[日本語] English
万見
- PDB-5osa: GLIC-GABAAR alpha1 chimera crystallized at pH4.6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5osa
タイトルGLIC-GABAAR alpha1 chimera crystallized at pH4.6
要素Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / GABAA-receptor ion channel Ion transport Extracellular ligand gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA receptor activation / diazepam binding / GABA receptor complex / organic cyclic compound binding / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / GABA-gated chloride ion channel activity / cellular response to histamine / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex ...GABA receptor activation / diazepam binding / GABA receptor complex / organic cyclic compound binding / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / GABA-gated chloride ion channel activity / cellular response to histamine / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / sodium channel activity / neurotransmitter receptor activity / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / chloride channel complex / potassium channel activity / GABA-ergic synapse / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / transmembrane signaling receptor activity / postsynapse / neuron projection / シナプス / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. ...: / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / ドデカン / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75000236232 Å
データ登録者Laverty, D.C. / Gold, M.G. / Smart, T.G.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of a GABAA-receptor chimera reveal new endogenous neurosteroid-binding sites.
著者: Laverty, D. / Thomas, P. / Field, M. / Andersen, O.J. / Gold, M.G. / Biggin, P.C. / Gielen, M. / Smart, T.G.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32019年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
B: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
C: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
D: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
E: Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,73833
ポリマ－193,2215
非ポリマー4,51728
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26670 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area61500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.017, 133.947, 162.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.535, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASP(chain 'A' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))AA3 - 483 - 48
12ARGARGTYRTYR(chain 'A' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))AA50 - 19350 - 193
13GLYGLYALAALA(chain 'A' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))AA223 - 318194 - 289
14LYSLYSLEULEU(chain 'A' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))AA390 - 415290 - 315
21METMETASPASP(chain 'B' and (resid 3 through 48 or resid 50...BB3 - 483 - 48
22ARGARGTYRTYR(chain 'B' and (resid 3 through 48 or resid 50...BB50 - 19350 - 193
23GLYGLYALAALA(chain 'B' and (resid 3 through 48 or resid 50...BB223 - 318194 - 289
24LYSLYSLEULEU(chain 'B' and (resid 3 through 48 or resid 50...BB390 - 415290 - 315
31METMETASPASP(chain 'C' and (resid 3 through 48 or resid 50...CC3 - 483 - 48
32ARGARGTYRTYR(chain 'C' and (resid 3 through 48 or resid 50...CC50 - 19350 - 193
33GLYGLYALAALA(chain 'C' and (resid 3 through 48 or resid 50...CC223 - 318194 - 289
34LYSLYSLEULEU(chain 'C' and (resid 3 through 48 or resid 50...CC390 - 415290 - 315
41METMETASPASP(chain 'D' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))DD3 - 483 - 48
42ARGARGTYRTYR(chain 'D' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))DD50 - 19350 - 193
43GLYGLYALAALA(chain 'D' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))DD223 - 318194 - 289
44LYSLYSLEULEU(chain 'D' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))DD390 - 415290 - 315
51METMETASPASP(chain 'E' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))EE3 - 483 - 48
52ARGARGTYRTYR(chain 'E' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))EE50 - 19350 - 193
53GLYGLYALAALA(chain 'E' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))EE223 - 318194 - 289
54LYSLYSLEULEU(chain 'E' and (resid 3 through 48 or resid 50 through 415))EE390 - 415290 - 315

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC / GABA(A) receptor subunit alpha-1 / GABA(A) receptor subunit alpha-1


分子量: 38644.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア), (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197, Gabra1, Gabra-1 / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7NDN8, UniProt: P62812

-
非ポリマー , 5種, 63分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#5: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.54 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM NaCl, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 12 % PEG 6000
PH範囲: 4-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→95.28 Å / Num. obs: 100157 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 60.7400653892 Å2 / CC1/2: 0.946 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 1.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4988 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.73 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTERdev_2645精密化
PHENIXdev_2645精密化
xia2data processing
PHASER位相決定
BUCCANEERモデル構築
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HFI

