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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n6w | ||||||
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タイトル | Retinoschisin R141H Mutant | ||||||
要素 | Retinoschisin | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Retinoschisin Discoidin Domain Retinal Structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuron to neuron synapse / retina layer formation / adaptation of rhodopsin mediated signaling / eye development / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / 視覚 / photoreceptor inner segment / protein homooligomerization / 細胞接着 ...neuron to neuron synapse / retina layer formation / adaptation of rhodopsin mediated signaling / eye development / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylserine binding / 視覚 / photoreceptor inner segment / protein homooligomerization / 細胞接着 / external side of plasma membrane / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Ramsay, E.P. / Collins, R.F. / Owens, T.W. / Siebert, C.A. / Jones, R.P.O. / Roseman, A. / Wang, T. / Baldock, C. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Hum Mol Genet / 年: 2016 タイトル: Structural analysis of X-linked retinoschisis mutations reveals distinct classes which differentially effect retinoschisin function. 著者: Ewan P Ramsay / Richard F Collins / Thomas W Owens / C Alistair Siebert / Richard P O Jones / Tao Wang / Alan M Roseman / Clair Baldock / 要旨: Retinoschisin, an octameric retinal-specific protein, is essential for retinal architecture with mutations causing X-linked retinoschisis (XLRS), a monogenic form of macular degeneration. Most XLRS- ...Retinoschisin, an octameric retinal-specific protein, is essential for retinal architecture with mutations causing X-linked retinoschisis (XLRS), a monogenic form of macular degeneration. Most XLRS-associated mutations cause intracellular retention, however a subset are secreted as octamers and the cause of their pathology is ill-defined. Therefore, here we investigated the solution structure of the retinoschisin monomer and the impact of two XLRS-causing mutants using a combinatorial approach of biophysics and cryo-EM. The retinoschisin monomer has an elongated structure which persists in the octameric assembly. Retinoschisin forms a dimer of octamers with each octameric ring adopting a planar propeller structure. Comparison of the octamer with the hexadecamer structure indicated little conformational change in the retinoschisin octamer upon dimerization, suggesting that the octamer provides a stable interface for the construction of the hexadecamer. The H207Q XLRS-associated mutation was found in the interface between octamers and destabilized both monomeric and octameric retinoschisin. Octamer dimerization is consistent with the adhesive function of retinoschisin supporting interactions between retinal cell layers, so disassembly would prevent structural coupling between opposing membranes. In contrast, cryo-EM structural analysis of the R141H mutation at ∼4.2Å resolution was found to only cause a subtle conformational change in the propeller tips, potentially perturbing an interaction site. Together, these findings support distinct mechanisms of pathology for two classes of XLRS-associated mutations in the retinoschisin assembly. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n6w.cif.gz | 814.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5n6w.ent.gz | 693.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n6w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/5n6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/5n6w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23041.902 Da / 分子数: 16 / 変異: R141H Pathogenic Mutation / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RS1, XLRS1 / プラスミド: pCEP-Pu/Ac7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-EBNA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15537 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Retinoschisin / タイプ: COMPLEX 詳細: Hexadecameric complex of sixteen retinoschisin molecules Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293-EBNA / プラスミド: pCEP-Pu/Ac7 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse and visible | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 2.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1200 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 14 / 利用したフレーム数/画像: 2-8 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D8 (2回x8回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7056 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / Target criteria: Cross-correlation coefficient |