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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5o1x | ||||||
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タイトル | Structure of Nrd1 RNA binding domain | ||||||
要素 | Protein NRD1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Nrd1 / RRM / RNA-binding / transcription non-coding RNAs / Nrd1 complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / snRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / : / nuclear mRNA surveillance ...transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / snRNA 3'-end processing / tRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / : / nuclear mRNA surveillance / mRNA 3'-end processing / protein domain specific binding / mRNA binding / RNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Franco-Echevarria, E. / Perez-Canadillas, J.M. / Gonzalez, B. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: The structure of transcription termination factor Nrd1 reveals an original mode for GUAA recognition. 著者: Franco-Echevarria, E. / Gonzalez-Polo, N. / Zorrilla, S. / Martinez-Lumbreras, S. / Santiveri, C.M. / Campos-Olivas, R. / Sanchez, M. / Calvo, O. / Gonzalez, B. / Perez-Canadillas, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5o1x.cif.gz | 54.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5o1x.ent.gz | 37.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5o1x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/5o1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/5o1x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20108.586 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 290-468 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NRD1, YNL251C, N0868 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53617 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-SCN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M Potassium Thiocyanate, 23% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月8日 / 詳細: KB focusing mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→92.45 Å / Num. obs: 23596 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 26.82 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. measured obs: 24279 / Num. unique all: 1197 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.136 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5O1W 解像度: 1.6→50.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.684 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.902 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→50.57 Å
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拘束条件 |
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