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万見
- PDB-5no2: RsgA-GDPNP bound to the 30S ribosomal subunit (RsgA assembly inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5no2
タイトルRsgA-GDPNP bound to the 30S ribosomal subunit (RsgA assembly intermediate)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 17
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
キーワードRIBOSOME (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation ...guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / GDP binding / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site ...Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / S4 RNA-binding domain / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal S11, conserved site / S4 domain / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S11
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.16 Å
データ登録者Lopez-Alonso, J.P. / Kaminishi, T. / Kikuchi, T. / Hirata, Y. / Iturrioz, I. / Dhimole, N. / Schedlbauer, A. / Hase, Y. / Goto, S. / Kurita, D. ...Lopez-Alonso, J.P. / Kaminishi, T. / Kikuchi, T. / Hirata, Y. / Iturrioz, I. / Dhimole, N. / Schedlbauer, A. / Hase, Y. / Goto, S. / Kurita, D. / Muto, A. / Zhou, S. / Naoe, C. / Mills, D.J. / Gil-Carton, D. / Takemoto, C. / Himeno, H. / Fucini, P. / Connell, S.R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: RsgA couples the maturation state of the 30S ribosomal decoding center to activation of its GTPase pocket.
著者: Jorge Pedro López-Alonso / Tatsuya Kaminishi / Takeshi Kikuchi / Yuya Hirata / Idoia Iturrioz / Neha Dhimole / Andreas Schedlbauer / Yoichi Hase / Simon Goto / Daisuke Kurita / Akira Muto / ...著者: Jorge Pedro López-Alonso / Tatsuya Kaminishi / Takeshi Kikuchi / Yuya Hirata / Idoia Iturrioz / Neha Dhimole / Andreas Schedlbauer / Yoichi Hase / Simon Goto / Daisuke Kurita / Akira Muto / Shu Zhou / Chieko Naoe / Deryck J Mills / David Gil-Carton / Chie Takemoto / Hyouta Himeno / Paola Fucini / Sean R Connell /
要旨: During 30S ribosomal subunit biogenesis, assembly factors are believed to prevent accumulation of misfolded intermediate states of low free energy that slowly convert into mature 30S subunits, ...During 30S ribosomal subunit biogenesis, assembly factors are believed to prevent accumulation of misfolded intermediate states of low free energy that slowly convert into mature 30S subunits, namely, kinetically trapped particles. Among the assembly factors, the circularly permuted GTPase, RsgA, plays a crucial role in the maturation of the 30S decoding center. Here, directed hydroxyl radical probing and single particle cryo-EM are employed to elucidate RsgA΄s mechanism of action. Our results show that RsgA destabilizes the 30S structure, including late binding r-proteins, providing a structural basis for avoiding kinetically trapped assembly intermediates. Moreover, RsgA exploits its distinct GTPase pocket and specific interactions with the 30S to coordinate GTPase activation with the maturation state of the 30S subunit. This coordination validates the architecture of the decoding center and facilitates the timely release of RsgA to control the progression of 30S biogenesis.
履歴
登録2017年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_software / pdbx_struct_conn_angle / Item: _em_software.name
改定 1.22017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3661
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
Z: Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)733,04292
ポリマ－730,72919
非ポリマー2,31373
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area87020 Å2
ΔGint-1163 kcal/mol
Surface area285460 Å2
手法PISA

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要素

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30S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 DEFGHIJKLMNOPQRST

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 16361.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 12326.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 14543.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11325.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#10: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 1641.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9577.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 AZ

#19: タンパク質 Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA


分子量: 34850.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: rsgA, engC, yjeQ, b4161, JW4122 / プラスミド: p7XNH3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P39286, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1108560344

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非ポリマー , 3種, 73分子

#20: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#21: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#22: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / 5'-Guanylyl imidodiphosphate


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 30S ribosomal subunit bound by RsgAリボソーム / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#19 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K12 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPESC8H18N2O4S1
210 mMMagnesium chlorideMgCl21
3150 mMAmmonium acetateC2H7NO21
46 mM2-mercaptoethanol2-メルカプトエタノールC2H6OS1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 101000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 2.3 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 3408
画像スキャン横: 2048 / 縦: 2048 / 動画フレーム数/画像: 13

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティングrigid docking
8Cootモデルフィッティングmanual fitting
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION2分類
13RELION2３次元再構成
14PHENIXdev-2621-000モデル精密化
15REFMAC5.8.0155モデル精密化initial jelly body
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 878976
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 5.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61908 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE
原子変位パラメータBiso max: 348.57 Å2 / Biso mean: 157.4923 Å2 / Biso min: 29.92 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00253327
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.52279630
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.02910134
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054402
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.8628598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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