PDB-5pzw: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5pzw

タイトル

Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(3-chlorophenyl)sulfonyl-3-[5-[(3-chlorophenyl)sulfonylcarbamoylamino]pentyl]urea

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / D3R docking / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / cellular response to magnesium ion / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

Model details

For D3R project

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 1-(3-chlorophenyl)sulfonyl-3-[5-[(3- ...
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2017年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5pzw.cif.gz	508.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5pzw.ent.gz	416.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5pzw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pzw	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002030 (23エントリ) 5pzq 5pzr 5pzs 5pzt 5pzu 5pzv 5pzw 5pzx 5pzy 5pzz
タイトル	Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with allosteric inhibitors
タイプ	undefined
解説	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 with inhibitors

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関連構造データ

類似構造データ	2wbb-1 5pzu-d 5pzx-2 1fpe-1 5q07-1 5q04-2 5q08-2 5pzy-2 5pzz-1 5q09-2 4mjo-1 5q00-1 1fpj-1 1fta-d 2vt5-1 5q05-2 6lw2-d 5q0b-d 2wbd-2 2y5l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

149 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.204, 83.617, 278.817
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39 through 61 or resid 72 through 335))
2	1	(chain B and (resid 9 through 37 or resid 39 through 335))
3	1	(chain C and (resid 9 through 37 or resid 39 through 61 or resid 72 through 335))
4	1	(chain D and (resid 9 through 37 or resid 39 through 335))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	9 - 37	10 - 38
1	2	THR	THR	GLY	GLY	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	39 - 61	40 - 62
1	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain A and (resid 9 through 37 or resid 39 through 61 or resid 72 through 335))	A	A	72 - 335	73 - 336
2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain B and (resid 9 through 37 or resid 39 through 335))	B	B	9 - 37	10 - 38
2	2	THR	THR	SER	SER	(chain B and (resid 9 through 37 or resid 39 through 335))	B	B	39 - 335	40 - 336
3	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain C and (resid 9 through 37 or resid 39 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	9 - 37	10 - 38
3	2	THR	THR	GLY	GLY	(chain C and (resid 9 through 37 or resid 39 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	39 - 61	40 - 62
3	3	LYS	LYS	SER	SER	(chain C and (resid 9 through 37 or resid 39 through 61 or resid 72 through 335))	C	C	72 - 335	73 - 336
4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	(chain D and (resid 9 through 37 or resid 39 through 335))	D	D	9 - 37	10 - 38
4	2	THR	THR	SER	SER	(chain D and (resid 9 through 37 or resid 39 through 335))	D	D	39 - 335	40 - 336

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2TU34, UniProt: P09467*PLUS, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-94J / N,N'-(pentane-1,5-diyldicarbamoyl)bis(3-chlorobenzene-1-sulfonamide) 分子量: 537.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂Cl₂N₄O₆S₂
#3: 化合物	ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR / AICA ribonucleotide 分子量: 338.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₄O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→29.946 Å / Num. obs: 106085 / % possible obs: 99.03 %

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.23	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→29.946 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 20.88 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 1-(3-chlorophenyl)sulfonyl-3-[5-[(3-chlorophenyl)sulfonylcarbamoylamino]pentyl]urea DID NOT NOT FULLY REPLACE THE ZMP DURING THE SOAK DENSITY FOR RESIDUAL ZMP WAS VISIBLE AND ZMP WAS INCLUDED ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	5363	5.06 %
R_work	0.1821	100722	-
obs	0.1848	106085	99.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.79 Å² / B_iso mean: 22.6887 Å² / B_iso min: 2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→29.946 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9729	0	154	1452	11335
B_iso mean	-	-	21.73	34.11	-
残基数	-	-	-	-	1271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	13617
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1545
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.341	6083

