PDB-5pzq: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5pzq

タイトル

Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 2-(4-methoxyphenyl)furan-3,4-dicarboxylic acid

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / D3R docking / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / sucrose biosynthetic process / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / cellular response to magnesium ion / fructose 6-phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

Model details

For D3R project

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G. / Yang, H. / Shao, C. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 2-(4-methoxyphenyl)furan-3,4-dicarboxylic acid
著者: Ruf, A. / Joseph, C. / Alker, A. / Banner, D. / Tetaz, T. / Benz, J. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2017年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2019年2月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5pzq.cif.gz	484.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5pzq.ent.gz	402.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5pzq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pz/5pzq	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002030 (23エントリ) 5pzq 5pzr 5pzs 5pzt 5pzu 5pzv 5pzw 5pzx 5pzy 5pzz
タイトル	Human liver fructose-1,6-bisphosphatase 1 (fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase, E.C.3.1.3.11) complexed with allosteric inhibitors
タイプ	undefined
解説	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 with inhibitors

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関連構造データ

類似構造データ	5q05-1 5q09-1 2wbd-1 3kc1-d 5q05-2 1fpl-1 5q01-2 5q06-d 2y5k-d 5pzz-2 5q08-2 3a29-d 2vt5-2 6ls5-d 5et6-1 2fie-d 2jjk-d 2vt5-1 2fhy-d 5q0a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.950, 143.400, 74.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.150, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 9 through 71 or resid 73 through 335))
2	1	chain B
3	1	(chain C and (resid 9 through 71 or resid 73 through 335))
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LYS	LYS	(chain A and (resid 9 through 71 or resid 73 through 335))	A	A	9 - 71	10 - 72
1	2	LEU	LEU	SER	SER	(chain A and (resid 9 through 71 or resid 73 through 335))	A	A	73 - 335	74 - 336
2	1	ASP	ASP	SER	SER	chain B	B	B	9 - 335	10 - 336
3	1	ASP	ASP	LYS	LYS	(chain C and (resid 9 through 71 or resid 73 through 335))	C	C	9 - 71	10 - 72
3	2	LEU	LEU	SER	SER	(chain C and (resid 9 through 71 or resid 73 through 335))	C	C	73 - 335	74 - 336
4	1	ASP	ASP	SER	SER	chain D	D	D	9 - 335	10 - 336

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ / Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6- ...Growth-inhibiting protein 17 / cDNA FLJ75786 / highly similar to Homo sapiens fructose-1 / 6-bisphosphatase 1 (FBP1) / mRNA 分子量: 36859.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBP1, hCG_1640493 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q2TU34, UniProt: P09467*PLUS, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-93V / 2-(4-methoxyphenyl)furan-3,4-dicarboxylic acid 分子量: 262.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₀O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 0.1M AMMONIUM ACETATE, 12%-25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→41.277 Å / Num. obs: 36412 / % possible obs: 99.69 %

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.23	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→41.277 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: INHIBITOR IN SUBUNIT D ONLY WEAKLY BOUND

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2333	1820	5 %
R_work	0.1624	34592	-
obs	0.166	36412	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.88 Å² / B_iso mean: 52.9733 Å² / B_iso min: 10.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.7→41.277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9722	0	76	97	9895
B_iso mean	-	-	63.87	41.36	-
残基数	-	-	-	-	1270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9974
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.015	13474
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1726
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.975	6062

