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- PDB-5mxn: Atomic model of the VipA/VipB/Hcp, the type six secretion system ... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5mxn
タイトルAtomic model of the VipA/VipB/Hcp, the type six secretion system non-contractile sheath-tube of Vibrio cholerae from cryo-EM
構成要素
  • (Type VI secretion proteinType VI secretion system) x 2
  • Haemolysin co-regulated protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (輸送タンパク質) / Type IV secretion system (分泌) / protein export / transport protein (輸送タンパク質)
機能・相同性Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector, Hcp / Type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108, tail sheath / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector, Hcp / Type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108, tail sheath / Type VI secretion protein / Type VI secretion protein / Haemolysin co-regulated protein ...Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector, Hcp / Type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108, tail sheath / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system, VipA, VC_A0107 or Hcp2 / Type VI secretion system effector, Hcp / Type VI secretion protein, EvpB/VC_A0108, tail sheath / Type VI secretion protein / Type VI secretion protein / Haemolysin co-regulated protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
試料の由来Vibrio cholerae (コレラ菌)
実験手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.7 Å 分解能
データ登録者Wang, J. / Brackmann, M. / Castano-Diez, D. / Kudryashev, M. / Goldie, K. / Maier, T. / Stahlberg, H. / Basler, M.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / : 2017
タイトル: Cryo-EM structure of the extended type VI secretion system sheath-tube complex.
著者: Jing Wang / Maximilian Brackmann / Daniel Castaño-Díez / Mikhail Kudryashev / Kenneth N Goldie / Timm Maier / Henning Stahlberg / Marek Basler
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年1月23日 / 公開: 2017年8月2日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02017年8月2日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年10月11日Structure modelDatabase referencescitation / citation_author_citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
1.22017年11月8日Structure modelDatabase referencescitation_citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3566
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3566
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Haemolysin co-regulated protein
A: Type VI secretion protein
a: Type VI secretion protein
2: Haemolysin co-regulated protein
B: Type VI secretion protein
b: Type VI secretion protein
3: Haemolysin co-regulated protein
C: Type VI secretion protein
c: Type VI secretion protein
4: Haemolysin co-regulated protein
D: Type VI secretion protein
d: Type VI secretion protein
5: Haemolysin co-regulated protein
E: Type VI secretion protein
e: Type VI secretion protein
6: Haemolysin co-regulated protein
F: Type VI secretion protein
f: Type VI secretion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,42618
ポリマ-539,42618
非ポリマ-00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)84580
ΔGint (kcal/M)-575
Surface area (Å2)229790
実験手法PISA
Conformers3 models

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構成要素

#1: タンパク質・ペプチド
Haemolysin co-regulated protein / Hcp / Type VI secretion system effector / Hcp1 family protein


分子量: 18878.055 Da / 分子数: 6 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: hcp, hcpA, BFX32_16515, DA89_871, DN30_6, EN12_06865, EN12_14165
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: P72350
#2: タンパク質・ペプチド
Type VI secretion protein / Type VI secretion system / VipB / Type VI secretion system protein ImpC


分子量: 53514.449 Da / 分子数: 6 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: BFX10_13915, BFX32_16935, DA89_2095, DN30_1329, EN12_14575, ERS013193_00899
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: A0A085SGI6, UniProt: Q9KN57*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド
Type VI secretion protein / Type VI secretion system / VipA / Type VI secretion system protein ImpB / Type VI secretion system-associated protein / Uncharacterized protein ImpB


分子量: 17511.895 Da / 分子数: 6 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: BFX10_13910, BFX32_16930, DA89_2094, DN30_1328, EN12_14570
発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: A0A085SRC0, UniProt: Q9KN58*PLUS

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実験情報

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実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type six secretion system tube in complex with non-contractile sheath
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: 1, 2, 3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Rosetta3.7model fitting
12RELION23D reconstruction
13PHENIX1.11.1-2575model refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 23.5 deg. / 軸方向距離/サブユニット: 37.8 Å / 回転・らせん対称性: C6
3次元再構成分解能: 3.7 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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