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- PDB-5nrl: Structure of a pre-catalytic spliceosome. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nrl
タイトルStructure of a pre-catalytic spliceosome.
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 10
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...核内低分子リボ核タンパク質) x 6
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
  • Pre-mRNA-processing factor 31
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • Protein HSH49
  • RDS3 complex subunit 10
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • Spliceosomal protein DIB1スプライセオソーム
  • U2 snRNA
  • U2 snRNP component HSH155
  • U4 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • Unknown
  • Yeast UBC4 gene for ubiquitin-conjugating enzyme
キーワードSPLICING / Spliceosome (スプライセオソーム) / Ribonucleoprotein (核タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Sm-like protein family complex / maturation of 5S rRNA / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of RNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing ...Sm-like protein family complex / maturation of 5S rRNA / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of RNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / U4/U6 snRNP / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / box C/D methylation guide snoRNP complex / splicing factor binding / P-body assembly / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNP / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U3 snoRNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / tRNA processing / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / maturation of SSU-rRNA / U1 snRNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / small-subunit processome / P-body / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / metallopeptidase activity / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / nucleic acid binding / ヘリカーゼ / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like ...Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Sm-like protein Lsm8 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Dim1 family / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / Sm-like protein Lsm7 / PRP1 splicing factor, N-terminal / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / PRP1 splicing factor, N-terminal / Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SF3A2 domain / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3B4, RNA recognition motif 1 / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / Zinc-finger of C2H2 type / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Splicing factor 3B subunit 1-like / Zinc finger matrin-type profile. / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / ロイシンリッチリピート / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / NOSIC / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Snu114, GTP-binding domain / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / Sec63 Brl domain / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...グアノシン三リン酸 / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor 6 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Pre-mRNA-splicing factor SPP381 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Pre-mRNA-processing factor 31 / U2 snRNP component HSH155 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / Small nuclear ribonucleoprotein F / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Spliceosomal protein DIB1 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein E / 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component / 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Protein HSH49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Plaschka, C. / Lin, P.-C. / Nagai, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184330 英国
European Research Council693087 - SPLICE3D 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of a pre-catalytic spliceosome.
著者: Clemens Plaschka / Pei-Chun Lin / Kiyoshi Nagai /
要旨: Intron removal requires assembly of the spliceosome on precursor mRNA (pre-mRNA) and extensive remodelling to form the spliceosome's catalytic centre. Here we report the cryo-electron microscopy ...Intron removal requires assembly of the spliceosome on precursor mRNA (pre-mRNA) and extensive remodelling to form the spliceosome's catalytic centre. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the yeast Saccharomyces cerevisiae pre-catalytic B complex spliceosome at near-atomic resolution. The mobile U2 small nuclear ribonucleoprotein particle (snRNP) associates with U4/U6.U5 tri-snRNP through the U2/U6 helix II and an interface between U4/U6 di-snRNP and the U2 snRNP SF3b-containing domain, which also transiently contacts the helicase Brr2. The 3' region of the U2 snRNP is flexibly attached to the SF3b-containing domain and protrudes over the concave surface of tri-snRNP, where the U1 snRNP may reside before its release from the pre-mRNA 5' splice site. The U6 ACAGAGA sequence forms a hairpin that weakly tethers the 5' splice site. The B complex proteins Prp38, Snu23 and Spp381 bind the Prp8 N-terminal domain and stabilize U6 ACAGAGA stem-pre-mRNA and Brr2-U4 small nuclear RNA interactions. These results provide important insights into the events leading to active site formation.
履歴
登録2017年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.details / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / pdbx_audit_support
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年3月21日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_nat ...entity / entity_src_nat / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain
改定 1.52018年11月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.62023年5月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-3683
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: U2 snRNA
3: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
4: U4 snRNA
5: U5 snRNA
6: U6 snRNA
7: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
8: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
D: Spliceosomal protein DIB1
E: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
F: Pre-mRNA-processing factor 31
G: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
H: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
I: Yeast UBC4 gene for ubiquitin-conjugating enzyme
J: Pre-mRNA-splicing factor 6
K: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
L: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
M: Pre-mRNA-splicing factor 38
N: Pre-mRNA-splicing factor SPP381
O: U2 snRNP component HSH155
P: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
Q: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
R: Protein HSH49
S: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
T: Pre-mRNA-splicing factor PRP9
U: Pre-mRNA-splicing factor PRP11
V: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
W: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
X: Unknown
Y: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
Z: RDS3 complex subunit 10
a: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
d: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
e: Small nuclear ribonucleoprotein E
f: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
i: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
j: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
n: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
o: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
p: Small nuclear ribonucleoprotein E
q: Small nuclear ribonucleoprotein F
r: Small nuclear ribonucleoprotein G
s: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
t: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
u: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
v: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
w: Small nuclear ribonucleoprotein E
x: Small nuclear ribonucleoprotein F
y: Small nuclear ribonucleoprotein G
z: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,551,70966
ポリマ－2,550,72858
非ポリマー9818
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area242730 Å2
ΔGint-1387 kcal/mol
Surface area639050 Å2
手法PISA

