Formins / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / 軸索誘導 / regulation of actin cytoskeleton organization / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / neuron migration / MAPK6/MAPK4 signaling / ゴルジ体 / Signaling by SCF-KIT 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Gray, J.L. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Jimenez Antunez, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Brennan, P.E. / von Delft, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: PanDDA analysis group deposition 著者: Gray, J.L. / Krojer, T. / Talon, R. / Douangamath, A. / Jimenez Antunez, C. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Brennan, P.E. / von Delft, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5qqe.cif.gz | 93.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5qqe.ent.gz | 69.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5qqe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/5qqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/5qqe | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002072 (11エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | Kalirin/Rac1 complex screened against a customized urea fragment library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | 5o33S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19797.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63000 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 21274.471 Da / 分子数: 1 / Mutation: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KALRN, DUET, DUO, HAPIP, TRAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O60229, non-specific serine/threonine protein kinase |
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#4: 化合物 | ChemComp-N5S / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 % / Mosaicity: 0.13 ° |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M bis-tris pH 5.5 24% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91587 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→85.66 Å / Num. obs: 30148 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.275 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.283 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 554434 / Scaling rejects: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5O33 解像度: 1.95→57.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 9.503 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.48 Å2 / Biso mean: 45.461 Å2 / Biso min: 26.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→57.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.953→2.004 Å / Total num. of bins used: 20
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