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- PDB-5mmm: Structure of the 70S chloroplast ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mmm
タイトルStructure of the 70S chloroplast ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 16
  • (50S ribosomal protein ...) x 17
  • (plastid ribosomal protein ...) x 22
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 4.5S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
  • tRNA-Phe
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / chloroplast (葉緑体) / translation (翻訳 (生物学)) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / 色素体 / 葉緑体 / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / negative regulation of translational elongation / primary metabolic process / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial small ribosomal subunit / 色素体 / 葉緑体 / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / 葉緑体 / DNA-templated transcription termination / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / transferase activity / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / ミトコンドリア / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid ...Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c ...: / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein bL31c / Large ribosomal subunit protein uL10c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Small ribosomal subunit protein bS21c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Small ribosomal subunit protein uS17c / Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS9c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Small ribosomal subunit protein bS16c / Large ribosomal subunit protein uL11c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / Small ribosomal subunit protein uS17c / Large ribosomal subunit protein uL10c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein cL38 / Small ribosomal subunit protein cS23 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bieri, P. / Leibundgut, M. / Saurer, M. / Boehringer, D. / Ban, N.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2017
タイトル: The complete structure of the chloroplast 70S ribosome in complex with translation factor pY.
著者: Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Martin Saurer / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, ...Chloroplasts are cellular organelles of plants and algae that are responsible for energy conversion and carbon fixation by the photosynthetic reaction. As a consequence of their endosymbiotic origin, they still contain their own genome and the machinery for protein biosynthesis. Here, we present the atomic structure of the chloroplast 70S ribosome prepared from spinach leaves and resolved by cryo-EM at 3.4 Å resolution. The complete structure reveals the features of the 4.5S rRNA, which probably evolved by the fragmentation of the 23S rRNA, and all five plastid-specific ribosomal proteins. These proteins, required for proper assembly and function of the chloroplast translation machinery, bind and stabilize rRNA including regions that only exist in the chloroplast ribosome. Furthermore, the structure reveals plastid-specific extensions of ribosomal proteins that extensively remodel the mRNA entry and exit site on the small subunit as well as the polypeptide tunnel exit and the putative binding site of the signal recognition particle on the large subunit. The translation factor pY, involved in light- and temperature-dependent control of protein synthesis, is bound to the mRNA channel of the small subunit and interacts with 16S rRNA nucleotides at the A-site and P-site, where it protects the decoding centre and inhibits translation by preventing tRNA binding. The small subunit is locked by pY in a non-rotated state, in which the intersubunit bridges to the large subunit are stabilized.
履歴
登録2016年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _em_software.name
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-3533
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L31
1: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
2: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
3: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
4: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
5: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
6: plastid ribosomal protein cL37, PSRP5
7: 50S ribosomal protein 6, chloroplastic
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
D: plastid ribosomal protein uL3c
E: plastid ribosomal protein uL4c
F: plastid ribosomal protein uL5c
G: plastid ribosomal protein uL6c
H: plastid ribosomal protein bL9c
I: plastid ribosomal protein uL10c
J: 50S ribosomal protein L11, chloroplastic
K: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
L: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
M: plastid ribosomal protein uL15c
N: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
O: plastid ribosomal protein uL14c
P: plastid ribosomal protein uL18c
Q: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
R: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
S: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
T: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
U: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
V: plastid ribosomal protein uL24c
W: 4.5S ribosomal RNA
X: plastid ribosomal protein bL27c
Y: plastid ribosomal protein bL28c
Z: plastid ribosomal protein uL29c
z: tRNA-Phe
8: plastid ribosomal protein bS1c
a: 16S ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic
c: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
d: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
e: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
f: plastid ribosomal protein bS6c
g: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic
h: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
i: plastid ribosomal protein uS9c
j: plastid ribosomal protein uS10c
k: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
l: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic
m: plastid ribosomal protein uS13c
n: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic
o: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
p: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
q: plastid ribosomal protein uS17c
r: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic
s: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic
t: plastid ribosomal protein bS20c
u: plastid ribosomal protein bS21c
v: 30S ribosomal protein 2, chloroplastic
w: 30S ribosomal protein 3, chloroplastic
x: 30S ribosomal protein S31, chloroplastic
y: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,618,916842
ポリマ－2,599,85161
非ポリマー19,064781
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area306490 Å2
ΔGint-2466 kcal/mol
Surface area837060 Å2
手法PISA

