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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5omx | ||||||
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タイトル | X-ray Structure of the H2A-N38C Nucleosome Core Particle | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / nucleosome core particle (ヌクレオソーム) / histone (ヒストン) / DNA (デオキシリボ核酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
データ登録者 | Frouws, T.D. / Richmond, T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018 タイトル: Site-Specific Disulfide Crosslinked Nucleosomes with Enhanced Stability. 著者: Frouws, T.D. / Barth, P.D. / Richmond, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5omx.cif.gz | 331.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5omx.ent.gz | 251.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5omx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/5omx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/5omx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 45368.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: alpha satellite / プラスミド: pUC57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 45359.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pUC57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): DH10B |
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#3: タンパク質 | 分子量: 15271.863 Da / 分子数: 2 / Mutation: C110A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLysS / 参照: UniProt: P84233 #4: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P62799 #5: タンパク質 | 分子量: 13967.281 Da / 分子数: 2 / Mutation: N38C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS #6: タンパク質 | 分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P02281 |
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-非ポリマー , 3種, 209分子
#7: 化合物 | ChemComp-MN / #8: 化合物 | ChemComp-CL / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % / 解説: Hollow hexagonal rods |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8 mg/ml sample was mixed 1:1 with 10 mM K-Cacodylate (pH 6.0), 140-150 mM MnCl2, 100 KCl. and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution Temp details: Rumed incubator |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→47.14 Å / Num. obs: 80720 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 49.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.45 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3876 / % possible all: 28.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KX5 解像度: 2.32→47.14 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 詳細: Simulated annealing and rounds of model rebuilding. Final energy minimization and water picking.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 75 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→47.14 Å
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