4hfi


解像度: 2.75000236232→29.9797579828 Å / SU ML: 0.298040544675 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32870987971 / 位相誤差: 30.0889651029
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228857684594 5028 5.04039938248 %
Rwork0.203369539203 --
obs0.20463086704 99754 99.5668143889 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 89.8610594938 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75000236232→29.9797579828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12457 0 310 35 12802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051118776811213084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81266883371617898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04903478657012100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004344739951812225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.677538118617687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.78120.3911199440351920.3444975922253167X-RAY DIFFRACTION99.1733097136
2.7812-2.81390.3745686613861620.3209789475163121X-RAY DIFFRACTION99.3343419062
2.8139-2.84820.3350341483711690.3130947085823165X-RAY DIFFRACTION99.0787518574
2.8482-2.88420.3133978093481770.3029963889773052X-RAY DIFFRACTION99.109883364
2.8842-2.92220.327144475291780.3045134958483164X-RAY DIFFRACTION99.3755575379
2.9222-2.96220.3297072326251670.2798573892743132X-RAY DIFFRACTION99.3076459964
2.9622-3.00440.3328650992031750.2864580825623145X-RAY DIFFRACTION99.520383693
3.0044-3.04920.3229422919721700.2845262518643095X-RAY DIFFRACTION99.8470948012
3.0492-3.09680.2727819012731620.2600496745523205X-RAY DIFFRACTION99.8813408484
3.0968-3.14760.3060488391221760.2487425125563087X-RAY DIFFRACTION99.5727799817
3.1476-3.20180.3036176502681710.2402938820273172X-RAY DIFFRACTION99.553305539
3.2018-3.25990.262666072551680.2313659003973173X-RAY DIFFRACTION99.5530393325
3.2599-3.32260.3014975866341600.2334984050773100X-RAY DIFFRACTION99.3296770262
3.3226-3.39030.2515973311751970.2347125542543116X-RAY DIFFRACTION99.2510485321
3.3903-3.46390.267722650521760.2355653245493166X-RAY DIFFRACTION99.3755575379
3.4639-3.54430.2715999051431710.2344826821053133X-RAY DIFFRACTION99.7885835095
3.5443-3.63280.2585820195251770.21147975363140X-RAY DIFFRACTION99.3708807669
3.6328-3.73090.2200646369231570.1968834372293139X-RAY DIFFRACTION99.7578692494
3.7309-3.84050.2006362474221610.1874472569463181X-RAY DIFFRACTION99.8804542738
3.8405-3.96410.2033697356061520.1908697054783194X-RAY DIFFRACTION100
3.9641-4.10550.2277818826681610.1786244419883148X-RAY DIFFRACTION99.9395952884
4.1055-4.26940.1992639044671840.1640575032153160X-RAY DIFFRACTION99.880525687
4.2694-4.46310.1785291938541440.1622122699093202X-RAY DIFFRACTION99.8805970149
4.4631-4.69760.1624208676871540.1399977621973184X-RAY DIFFRACTION99.910206525
4.6976-4.99070.1750058345121710.1505228037453175X-RAY DIFFRACTION99.6129800536
4.9907-5.3740.2036044752061510.1681921917043171X-RAY DIFFRACTION99.699879952
5.374-5.9110.2018318445081520.1844210954663199X-RAY DIFFRACTION100
5.911-6.75780.2158708084191500.2015392485973228X-RAY DIFFRACTION99.7637330183
6.7578-8.48210.1851950240781670.1833214740143205X-RAY DIFFRACTION100
8.4821-29.98150.2090291815021760.2186338362523207X-RAY DIFFRACTION98.3716196569
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.5064551016 Å / Origin y: 1.41407561932 Å / Origin z: 26.7417564881 Å
111213212223313233
T0.474402783567 Å20.0675798665437 Å20.0305613785697 Å2-0.450043386015 Å2-0.0216819510558 Å2--0.528687976533 Å2
L0.760952887066 °20.0653086152909 °20.580180143994 °2-0.524685589918 °20.0519566670012 °2--1.4267637436 °2
S0.0320911156957 Å °0.0183470764553 Å °-0.00898994364437 Å °-0.116202281694 Å °-0.0390207097291 Å °0.0808766516708 Å °-0.0456070729424 Å °0.00830701882021 Å °-8.03473689378E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る