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万見
- PDB-5nd4: Microtubule-bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nd4
タイトルMicrotubule-bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx
要素
  • Kinesin-like protein KIF20AKIF20A
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Kinesin (キネシン) / Mitosis (有糸分裂) / Microtubules (微小管)
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases activate IQGAPs / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / RHO GTPases Activate Formins / Kinesins / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Aggrephagy / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / midbody abscission / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / MHC class II antigen presentation / microtubule bundle formation / positive regulation of axon guidance / kinesin complex / microtubule motor activity / 細胞結合 / microtubule-based movement / mitotic cytokinesis / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 / regulation of cytokinesis / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / spindle / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / protein transport / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / nervous system development / midbody / microtubule binding / 微小管 / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / protein kinase binding / ゴルジ体 / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin ...Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / グアノシン三リン酸 / パクリタキセル / Tubulin alpha chain / Tubulin alpha-1B chain / Kinesin-like protein KIF20A / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Atherton, J. / Yu, I.-M. / Cook, A. / Muretta, J.M. / Joseph, A.P. / Major, J. / Sourigues, Y. / Clause, J. / Topf, M. / Rosenfeld, S.S. ...Atherton, J. / Yu, I.-M. / Cook, A. / Muretta, J.M. / Joseph, A.P. / Major, J. / Sourigues, Y. / Clause, J. / Topf, M. / Rosenfeld, S.S. / Houdusse, A. / Moores, C.A.
資金援助 英国, 米国, 13件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/J000973/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/J003867/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M019292/1 英国
American Heart AssociationSDG20480032 米国
National Institutes of HealthGM102875 米国
National Institutes of HealthNS073610 米国
CNRSANR-15-CE13-0017-01
Instruct-pilote, Ligue Contre le CancerRS14/75-28
ARCPJA 20151203285
INCa2016-1-PL BIO-10-ICR-1
Marie Curie FellowshipFP7-PEOPLE-2012-IIF
Labex CelTisPhyBio11-LBX-0038
PSL Research UniversityANR-10-IDEX-0001-02 PSL
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: The divergent mitotic kinesin MKLP2 exhibits atypical structure and mechanochemistry.
著者: Joseph Atherton / I-Mei Yu / Alexander Cook / Joseph M Muretta / Agnel Joseph / Jennifer Major / Yannick Sourigues / Jeffrey Clause / Maya Topf / Steven S Rosenfeld / Anne Houdusse / Carolyn A Moores /
要旨: MKLP2, a kinesin-6, has critical roles during the metaphase-anaphase transition and cytokinesis. Its motor domain contains conserved nucleotide binding motifs, but is divergent in sequence (~35% ...MKLP2, a kinesin-6, has critical roles during the metaphase-anaphase transition and cytokinesis. Its motor domain contains conserved nucleotide binding motifs, but is divergent in sequence (~35% identity) and size (~40% larger) compared to other kinesins. Using cryo-electron microscopy and biophysical assays, we have undertaken a mechanochemical dissection of the microtubule-bound MKLP2 motor domain during its ATPase cycle, and show that many facets of its mechanism are distinct from other kinesins. While the MKLP2 neck-linker is directed towards the microtubule plus-end in an ATP-like state, it does not fully dock along the motor domain. Furthermore, the footprint of the MKLP2 motor domain on the MT surface is altered compared to motile kinesins, and enhanced by kinesin-6-specific sequences. The conformation of the highly extended loop6 insertion characteristic of kinesin-6s is nucleotide-independent and does not contact the MT surface. Our results emphasize the role of family-specific insertions in modulating kinesin motor function.
履歴
登録2017年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3622
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3622
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Kinesin-like protein KIF20A
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta-2B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,19010
ポリマ－149,7913
非ポリマー2,3997
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area11080 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area43780 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 CAB

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF20A / KIF20A / Kinesin-like protein 174 / Rab6-interacting kinesin-like protein / Rabkinesin-6


分子量: 56021.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif20a, Rab6kifl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97329
#2: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 45959.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F2Z4C1, UniProt: P81947*PLUS
#3: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 47809.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856

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非ポリマー , 6種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#7: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-TA1 / TAXOL / パクリタキセル / パクリタキセル


分子量: 853.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H51NO14 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of 14pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFxCOMPLEXMicrotubule bound to taxol#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Tubulin alpha and beta chainsCOMPLEXMicrotubule bound to taxol#2-#31NATURAL
3Kinesin-like protein KIF20AKIF20ACOMPLEXMicrotubule bound to taxol#11RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Bos taurus (ウシ)9913
23Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21239
詳細: Gold-standard FSCtrue using noise substitution test (Chen et al., 2014)
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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