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6066	X-RAY DIFFRACTION	9.619	TORSIONAL
1	2	B	6066	X-RAY DIFFRACTION	9.619	TORSIONAL
1	3	C	6066	X-RAY DIFFRACTION	9.619	TORSIONAL
1	4	D	6066	X-RAY DIFFRACTION	9.619	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3477	141	0.2566	2924	3065	87
2.0227-2.0465	0.261	168	0.2145	3253	3421	97
2.0465-2.0715	0.2619	163	0.2061	3270	3433	99
2.0715-2.0977	0.2518	182	0.1962	3424	3606	100
2.0977-2.1253	0.2743	180	0.1947	3274	3454	100
2.1253-2.1544	0.2512	175	0.193	3355	3530	100
2.1544-2.1852	0.2347	171	0.1852	3369	3540	100
2.1852-2.2178	0.256	191	0.1886	3309	3500	100
2.2178-2.2524	0.2453	184	0.1842	3393	3577	100
2.2524-2.2893	0.2616	204	0.1853	3324	3528	100
2.2893-2.3288	0.2248	184	0.1756	3362	3546	100
2.3288-2.3711	0.2445	166	0.1737	3350	3516	100
2.3711-2.4167	0.251	167	0.1759	3349	3516	100
2.4167-2.466	0.2515	160	0.1874	3413	3573	100
2.466-2.5196	0.2612	201	0.1875	3328	3529	100
2.5196-2.5782	0.2624	176	0.1888	3377	3553	100
2.5782-2.6426	0.2573	180	0.1942	3352	3532	100
2.6426-2.714	0.2595	172	0.196	3379	3551	100
2.714-2.7938	0.2624	200	0.1914	3390	3590	100
2.7938-2.8839	0.254	168	0.1807	3374	3542	100
2.8839-2.9869	0.2254	181	0.1816	3376	3557	100
2.9869-3.1064	0.2135	185	0.1831	3364	3549	100
3.1064-3.2476	0.2315	192	0.1772	3386	3578	100
3.2476-3.4186	0.2107	180	0.1776	3373	3553	100
3.4186-3.6324	0.2329	171	0.1709	3397	3568	99
3.6324-3.9124	0.2039	190	0.1639	3404	3594	99
3.9124-4.305	0.2025	207	0.1603	3400	3607	99
4.305-4.9256	0.199	167	0.1606	3425	3592	99
4.9256-6.1967	0.2471	175	0.1884	3466	3641	99
6.1967-29.9496	0.2258	182	0.1969	3562	3744	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0236	0.0098	0.0033	0.0475	-0.0163	0.0062	0.0209	0.0458	0.0585	-0.0192	0.0353	0.0299	-0.0629	-0.0168	0.048	0.0634	-0.006	0.0543	0.0508	0.0363	0.0088	15.7598	43.2925	16.3852
2	0.0128	0.0122	-0.0122	0.0281	-0.016	0.0152	-0.005	0.0737	0.0473	-0.0215	-0.0115	-0.0305	-0.0756	0.0719	-0.0135	0.1011	-0.0287	0.036	0.1331	0.0222	0.1027	33.9824	43.6007	11.0205
3	0.0145	-0.0022	0.0029	0.059	0.0004	0.0102	0.0364	0.0416	0.031	-0.0334	-0.0012	-0.0384	-0.0383	0.0124	0.0279	0.1101	-0.105	0.0633	0.171	0.0414	0.0651	36.5587	45.8269	2.7743
4	0.0101	-0.0046	-0.0014	0.0075	-0.0051	0.0137	-0.001	0.0002	-0.0325	0.0045	0.0118	0.0019	0.0114	0.0277	0.004	0.0661	-0.0014	0.007	0.0905	-0.0174	0.0941	36.3469	19.3477	37.2787
5	0.0017	-0.0009	-0.0007	0.0033	0.0059	0.007	0.0555	0.0043	-0.0062	0.0112	0.0337	-0.0288	-0.0105	0.0252	0.0002	0.0978	0.0101	-0.0087	0.1155	-0.0272	0.128	46.3224	17.0214	32.798
6	0.0237	-0.0187	-0.0065	0.0136	0.0031	0.0058	0.0258	0.0433	-0.0238	-0.021	0.0117	-0.0099	0.0181	0.0646	0.0143	0.0568	-0.002	0.0213	0.1158	-0.038	0.0559	39.4556	19.2319	13.9665
7	0.0037	-0.0007	0.0041	0.0221	0.0027	0.0133	-0.0047	0.0163	-0.023	-0.0236	-0.0206	-0.0238	0.0046	0.0417	-0.0148	0.0183	0.0442	0.0292	0.1794	-0.0591	0.0914	49.2898	16.4794	16.3025
