+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n0w | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of OphA-DeltaC6 mutant R72A in complex with SAM | ||||||
要素 | Peptide N-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / methyltransferase activity / S-アデノシルメチオニン / Peptide N-methyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Omphalotus olearius (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Song, H. / Naismith, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018 タイトル: A molecular mechanism for the enzymatic methylation of nitrogen atoms within peptide bonds. 著者: Song, H. / van der Velden, N.S. / Shiran, S.L. / Bleiziffer, P. / Zach, C. / Sieber, R. / Imani, A.S. / Krausbeck, F. / Aebi, M. / Freeman, M.F. / Riniker, S. / Kunzler, M. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n0w.cif.gz | 327.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5n0w.ent.gz | 266.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n0w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/5n0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/5n0w | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 5n0nC 5n0oSC 5n0pC 5n0qC 5n0rC 5n0sC 5n0tC 5n0uC 5n0vC 5n0xC 5n4iC 5oufC 6gewC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44914.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Omphalotus olearius (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFI2*PLUS #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.73 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.3-0.4 M KSCN, 1.5-1.9 M sodium malonate and 0.1 M bicine pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→49.8 Å / Num. obs: 96972 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.02 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.768 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5N0O 解像度: 1.93→49.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.827 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.126 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.93→49.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|