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6104	X-RAY DIFFRACTION	11.969	TORSIONAL
1	2	B	6104	X-RAY DIFFRACTION	11.969	TORSIONAL
1	3	C	6104	X-RAY DIFFRACTION	11.969	TORSIONAL
1	4	D	6104	X-RAY DIFFRACTION	11.969	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7-2.773	0.3535	139	0.2352	2607	2746	98
2.773-2.8546	0.3014	147	0.2117	2655	2802	100
2.8546-2.9467	0.3353	129	0.211	2662	2791	100
2.9467-3.052	0.2916	128	0.201	2681	2809	100
3.052-3.1741	0.2923	146	0.1888	2656	2802	100
3.1741-3.3185	0.2427	142	0.1729	2656	2798	100
3.3185-3.4934	0.2409	123	0.1682	2663	2786	100
3.4934-3.7122	0.2386	140	0.1617	2674	2814	100
3.7122-3.9986	0.2249	129	0.1514	2669	2798	100
3.9986-4.4005	0.211	151	0.1328	2660	2811	100
4.4005-5.0364	0.1809	133	0.1208	2664	2797	100
5.0364-6.3416	0.2132	150	0.1621	2673	2823	100
6.3416-41.2818	0.2071	163	0.1645	2672	2835	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0546	-0.0965	0.0547	0.2147	-0.1067	0.0599	-0.0368	-0.0574	-0.092	0.0154	0.1222	0.0724	-0.0877	-0.0404	0.0225	0.134	-0.0393	-0.0359	0.2115	0.0081	0.1213	-6.6437	-0.9807	34.1219
2	0.0487	-0.0426	-0.0143	0.0461	0.0166	0.0013	0.0108	0.0226	0.0746	0.0899	0.0673	0.1128	-0.1091	-0.1269	0.0402	0.1749	0.0574	-0.0348	0.2238	0.042	0.2259	-10.8028	16.9161	29.6873
3	0.0405	0.0009	-0.0555	0.0206	-0.0356	0.1152	0.0009	-0.0253	0.0475	0.0762	0.0995	0.0851	-0.0932	-0.1857	0.1537	0.1411	0.1623	-0.0007	0.2523	0.1061	0.2811	-19.1758	20.0882	29.9341
4	0.0251	-0.0036	-0.0017	0.0497	-0.0113	0.0084	0.0084	0.1156	0.1011	-0.0383	-0.0266	-0.0982	0.1405	-0.0358	0.0017	0.2759	-0.0416	0.008	0.2896	0.0649	0.2353	17.6733	14.42	10.8367
5	0.0288	-0.0041	0.0491	0.0286	-0.0162	0.0731	0.0528	0.2167	0.066	-0.1036	-0.0597	-0.0421	0.0449	-0.0043	0.0074	0.282	-0.0084	-0.0271	0.3312	0.0783	0.1495	8.079	14.2921	2.791
6	0.0042	0.0008	-0.0089	0.0208	-0.0135	0.0436	0.0848	0.1237	0.0701	-0.0652	-0.0325	0.0664	-0.044	-0.1441	0.0704	0.2922	0.2504	-0.1066	0.4367	0.2676	0.1654	-5.2252	26.2535	2.3119
7	0.0296	-0.0246	0.0047	0.028	-0.0209	0.0147	-0.0808	-0.1144	0.0721	0.0241	0.0265	0.006	0.0301	-0.0538	0.0009	0.1672	-0.0156	-0.0473	0.2377	0.0187	0.1151	16.9064	-0.0783	44.6836
8	0.1077	-0.0263	0.0394	0.1877	0.0022	0.0157	-0.0457	-0.2304	-0.1603	0.0676	0.0592	-0.0995	0.0193	-0.0329	0.034	0.1721	0.004	-0.0165	0.2513	0.1076	0.2657	18.1819	-12.4629	44.7953
9	0.0258	-0.0273	0.0093	0.0268	-0.0102	0.0017	-0.0734	-0.061	-0.0571	0.0403	-0.0251	-0.0908	0.0226	0.0474	-0.1339	0.1143	0.1171	-0.0255	0.1182	0.1374	0.3939	32.9479	-27.306	41.135
10	0.0339	0.0202	-0.014	0.009	-0.0067	0.0436	-0.033	-0.0629	-0.0739	0.0783	0.0133	-0.0307	0.0347	0.0486	-0.0055	0.3578	0.0017	-0.084	0.3119	0.303	0.4057	27.6482	-22.0797	52.1325
11	0.1009	-0.0535	0.0492	0.0562	-0.0076	0.0402	0.0225	0.1527	-0.1124	-0.1314	0.0323	0.0042	-0.0198	0.043	0.1243	0.3013	-0.1608	0.0508	0.1995	-0.1212	0.1406	18.549	-11.5393	8.3828
12	0.0273	-0.0172	0.0054	0.0161	-0.0048	0.0236	0.0282	0.0682	-0.0632	-0.0657	0.0215	-0.0566	-0.0024	0.0159	0.0774	0.3121	-0.0479	0.1246	0.1818	-0.1769	0.1859	27.287	-16.843	9.2316
13	0.0273	0.0279	0.0176	0.0543	0.0329	0.0194	-0.0597	0.0114	-0.1378	-0.0613	0.0563	-0.0888	0.0483	0.0519	0.0054	0.1183	-0.0051	0.0469	0.1115	0.0019	0.2807	33.9375	-7.1796	20.1828
14	0.0021	-0.0037	-0.0019	0.0049	0.0019	0.0003	-0.0001	0.0132	-0.0054	0.0007	0.0066	-0.0062	0.0366	0.0104	0	0.4157	0.1229	0.0361	0.3086	0.1124	0.6628	42.6807	-32.3886	28.464
15	0.0141	-0.0031	0.007	0.0355	0.0027	0.0175	-0.0047	-0.0109	-0.0255	0.0172	0.0233	0.0268	0.0674	0.0375	0.0149	0.1739	0.0788	0.0223	0.1276	0.0314	0.3428	38.4652	-23.165	25.9327
16	0.0189	0.013	-0.0223	0.0206	0.0035	0.0603	-0.0537	-0.0066	-0.0556	0.0083	0.0019	-0.0596	0.0861	0.0338	-0.0831	0.1914	0.0699	0.1788	0.0722	-0.0721	0.3816	39.6314	-24.9847	13.4962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 122 )	A	9 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 123 through 247 )	A	123 - 247
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 248 through 335 )	A	248 - 335
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 131 )	B	9 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 132 through 212 )	B	132 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 213 through 335 )	B	213 - 335
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 9 through 122 )	C	9 - 122
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 123 through 212 )	C	123 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 213 through 274 )	C	213 - 274
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 275 through 335 )	C	275 - 335
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 9 through 122 )	D	9 - 122
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 123 through 179 )	D	123 - 179
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 180 through 212 )	D	180 - 212
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 213 through 231 )	D	213 - 231
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 232 through 274 )	D	232 - 274
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 275 through 335 )	D	275 - 335

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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