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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mvd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of potent human Dihydroorotate Dehydrogenase inhibitors based on hydroxylated azole scaffolds | ||||||
要素 | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrialジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dhodh / human dhodh | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Goyal, P. / Andersson, M. / Moritzer, A.C. / Sainas, S. / Pippione, A.C. / Boschi, D. / Al-Kadaraghi, S. / Lolli, M. / Friemann, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017 タイトル: Design, synthesis, biological evaluation and X-ray structural studies of potent human dihydroorotate dehydrogenase inhibitors based on hydroxylated azole scaffolds. 著者: Sainas, S. / Pippione, A.C. / Giorgis, M. / Lupino, E. / Goyal, P. / Ramondetti, C. / Buccinna, B. / Piccinini, M. / Braga, R.C. / Andrade, C.H. / Andersson, M. / Moritzer, A.C. / Friemann, R. ...著者: Sainas, S. / Pippione, A.C. / Giorgis, M. / Lupino, E. / Goyal, P. / Ramondetti, C. / Buccinna, B. / Piccinini, M. / Braga, R.C. / Andrade, C.H. / Andersson, M. / Moritzer, A.C. / Friemann, R. / Mensa, S. / Al-Kadaraghi, S. / Boschi, D. / Lolli, M.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mvd.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mvd.ent.gz | 66.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mvd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mvd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39496.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / プラスミド: pET-19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q02127, ジヒドロオロト酸デヒドロゲナーゼ (キノン) |
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-非ポリマー , 6種, 241分子
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ORO / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-U91 / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.22 % / Mosaicity: 0.33 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2M KBr, 0.2M KSCN, 0.1M NaAc pH 5.2, 35% PEG 400, 5% PGA-LM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→78.679 Å / Num. obs: 43390 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 15.83 Å2 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.213 / Rsym value: 0.2 / Net I/av σ(I): 3.7 / Net I/σ(I): 9.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YLW 解像度: 1.95→30.426 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.15
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.17 Å2 / Biso mean: 16.4273 Å2 / Biso min: 1.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→30.426 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %
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