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万見
- PDB-5mxn: Atomic model of the VipA/VipB/Hcp, the type six secretion system ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mxn
タイトルAtomic model of the VipA/VipB/Hcp, the type six secretion system non-contractile sheath-tube of Vibrio cholerae from cryo-EM
要素
  • (Type VI secretion proteinType VI secretion system) x 2
  • Haemolysin co-regulated protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Type IV secretion system / protein export
機能・相同性
機能・相同性情報


Hcp1-like / Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily ...Hcp1-like / Type VI secretion system TssC-like / TssC1, N-terminal / TssC1, C-terminal / EvpB/VC_A0108, tail sheath N-terminal domain / EvpB/VC_A0108, tail sheath gpW/gp25-like domain / Type VI secretion system sheath protein TssB1 / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion protein / Type VI secretion system contractile sheath small subunit / Haemolysin co-regulated protein / Type VI secretion system contractile sheath large subunit / Type VI secretion system contractile sheath small subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Wang, J. / Brackmann, M. / Castano-Diez, D. / Kudryashev, M. / Goldie, K. / Maier, T. / Stahlberg, H. / Basler, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
SNSF31003A_159525 スイス
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of the extended type VI secretion system sheath-tube complex.
著者: Jing Wang / Maximilian Brackmann / Daniel Castaño-Díez / Mikhail Kudryashev / Kenneth N Goldie / Timm Maier / Henning Stahlberg / Marek Basler /
要旨: The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited ...The bacterial type VI secretion system (T6SS) uses contraction of a long sheath to quickly thrust a tube with associated effectors across membranes of eukaryotic and bacterial cells . Only limited structural information is available about the inherently unstable precontraction state of the T6SS. Here, we obtain a 3.7 Å resolution structure of a non-contractile sheath-tube complex using cryo-electron microscopy and show that it resembles the extended T6SS inside Vibrio cholerae cells. We build a pseudo-atomic model of the complete sheath-tube assembly, which provides a mechanistic understanding of coupling sheath contraction with pushing and rotating the inner tube for efficient target membrane penetration. Our data further show that sheath contraction exposes a buried recognition domain to specifically trigger the disassembly and recycling of the T6SS sheath by the cognate ATP-dependent unfoldase ClpV.
履歴
登録2017年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3566
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3566
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Haemolysin co-regulated protein
A: Type VI secretion protein
a: Type VI secretion protein
2: Haemolysin co-regulated protein
B: Type VI secretion protein
b: Type VI secretion protein
3: Haemolysin co-regulated protein
C: Type VI secretion protein
c: Type VI secretion protein
4: Haemolysin co-regulated protein
D: Type VI secretion protein
d: Type VI secretion protein
5: Haemolysin co-regulated protein
E: Type VI secretion protein
e: Type VI secretion protein
6: Haemolysin co-regulated protein
F: Type VI secretion protein
f: Type VI secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,42618
ポリマ－539,42618
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area84580 Å2
ΔGint-575 kcal/mol
Surface area229790 Å2
手法PISA
モデル数3

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要素

#1: タンパク質
Haemolysin co-regulated protein / Hcp / Type VI secretion system effector / Hcp1 family protein


分子量: 18878.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: hcp, hcpA, BFX32_16515, DA89_871, DN30_6, EN12_06865, EN12_14165
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: P72350
#2: タンパク質
Type VI secretion protein / Type VI secretion system / VipB / Type VI secretion system protein ImpC


分子量: 53514.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: BFX10_13915, BFX32_16935, DA89_2095, DN30_1329, EN12_14575, ERS013193_00899
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: A0A085SGI6, UniProt: Q9KN57*PLUS
#3: タンパク質
Type VI secretion protein / Type VI secretion system / VipA / Type VI secretion system protein ImpB / Type VI secretion system-associated protein / ...VipA / Type VI secretion system protein ImpB / Type VI secretion system-associated protein / Uncharacterized protein ImpB


分子量: 17511.895 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: BFX10_13910, BFX32_16930, DA89_2094, DN30_1328, EN12_14570
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: A0A085SRC0, UniProt: Q9KN58*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type six secretion system tube in complex with non-contractile sheath
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Rosetta3.7モデルフィッティング
12RELION2３次元再構成
13PHENIX1.11.1-2575モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 23.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 37.8 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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