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万見
- PDB-5n29: An improved model of the Trypanosoma brucei CTP synthase glutamin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n29
タイトルAn improved model of the Trypanosoma brucei CTP synthase glutaminase domain:acivicin complex.
要素CTP synthaseCTP synthetase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / CTP synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trypanosoma brucei gambiense (ガンビアトリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者de Souza, J. / Dawson, A. / Hunter, W.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and comparative functional analyses of a Mycobacterium aldo-keto reductase.
著者: Scoble, J. / McAlister, A.D. / Fulton, Z. / Troy, S. / Byres, E. / Vivian, J.P. / Brammananth, R. / Wilce, M.C. / Le Nours, J. / Zaker-Tabrizi, L. / Coppel, R.L. / Crellin, P.K. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年5月15日Group: Data collection / Polymer sequence
カテゴリ: diffrn_source / entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 2.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Remark 0THIS ENTRY 5N29 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF X-RAY DATA IN 2w7t.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8694
ポリマ－30,7621
非ポリマー1063
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area12190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.480, 63.680, 76.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CTP synthase / CTP synthetase / UTP--ammonia ligase


分子量: 30762.158 Da / 分子数: 1 / 変異: H475Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue 419 is modified. This structure has been rerefined to improve the geometry of this modified residue.
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei gambiense (strain MHOM/CI/86/DAL972) (ブルーストリパノソーマ)
株: MHOM/CI/86/DAL972 / 遺伝子: TbgDal_I580 / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): R3 pRARE
参照: UniProt: C9ZI73, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.15 M POTASSIUM BROMIDE, 30 % PEG MONOMETHYL ETHER 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98004 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月11日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 14866 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.84 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 4.984 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.2
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Acivicin is covalently bound to C419
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23528 740 5 %RANDOM
Rwork0.19121 ---
obs0.19346 14087 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2091 0 3 126 2220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0192142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.9492889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91234552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.525262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74223.654104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96515363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6041517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1471.7941059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1461.7921058
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9762.6871316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9752.691317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2251.9941083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2241.9881081
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0792.9051573
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.87621.3642369
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.79221.322353
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 51 -
Rwork0.195 958 -
obs--93.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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