PDB-5oa9: Human translation re-initiation complex containing eIF2D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oa9

タイトル

Human translation re-initiation complex containing eIF2D

要素

Eukaryotic translation initiation factor 2D

キーワード

TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / translation re-initiation complex /

translation initiation factor /

RNA binding protein (RNA結合タンパク質) / small ribosomal subunit

機能・相同性

機能・相同性情報

IRES-dependent viral translational initiation / ribosome disassembly / formation of translation preinitiation complex /

translation initiation factor activity /

intracellular protein transport /

signaling receptor activity /

nuclear body /

RNA binding /

細胞質基質 /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Weisser, M. / Schaefer, T. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Aylett, C.H.S. / Ban, N.

引用

ジャーナル: Mol Cell / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Insights into Human Re-initiation Complexes.
著者: Melanie Weisser / Tanja Schäfer / Marc Leibundgut / Daniel Böhringer / Christopher Herbert Stanley Aylett / Nenad Ban /

要旨: After having translated short upstream open reading frames, ribosomes can re-initiate translation on the same mRNA. This process, referred to as re-initiation, controls the translation of a large ...

履歴

登録	2017年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oa9.cif.gz	97.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oa9.ent.gz	79.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oa9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/5oa9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3770C 5oa3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w2f-d 1q0a-3 2ci8-1 3cl1-d 6gf8-d 1q0a-4 3wbp-d 1vp6-d 2ri7-d 1a4c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (3) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 2D

23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.720, 50.720, 197.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 2D / eIF2d / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 56 / Ligatin 分子量: 23277.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2D, HCA56, LGTN / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus pRIL / 参照: UniProt: P41214
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Eukaryotic translation initiation factor 2D / eIF2d / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 56 / Ligatin

分子量: 23277.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2D, HCA56, LGTN / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Codon Plus pRIL / 参照: UniProt: P41214

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 1:1 mix protein (50 mM HEPES-KOH pH 7.6, 150 mM KCl, 1 mM TCEP) with reservoir solution (100 mM HEPES-KOH pH 7.6, 25 mM sodium formate, 25 mM ammonium acetate, 25 mM sodium citrate tribasic, ...詳細: 1:1 mix protein (50 mM HEPES-KOH pH 7.6, 150 mM KCl, 1 mM TCEP) with reservoir solution (100 mM HEPES-KOH pH 7.6, 25 mM sodium formate, 25 mM ammonium acetate, 25 mM sodium citrate tribasic, 25 mM sodium potassium tartrate, 10.7% PEG3350, 10.7% MPD, 10.7% PEG1000)

結晶

マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 1:1 mix protein (50 mM HEPES-KOH pH 7.6, 150 mM KCl, 1 mM TCEP) with reservoir solution (100 mM HEPES-KOH pH 7.6, 25 mM sodium formate, 25 mM ammonium acetate, 25 mM sodium citrate tribasic, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 273 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49.35 Å / Num. obs: 24936 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.91 Å / R_merge(I) obs: 1.026 / CC_1/2: 0.71 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→24.67 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1908	7.89 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.193	24173	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1604	0	0	134	1738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1633
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.829	2215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.617	629
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	258
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	285

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8001-1.8451	0.3089	117	0.3004	1408	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8451-1.895	0.3363	129	0.2715	1439	X-RAY DIFFRACTION	90
1.895-1.9507	0.2624	127	0.2384	1491	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9507-2.0136	0.3168	126	0.2342	1525	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0136-2.0856	0.2834	134	0.2166	1559	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0856-2.169	0.2394	134	0.2095	1573	X-RAY DIFFRACTION	97
2.169-2.2677	0.2626	137	0.219	1575	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2677-2.3872	0.2799	138	0.2152	1602	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3872-2.5366	0.29	138	0.2147	1644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5366-2.7322	0.2439	138	0.2068	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7322-3.0067	0.2852	143	0.2155	1666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0067-3.4408	0.231	142	0.2078	1654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4408-4.3312	0.2032	147	0.164	1695	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3312-24.6761	0.1965	158	0.1576	1820	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4941	-0.0344	-0.9089	0.3285	0.9544	5.9866	0.1988	-0.006	-0.155	0.1119	0.3919	-0.2262	0.0324	1.4451	-0.4251	0.4115	-0.0207	0.0276	0.6364	-0.0924	0.4531	38.821	13.7197	102.6374
2	5.5126	1.1669	-2.1081	2.5547	-1.882	1.7668	0.1964	-0.6439	0.0889	0.4456	0.2158	-0.3428	-1.0853	1.3002	-0.3663	0.6199	-0.2761	0.0866	0.6037	-0.1077	0.4604	32.7061	21.6834	117.5189
3	1.6371	2.2456	-2.927	3.2735	-4.126	5.2643	0.0512	-0.2627	1.6341	-0.1116	0.0865	0.1906	-0.7806	1.1807	-0.0934	1.3134	-0.366	0.0814	0.6614	-0.0379	1.2077	32.0523	33.4542	111.5662
4	-0.5157	-0.0907	-1.4514	0.5543	-0.2162	4.0685	0.2233	0.0782	-0.0745	0.0202	-0.1113	0.1616	-0.5752	-0.0143	-0.1637	0.3055	-0.0326	0.0086	0.4891	-0.0781	0.3836	33.7695	15.5486	94.7836
5	4.4841	0.3581	0.7262	4.9673	1.2437	6.6563	-0.0372	1.0538	0.7961	-0.7009	-0.0839	0.052	-1.0021	-0.5156	0.055	0.4119	0.034	-0.0316	0.6963	0.0623	0.4304	27.1926	18.247	61.4412
6	4.4664	-1.203	-0.5651	1.5647	-0.3969	3.1506	0.035	0.1539	0.0317	-0.0944	-0.0173	-0.0494	-0.0087	-0.0125	0.005	0.2277	-0.0069	-0.0019	0.4663	-0.0575	0.3649	32.0695	10.2866	69.1205
7	0.3997	-0.0887	-0.329	0.2262	-0.5365	1.2048	0.0488	0.0212	-0.0133	0.018	-0.0396	0.0326	0.0507	0.1088	-0	0.3058	-0.0284	-0.0027	0.4276	-0.0544	0.4598	32.7212	11.6582	85.3096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 377 THROUGH 421 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 422 THROUGH 443 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 444 THROUGH 453 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 454 THROUGH 491 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 492 THROUGH 508 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 509 THROUGH 581 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 601 THROUGH 734 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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