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- PDB-5ok0: Structure of the D10N mutant of beta-phosphoglucomutase from Lact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ok0
タイトルStructure of the D10N mutant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis trapped with native reaction intermediate beta-glucose 1,6-bisphosphate to 2.2A resolution.
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / phosphoglucomutase / bisphospho-intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / 1,3-PROPANDIOL / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Robertson, A.J. / Bisson, C.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M021637/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K016245/1 英国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2018
タイトル: van der Waals Contact between Nucleophile and Transferring Phosphorus Is Insufficient To Achieve Enzyme Transition-State Architecture
著者: Johnson, L.A. / Robertson, A.J. / Baxter, N.J. / Trevitt, C.R. / Bisson, C. / Jin, Y. / Wood, H.P. / Hounslow, A.M. / Cliff, M.J. / Blackburn, G.M. / Bowler, M.W. / Waltho, J.P.
履歴
登録2017年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2934
ポリマ－23,8521
非ポリマー4413
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, homology to previously deposited structures 1ZOL, 1O03, 1O08, 1Z4N, 1Z4O, 1LVH, 2WF5, 2WF6, 2WF7, 2WF8, 2WF9, 2WFA, 2WHE, 3FM9, 3ZI4, 4C4R, 4C4S, 4C4T
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.810, 54.940, 103.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / / Beta-PGM


分子量: 23852.119 Da / 分子数: 1 / 変異: K125R, Y206H, D10N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: IL1403 / 遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase
#2: 糖 ChemComp-B16 / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-D-glucose / 1,6-di-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Glcp1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル / 1,3-プロパンジオール


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 24-34% PEG 4000 200mM Tris pH 7.5 200mM sodium acetate harvested after 1 week
PH範囲: 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.51 Å / Num. obs: 11990 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.339 / Rpim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.683 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 598 / CC1/2: 0.391 / Rpim(I) all: 0.721 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
Coot0.8.1モデル構築
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WF5

2wf5


解像度: 2.15→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 11.097 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29234 571 4.8 %RANDOM
Rwork0.2201 ---
obs0.2235 11376 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.793 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---2.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 26 84 1790
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191735
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021686
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9712348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9972.993896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5245217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.34225.65876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.8315301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.012157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02356
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7743.057871
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7393.055870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7814.5781087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7824.581088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1863.305864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1843.305864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5464.8461262
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.90223.7891868
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.90123.7941869
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 44 -
Rwork0.348 810 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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