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要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 2456I

#1: RNA鎖 U2 snRNA /


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae U2 snRNA / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 536627
#3: RNA鎖 U4 snRNA /


分子量: 51186.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae U4 snRNA / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039024031
#4: RNA鎖 U5 snRNA /


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae U5 snRNA / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039024040
#5: RNA鎖 U6 snRNA /


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae U6 snRNA / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 1039023280
#16: RNA鎖 Yeast UBC4 gene for ubiquitin-conjugating enzyme


分子量: 30200.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Saccharomyces cerevisiae UBC4 pre-mRNA for ubiquitin-conjugating enzyme, in vitro transcribed.
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 4718

-
U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 378ajoz

#2: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein


分子量: 10039.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P57743
#6: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 13027.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53905
#7: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量: 12403.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47093
#34: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein D homolog SNP3


分子量: 11177.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38203
#42: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量: 21298.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P40070
#43: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 10432.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40089
#44: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 9406.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: A6ZYX7

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 10種, 10分子 ACJMNPSTUV

#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor 8 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33334
#10: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36048
#17: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 6


分子量: 104370.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor 6 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P19735
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 38 / Pre-mRNA-processing factor 38


分子量: 27995.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor 38 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q00723
#21: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPP381 / Suppressor of PRP38-1 mutation


分子量: 33830.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor SPP381 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38282
#23: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / RNA splicing and ER to Golgi transport factor 1 / Spliceosome-associated protein 130


分子量: 153956.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04693
#26: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Regulator of drug sensitivity 3


分子量: 12283.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06835
#27: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP9


分子量: 63126.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P19736
#28: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP11


分子量: 29962.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07350
#29: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP21


分子量: 33111.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32524

-
タンパク質 , 12種, 14分子 BDEFKLOQRXZbks

#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32639, ヘリカーゼ
#11: タンパク質 Spliceosomal protein DIB1 / スプライセオソーム


分子量: 16798.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Spliceosomal protein DIB1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06819
#12: タンパク質 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 66544.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12420
#13: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 31


分子量: 56382.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Pre-mRNA-processing factor 31 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49704
#18: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39990
#19: タンパク質 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component


分子量: 22717.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12368
#22: タンパク質 U2 snRNP component HSH155


分子量: 110166.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U2 snRNP component HSH155 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49955
#24: タンパク質 Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1


分子量: 50210.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02554
#25: タンパク質 Protein HSH49


分子量: 24534.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Protein HSH49 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99181
#31: タンパク質 Unknown


分子量: 7907.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Unknown protein helices within B complex / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#33: タンパク質 RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3b subunit


分子量: 10045.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RDS3 complex subunit 10 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (出芽酵母) / 参照: UniProt: P0C074
#35: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P40018

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U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 GH

#14: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor 3


分子量: 55974.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03338
#15: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-processing protein 4


分子量: 52506.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20053

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U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 WY

#30: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' / Looks exceptionally like U2A protein 1


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08963
#32: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40567

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Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 18分子 dnvepwfqxgryhltimu

#36: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P43321
#37: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein E
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q12330
#38: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein F
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P54999
#39: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein G
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: P40204
#40: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q02260
#41: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
参照: UniProt: Q06217

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非ポリマー , 2種, 8分子

#45: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#46: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pre-catalytic B complex Spliceosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMHEPES1
250 mMKCl1
30.2 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸1
41 mMDTT1
52.5 mMDesthiobiotin1
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ...詳細: Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / Calibrated defocus min: 350 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5300 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 56 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 5115
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2粒子像選択
2DigitalMicrograph画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正CTF determination
5RELION2CTF補正CTF correction
8Coot0.8.3モデルフィッティング
9UCSF Chimera1.10.2モデルフィッティング
10Situs2.8モデルフィッティング
12PHENIX1.10.1-2155-000モデル精密化
13RELION2初期オイラー角割当
14RELION2最終オイラー角割当
15RELION2分類
16RELION2３次元再構成
画像処理詳細: Movies were binned once and aligned using MOTIONCORR.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 496581
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9559
詳細: A temperature factor of -170 A2 was applied (sharpened B2 map).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 170 / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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