8	0.0079	-0.0063	-0.0025	0.0097	0.0003	-0.0004	0.0079	0.0099	0.0315	0.0007	0.0125	-0.0059	-0.0412	-0.0015	0.0146	0.0745	0.0079	0.0208	0.0195	-0.0048	0.0384	16.5116	49.0833	39.9619
9	0.0122	-0.0032	-0.007	0.0179	0.0078	0.0112	-0.0097	-0.0123	0.0065	0.0045	-0.0037	-0.0031	-0.0284	0.0068	-0.0055	0.1227	0.001	0.0299	0.0429	-0.017	0.0841	11.7169	55.3713	47.8603
10	0.0049	-0.0025	0.002	0.0139	0.0068	0.0067	0.028	0.0052	0.0222	0.0145	-0.0145	0.0457	-0.0233	-0.03	-0.002	0.0523	0.0123	0.0237	0.0503	-0.0004	0.0479	-4.4782	40.9929	46.8345
11	0.0129	-0.0058	0.0038	0.0072	0.0012	0.0031	0.022	-0.0068	0.0146	0.0224	0.0049	-0.0013	-0.033	-0.0103	0.0272	0.0475	0.0677	0.0679	-0.0115	-0.0256	0.0518	-4.8273	48.8813	53.7954
12	0.0268	-0.0068	0.0013	0.0071	-0.0014	0.0218	0.0048	0.0201	-0.0484	-0.0185	0.0077	-0.0088	0.0211	0.0243	0.0088	0.047	0.0008	0.0042	0.0635	0.0017	0.0798	12.0245	12.7766	37.1273
13	0.0051	0.0022	-0.0002	0.0042	-0.0026	0.005	-0.0061	0.0031	-0.0124	0.0024	-0.0101	0.0006	0.0162	-0.0019	-0.006	0.0757	-0.0107	0.0095	0.0208	-0.0046	0.0727	3.6377	8.6341	43.4142
14	0.0073	0.0134	-0.0068	0.0183	-0.0088	0.0158	0.0116	-0.0241	-0.0175	0.0621	-0.0109	-0.0059	0.0149	0.009	0.0078	0.0668	0.0004	0.0033	0.0471	0.0105	0.0428	5.8863	22.6632	57.5696
15	0.002	-0.0038	-0.0035	0.008	0.0052	0.0047	0.0164	-0.0123	-0.0259	0.0266	-0.0222	0.0138	0.0327	-0.0153	-0.0075	0.0423	-0.0174	0.013	0.0402	0.0113	0.0341	-1.1145	14.5829	58.3198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 122 )	A	9 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 123 through 247 )	A	123 - 247
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 248 through 335 )	A	248 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 122 )	B	9 - 122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 123 through 155 )	B	123 - 155
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 156 through 247 )	B	156 - 247
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 248 through 335 )	B	248 - 335
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 9 through 106 )	C	9 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 107 through 155 )	C	107 - 155
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 156 through 247 )	C	156 - 247
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 248 through 335 )	C	248 - 335
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 9 through 122 )	D	9 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 123 through 155 )	D	123 - 155
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 156 through 247 )	D	156 - 247
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 248 through 335 )	D	248 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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