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- PDB-5nd4: Microtubule-bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5nd4
タイトルMicrotubule-bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx
構成要素
  • Kinesin-like protein KIF20AKIF20A
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Kinesin (キネシン) / Mitosis (有糸分裂) / Microtubules (微小管) / Motor protein (モータータンパク質)
機能・相同性Tubulin, C-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) / チューブリン / Kinesin motor domain / Alpha tubulin / Beta tubulin / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Beta tubulin, autoregulation binding site ...Tubulin, C-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) / チューブリン / Kinesin motor domain / Alpha tubulin / Beta tubulin / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Beta tubulin, autoregulation binding site / Tubulin, conserved site / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin-like protein KIF20A / Kinesin-like protein / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain superfamily / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Kinesin motor domain / Tubulin C-terminal domain / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain profile. / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / MHC class II antigen presentation / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Kinesins / Mitotic Telophase/Cytokinesis / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / Kinesins / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / AURKA Activation by TPX2 / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Mitotic Prometaphase / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / Hedgehog 'off' state / RHO GTPases activate IQGAPs / Recycling pathway of L1 / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Hedgehog 'on' state / RHO GTPases Activate Formins / septum digestion after cytokinesis / microtubule bundle formation / positive regulation of axon guidance / kinesin complex / cleavage furrow / cytoplasmic microtubule / mitotic cytokinesis / cellular response to interleukin-4 / recycling endosome / microtubule-based process / 細胞結合 / microtubule motor activity / microtubule cytoskeleton organization / microtubule-based movement / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / structural constituent of cytoskeleton / neuron migration / regulation of cytokinesis / microtubule cytoskeleton / spindle / double-stranded RNA binding / midbody / protein transport / 微小管 / microtubule binding / ATPase activity / GTPase activity / 髄鞘 / GTP binding / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / protein heterodimerization activity / ゴルジ体 / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 / Tubulin alpha chain / Tubulin alpha-1B chain / Kinesin-like protein KIF20A / Tubulin beta-2B chain
機能・相同性情報
試料の由来Mus musculus (ハツカネズミ)
Bos taurus (ウシ)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 4.4 Å 分解能
データ登録者Atherton, J. / Yu, I.-M. / Cook, A. / Muretta, J.M. / Joseph, A.P. / Major, J. / Sourigues, Y. / Clause, J. / Topf, M. / Rosenfeld, S.S. / Houdusse, A. / Moores, C.A.
引用ジャーナル: Elife / : 2017
タイトル: The divergent mitotic kinesin MKLP2 exhibits atypical structure and mechanochemistry.
著者: Joseph Atherton / I-Mei Yu / Alexander Cook / Joseph M Muretta / Agnel Joseph / Jennifer Major / Yannick Sourigues / Jeffrey Clause / Maya Topf / Steven S Rosenfeld / Anne Houdusse / Carolyn A Moores
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年3月7日 / 公開: 2017年10月4日

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3622
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3622
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Kinesin-like protein KIF20A
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta-2B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,19010
ポリマ-149,7913
非ポリマ-2,3997
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)11080
ΔGint (kcal/M)-67
Surface area (Å2)43780
実験手法PISA

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構成要素

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タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 CAB

#1: タンパク質・ペプチド Kinesin-like protein KIF20A / KIF20A / Kinesin-like protein 174 / Rab6-interacting kinesin-like protein / Rabkinesin-6


分子量: 56021.332 Da / 分子数: 1 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif20a, Rab6kifl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P97329
#2: タンパク質・ペプチド Tubulin alpha chain


分子量: 45959.980 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F2Z4C1, UniProt: P81947*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Tubulin beta-2B chain


分子量: 47809.746 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856

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非ポリマー , 6種, 7分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / : C10H15N5O10P2 / アデノシン二リン酸 / コメント: ADP (エネルギー貯蔵分子) *YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / : Mg / マグネシウム
#6: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / : AlF4
#7: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / : C10H16N5O14P3 / グアノシン三リン酸 / コメント: GTP (エネルギー貯蔵分子) *YM
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / : C10H15N5O11P2 / グアノシン二リン酸 / コメント: GDP (エネルギー貯蔵分子) *YM
#9: 化合物 ChemComp-TA1 / TAXOL


分子量: 853.906 Da / 分子数: 1 / : C47H51NO14 / パクリタキセル

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素

詳細: Microtubule bound to taxol / タイプ: COMPLEX

ID名称Entity IDParent ID由来
1Complex of 14pf microtubule with bound MKLP2 motor domain in the presence of ADP.AlFx1, 2, 30MULTIPLE SOURCES
2Tubulin alpha and beta chains2, 31NATURAL
3Kinesin-like protein KIF20A11RECOMBINANT
由来(天然)
ID構成単位・集合体のIDNcbi tax ID生物種
129913Bos taurus (ウシ)
2310090Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成分解能: 4.4 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21239
詳細: Gold-standard FSCtrue using noise substitution test (Chen et al., 2014)
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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