PDB-5oho: Crystal structure of the KOWx-KOW4 domain of human DSIF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oho

タイトル

Crystal structure of the KOWx-KOW4 domain of human DSIF

要素

Transcription elongation factor SPT5

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / transcription elongation

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of DNA-templated transcription, elongation /

DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Bernecky, C. / Plitzko, J.M. / Cramer, P.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp.
著者: Carrie Bernecky / Jürgen M Plitzko / Patrick Cramer /

要旨: During transcription, RNA polymerase II (Pol II) associates with the conserved elongation factor DSIF. DSIF renders the elongation complex stable and functions during Pol II pausing and RNA ...

履歴

登録	2017年7月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oho.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oho.ent.gz	91.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/5oho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3815C 3816C 3817C 3818C 3819C 5ohqC 5oikC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hzf-1 2frg-d 5f7h-6 3gxx-2 3o6u-5 4mr5-d 2k0z-d 5uf0-d 1yjm-2 1jl3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (11) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (13) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (2) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (3)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (11)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (13)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
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Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription elongation factor SPT5

B: Transcription elongation factor SPT5

ヘテロ分子

26.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcription elongation factor SPT5

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcription elongation factor SPT5

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.286, 54.403, 73.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein 分子量: 12896.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: O00267
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1.0 M tri-sodium citrate dihydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1.00003056744 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00003056744 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→43.635 Å / Num. obs: 50856 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.76 % / B_iso Wilson estimate: 31.67 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 1.273 / Net I/σ(I): 15.88

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.7	6.466	1.336	0.94	8120	0.485	1.452	98.7
1.7-1.82	7.002	0.694	2.1	7770	0.81	0.749	99.9
1.82-1.96	6.845	0.33	4.79	7189	0.949	0.357	99.9
1.96-2.15	6.561	0.161	9.88	6640	0.988	0.175	100
2.15-2.4	7.052	0.101	17.18	6002	0.995	0.109	100
2.4-2.77	6.731	0.07	24.14	5298	0.997	0.076	100
2.77-3.39	6.609	0.043	38.77	4476	0.999	0.046	99.9
3.39-4.78	6.813	0.033	51.14	3446	0.999	0.035	99.9
4.78-43.635	6.81	0.027	53.72	1915	0.999	0.029	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.601→43.635 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	2507	4.93 %
R_work	0.1745	-	-
obs	0.1767	50852	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.99 Å² / B_iso mean: 42.3488 Å² / B_iso min: 23.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.601→43.635 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1812	0	25	254	2091
B_iso mean	-	-	55	54.35	-
残基数	-	-	-	-	226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1917
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.862	2586
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.149	1158

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6012-1.632	0.3922	158	0.3371	2559	2717	96
1.632-1.6653	0.3598	144	0.3252	2675	2819	100
1.6653-1.7015	0.2984	136	0.2899	2720	2856	100
1.7015-1.7411	0.2883	142	0.2643	2698	2840	100
1.7411-1.7846	0.3204	128	0.2576	2688	2816	100
1.7846-1.8329	0.2769	141	0.2444	2671	2812	100
1.8329-1.8868	0.3258	137	0.2328	2709	2846	100
1.8868-1.9477	0.2863	164	0.2074	2649	2813	100
1.9477-2.0173	0.2296	144	0.1907	2716	2860	100
2.0173-2.0981	0.2039	128	0.1842	2710	2838	100
2.0981-2.1936	0.2024	127	0.184	2690	2817	100
2.1936-2.3092	0.2525	114	0.1943	2709	2823	100
2.3092-2.4539	0.2507	162	0.2039	2676	2838	100
2.4539-2.6433	0.2691	143	0.2092	2694	2837	100
2.6433-2.9093	0.2441	119	0.186	2698	2817	100
2.9093-3.3301	0.203	157	0.1627	2686	2843	100
3.3301-4.1951	0.1695	122	0.1286	2719	2841	100
4.1951-43.6518	0.1949	141	0.1538	2678	2819	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6993	1.2923	-0.7162	2.3903	0.5413	1.2087	0.0802	0.0951	-0.2758	-0.2617	0.1182	-0.1443	-0.2608	0.0368	0	0.2911	0.0289	-0.0716	0.2818	-0.0288	0.2973	15.7027	64.7256	22.8543
2	0.9783	-0.0767	-0.4805	1.3642	-0.81	1.29	0.0434	0.678	0.118	-0.2106	-0.0015	-0.3255	-0.251	0.6816	-0.0002	0.2741	0.0052	-0.0108	0.4026	-0.019	0.3162	22.5635	66.2389	21.3771
3	0.125	0.2612	-0.0358	0.308	-0.184	0.0716	0.1964	-0.2661	0.6639	0.572	-0.1315	0.4611	0.2178	0.0194	-0.0021	0.4309	-0.043	-0.0198	0.3961	-0.0245	0.4412	6.0164	64.498	27.3113
4	1.6741	0.2251	0.1517	2.862	1.1514	1.7815	0.098	0.267	-0.397	0.3249	0.1067	-0.2601	0.5472	0.1426	-0.0009	0.4446	0.0353	-0.0678	0.2984	-0.0115	0.3117	4.4602	49.7577	17.2323
5	2.1131	2.0112	0.022	1.9708	0.6878	2.2773	0.1838	0.3737	-0.308	0.1845	0.1699	-0.6831	0.4901	0.5037	0.0295	0.3592	0.1019	-0.108	0.3117	-0.0563	0.3896	10.4172	52.6342	17.1767
6	4.2144	2.0111	-0.38	4.3306	2.3411	3.0584	-0.0629	0.0188	0.2825	-0.5283	-0.1017	-0.0401	-0.1468	-0.0014	-0.0043	0.1765	-0.0121	0.0029	0.328	-0.0778	0.2834	-6.7048	60.133	37.7925
7	1.0031	-0.7903	-0.3682	0.4662	0.274	0.0668	0.3535	0.2975	-0.6039	-0.0228	0.25	-0.7759	1.1701	0.2589	0.0022	0.7475	-0.0486	-0.1447	0.3813	-0.0285	0.4442	-3.7904	46.8594	30.3823
8	3.6001	1.9657	-0.1559	3.0735	2.5608	3.8996	-0.1826	0.1194	-0.2589	0.0218	-0.0441	0.1046	0.2537	-0.1433	-0.0003	0.2753	-0.0277	-0.0036	0.2333	0.0089	0.2148	-18.6075	44.2976	36.7247
9	0.0291	-0.0077	-0.0562	0.0502	-0.0061	0.1466	-0.1413	-0.5745	-0.9396	-0.3155	0.8041	0.6355	-0.1998	-0.5858	0.0033	0.4378	0.0024	-0.1974	0.354	0.0434	0.6655	-26.3071	57.0754	32.1734
10	1.8739	0.1344	-0.4904	1.0183	0.8472	0.8414	-0.3398	-0.0958	0.2461	-0.2386	0.0677	0.1447	0.1212	-0.4423	-0.0002	0.3206	-0.0178	-0.0489	0.2821	-0.016	0.3271	-19.8286	48.6842	39.004

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 534 through 553 )	A	534 - 553
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 554 through 574 )	A	554 - 574
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 575 through 584 )	A	575 - 584
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 585 through 617 )	A	585 - 617
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 618 through 646 )	A	618 - 646
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 534 through 574 )	B	534 - 574
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 575 through 584 )	B	575 - 584
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 585 through 625 )	B	585 - 625
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 626 through 630 )	B	626 - 630
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 631 through 646 )	B	631 - 646

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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