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- PDB-5ovy: Crystal structure of MAB_4384 tetR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ovy
タイトルCrystal structure of MAB_4384 tetR
要素Putative transcriptional regulator, TetR familyTranscriptional regulation
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / TetR / efflux pump regulation / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性)
機能・相同性DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / Putative transcriptional regulator, TetR family
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium abscessus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Richard, M. / Gutierrez, A.V. / Viljoen, A. / Ghigo, E. / Blaise, M. / Kremer, L.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2018
タイトル: Mechanistic and Structural Insights Into the Unique TetR-Dependent Regulation of a Drug Efflux Pump inMycobacterium abscessus.
著者: Richard, M. / Gutierrez, A.V. / Viljoen, A.J. / Ghigo, E. / Blaise, M. / Kremer, L.
履歴
登録2017年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative transcriptional regulator, TetR family
A: Putative transcriptional regulator, TetR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5602
ポリマ－49,5602
非ポリマー00
水5,080282
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.800, 100.820, 56.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative transcriptional regulator, TetR family / Transcriptional regulation


分子量: 24779.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the first G is from expression Tag
由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (バクテリア)
株: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543
遺伝子: MAB_4384 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 rosetta 2 pLyS / 参照: UniProt: B1MJU8
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM cacodylate pH6.5, 0,2 M MgCl2, 16 pourcent PEG 8000, 5 pourcent dimethylsulfoxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.58 Å / Num. obs: 31705 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 33.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.09
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 3193 / % possible all: 93.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→36.58 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 2000 6.31 %
Rwork0.1847 --
obs0.1865 31696 92.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 43.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3167 0 0 282 3449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023237
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4524367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3451935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034467
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.94760.34311460.31482165X-RAY DIFFRACTION93
1.9476-2.00020.34251430.29832130X-RAY DIFFRACTION94
2.0002-2.05910.33721460.27172158X-RAY DIFFRACTION94
2.0591-2.12550.30151420.2382105X-RAY DIFFRACTION93
2.1255-2.20150.28671380.23112062X-RAY DIFFRACTION90
2.2015-2.28960.261470.21082180X-RAY DIFFRACTION95
2.2896-2.39380.24161470.20742186X-RAY DIFFRACTION95
2.3938-2.520.23011460.18732156X-RAY DIFFRACTION94
2.52-2.67780.22681380.19812046X-RAY DIFFRACTION89
2.6778-2.88450.23861470.22189X-RAY DIFFRACTION95
2.8845-3.17470.21011430.19542127X-RAY DIFFRACTION93
3.1747-3.63370.18321400.16742066X-RAY DIFFRACTION90
3.6337-4.57670.17271430.1442136X-RAY DIFFRACTION92
4.5767-36.84430.17081340.15751990X-RAY DIFFRACTION85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96580.1605-1.10310.6868-0.18185.0979-0.07040.1717-0.0181-0.12440.0416-0.04430.22780.14340.02150.2206-0.00710.0070.20750.00190.2538-11.97413.6533-9.1289
22.4321-0.47890.8845.9626-1.00064.8097-0.0140.15840.03510.005-0.0329-0.3002-0.04680.21730.05640.13840.00250.01890.1797-0.02650.2336-18.789517.011-0.6172
39.24721.01466.53414.9997-0.38714.80480.144-0.6067-0.13460.0485-0.02030.30650.4649-0.8199-0.34880.2689-0.04130.03440.31730.02270.3928-30.50766.27635.7824
43.1604-4.15032.01115.8497-1.25298.9522-0.1529-0.32130.1099-0.37180.00270.5057-0.6636-1.10680.1470.34460.0022-0.08370.47-0.02930.4336-44.666928.9666-19.2571
51.94860.26772.80642.44831.16378.9934-0.22790.05080.0122-0.16690.19470.2783-0.6104-0.30470.01030.2197-0.00060.01790.23730.02780.3473-38.017531.6754-6.1162
61.3864-0.46961.49764.495-2.5523.6888-0.10680.13570.12220.12880.0399-0.0096-0.54580.08890.03360.20620.00460.05320.27910.00240.2902-28.858932.2149-0.7169
75.16571.57270.3196.1995-0.00993.5984-0.0209-0.07440.15720.06090.0940.0393-0.23-0.0032-0.08570.17790.0599-0.00030.15010.01590.2577-25.202621.4022.0639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 11 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 153 through 189 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 190 through 212 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 14 through 46 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 47 through 104 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 105 through 153 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 154 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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