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万見
- PDB-5ow6: CryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ow6
タイトルCryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope
要素
  • Capsid protein, VP2カプシド
  • Capsid protein, VP3カプシド
  • VP1
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / VLP / Vaccines / CryoEM (低温電子顕微鏡法) / CMV
機能・相同性Cucumovirus coat protein, chain A / Cucumovirus coat protein / Cucumovirus coat protein, subunit A superfamily / Cucumovirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / カプシド / カプシド / カプシド
機能・相同性情報
生物種Cucumber mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kotecha, A. / Stuart, D.I. / Backmann, M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100525/1 英国
引用ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2017
タイトル: Incorporation of tetanus-epitope into virus-like particles achieves vaccine responses even in older recipients in models of psoriasis, Alzheimer's and cat allergy.
著者: Andris Zeltins / Jonathan West / Franziska Zabel / Aadil El Turabi / Ina Balke / Stefanie Haas / Melanie Maudrich / Federico Storni / Paul Engeroff / Gary T Jennings / Abhay Kotecha / David I ...著者: Andris Zeltins / Jonathan West / Franziska Zabel / Aadil El Turabi / Ina Balke / Stefanie Haas / Melanie Maudrich / Federico Storni / Paul Engeroff / Gary T Jennings / Abhay Kotecha / David I Stuart / John Foerster / Martin F Bachmann /
要旨: Monoclonal antibodies are widely used to treat non-infectious conditions but are costly. Vaccines could offer a cost-effective alternative but have been limited by sub-optimal T-cell stimulation ...Monoclonal antibodies are widely used to treat non-infectious conditions but are costly. Vaccines could offer a cost-effective alternative but have been limited by sub-optimal T-cell stimulation and/or weak vaccine responses in recipients, for example, in elderly patients. We have previously shown that the repetitive structure of virus-like-particles (VLPs) can effectively bypass self-tolerance in therapeutic vaccines. Their efficacy could be increased even further by the incorporation of an epitope stimulating T cell help. However, the self-assembly and stability of VLPs from envelope monomer proteins is sensitive to geometry, rendering the incorporation of foreign epitopes difficult. We here show that it is possible to engineer VLPs derived from a non human-pathogenic plant virus to incorporate a powerful T-cell-stimulatory epitope derived from Tetanus toxoid. These VLPs (termed CMV) retain self-assembly as well as long-term stability. Since Th cell memory to Tetanus is near universal in humans, CMV-based vaccines can deliver robust antibody-responses even under limiting conditions. By way of proof of concept, we tested a range of such vaccines against chronic inflammatory conditions (model: psoriasis, antigen: interleukin-17), neurodegenerative (Alzheimer's, β-amyloid), and allergic disease (cat allergy, Fel-d1), respectively. Vaccine responses were uniformly strong, selective, efficient , observed even in old mice, and employing low vaccine doses. In addition, randomly ascertained human blood cells were reactive to CMV-VLPs, confirming recognition of the incorporated Tetanus epitope. The CMV-VLP platform is adaptable to almost any antigen and its features and performance are ideally suited for the design of vaccines delivering enhanced responsiveness in aging populations.
履歴
登録2017年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3855
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3855
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: Capsid protein, VP2
C: Capsid protein, VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1323
ポリマ－59,1323
非ポリマー00
水0
1
A: VP1
B: Capsid protein, VP2
C: Capsid protein, VP3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,547,908180
ポリマ－3,547,908180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: VP1
B: Capsid protein, VP2
C: Capsid protein, VP3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 296 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,65915
ポリマ－295,65915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: VP1
B: Capsid protein, VP2
C: Capsid protein, VP3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 355 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,79118
ポリマ－354,79118
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 16924.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PGYTFTSITLKPPKIDRGSYYGKRLLLPDSVTEYDKKLVSRLQIRVNPLPKFDSTVWVTVRKVPASSDLSVAAISAMFADGASPVLVYQYAASGVQANNKLLYDLSAMRADIGDMRKYAVLVYSKDDALETDELVLHVDIEHQRIPTSGVLPV
由来: (組換発現) Cucumber mosaic virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A1Q2SR16, UniProt: P69466*PLUS
#2: タンパク質 Capsid protein, VP2 / カプシド


分子量: 21068.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumber mosaic virus (ウイルス) / 遺伝子: CP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: K4TZS9, UniProt: P69466*PLUS
#3: タンパク質 Capsid protein, VP3 / カプシド


分子量: 21139.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumber mosaic virus (ウイルス) / 遺伝子: CP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: K4TZS9, UniProt: P69466*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CryoEM structure of recombinant CMV particles with Tetanus-epitope
タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: cucumber mosaic cucumovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Cucumis sativus
ウイルス殻三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 9 / 詳細: 5 mM sodium borate, 2 mM EDTA, pH 9
試料濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 5 mM sodium borate, 2 mM EDTA, pH 9
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C Flats 2/1 2C
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 160000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER
最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 500
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 2-25

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2645: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2SerialEM6.1画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6600
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3582 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 174 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0064248
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0095780
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.9022609
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.058676
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007738

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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