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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5opl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of K25E cN-II mutant | ||||||
要素 | Cytosolic purine 5'-nucleotidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / nucleotidase (ヌクレオチダーゼ) / relapsed leukemia | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity ...nucleoside phosphotransferase / nucleoside phosphotransferase activity / dGMP metabolic process / GMP metabolic process / Abacavir metabolism / negative regulation of defense response to virus by host / GMP 5'-nucleotidase activity / adenosine metabolic process / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / IMP metabolic process / Ribavirin ADME / IMP catabolic process / Purine catabolism / allantoin metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-ヌクレオチダーゼ / 5'-nucleotidase activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kugler, M. / Hnizda, A. / Pachl, P. / Rezacova, P. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: Leukemia / 年: 2018 タイトル: Relapsed acute lymphoblastic leukemia-specific mutations in NT5C2 cluster into hotspots driving intersubunit stimulation. 著者: Hnizda, A. / Fabry, M. / Moriyama, T. / Pachl, P. / Kugler, M. / Brinsa, V. / Ascher, D.B. / Carroll, W.L. / Novak, P. / Zaliova, M. / Trka, J. / Rezacova, P. / Yang, J.J. / Veverka, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5opl.cif.gz | 218 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5opl.ent.gz | 180.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5opl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5opl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/5opl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64088.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5C2, NT5B, NT5CP, PNT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49902, 5'-ヌクレオチダーゼ | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 M MOPS/HEPES-Na pH 7.5; 0.02 M of each carboxylic acid ; 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol G6 Morpheus condition |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→49.05 Å / Num. obs: 66924 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 1.46 % / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 7678 / CC1/2: 0.571 / Rrim(I) all: 0.916 / % possible all: 67.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.866 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.702 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→49.05 Å
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拘束条件 |
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