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要素

-
50S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 0123457CJKLNQRSTU

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / / plastid ribosomal protein bL31c


分子量: 14748.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R0R6, UniProt: P82249*PLUS
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL32c


分子量: 6650.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28804
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL33c


分子量: 7668.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Zn-binding protein / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28805
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL34c / CL34


分子量: 16126.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82244
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL35c / CL35


分子量: 17376.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P23326
#6: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL36c


分子量: 4414.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Zn-binding protein / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12230
#8: タンパク質 50S ribosomal protein 6, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein cL38 / PSRP6 / CL25 / Plastid-specific 50S ribosomal protein 6 / PSRP-6


分子量: 12080.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82411
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL2c / Ribosomal protein CS-L4


分子量: 29853.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06509
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L11, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL11c / CL11


分子量: 23689.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P31164
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL13c / CL13


分子量: 28211.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12629
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / リボソーム / Ribosomal protein CS-L29


分子量: 13484.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09596
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL15c / Ribosomal protein CS-L24


分子量: 15328.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P17353
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL19c / CL19


分子量: 26121.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82413
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL20c


分子量: 15725.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28803
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bL21c / CL21 / CS-L7


分子量: 28441.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 68-81 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P24613
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL22c / Ribosomal protein CS-L13


分子量: 23292.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09594
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uL23c / PRPL23


分子量: 21832.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9LWB5

+
Plastid ribosomal protein ... , 22種, 22分子 6DEFGHIMOPVXYZ8fijmqtu

#7: タンパク質 plastid ribosomal protein cL37, PSRP5


分子量: 15694.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9S2M7, UniProt: P27684*PLUS
#12: タンパク質 plastid ribosomal protein uL3c


分子量: 33034.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QEC7, UniProt: P82191*PLUS
#13: タンパク質 plastid ribosomal protein uL4c


分子量: 32541.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RVQ9, UniProt: O49937*PLUS
#14: タンパク質 plastid ribosomal protein uL5c


分子量: 28182.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 39-52 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RJX4, UniProt: P82192*PLUS
#15: タンパク質 plastid ribosomal protein uL6c


分子量: 24516.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4N9, UniProt: P82193*PLUS
#16: タンパク質 plastid ribosomal protein bL9c


分子量: 22038.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RQ91, UniProt: P82180*PLUS
#17: タンパク質 plastid ribosomal protein uL10c


分子量: 26128.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R3N5, UniProt: P82139*PLUS
#21: タンパク質 plastid ribosomal protein uL15c


分子量: 29081.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QHT0, UniProt: P22798*PLUS
#23: タンパク質 plastid ribosomal protein uL14c


分子量: 14577.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RLJ4, UniProt: P82194*PLUS
#24: タンパク質 plastid ribosomal protein uL18c


分子量: 18410.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QQ60, UniProt: P82195*PLUS
#30: タンパク質 plastid ribosomal protein uL24c


分子量: 21417.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9QFU9, UniProt: P27683*PLUS
#32: タンパク質 plastid ribosomal protein bL27c


分子量: 21366.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R4I2, UniProt: P82190*PLUS
#33: タンパク質 plastid ribosomal protein bL28c


分子量: 16460.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RD02, UniProt: P82245*PLUS
#34: タンパク質 plastid ribosomal protein uL29c


分子量: 19083.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R7W8, UniProt: P82248*PLUS
#36: タンパク質 plastid ribosomal protein bS1c


分子量: 14826.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 1001-1068 (OB-fold) and residues 1101-1143 and 1201-1263 (extensions) were built as poly-alanine and deposited as UNK.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#42: タンパク質 plastid ribosomal protein bS6c


分子量: 23510.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R0H2, UniProt: P82403*PLUS
#45: タンパク質 plastid ribosomal protein uS9c


分子量: 22415.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RY17, UniProt: P82278*PLUS
#46: タンパク質 plastid ribosomal protein uS10c


分子量: 21440.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RWE7, UniProt: P82162*PLUS
#49: タンパク質 plastid ribosomal protein uS13c


分子量: 19310.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9R024, UniProt: P82163*PLUS
#53: タンパク質 plastid ribosomal protein uS17c


分子量: 18151.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RRR0, UniProt: P82137*PLUS
#56: タンパク質 plastid ribosomal protein bS20c


分子量: 20147.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#57: タンパク質 plastid ribosomal protein bS21c


分子量: 20616.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: A0A0K9RHF9, UniProt: P82024*PLUS

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 ABWza

#9: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA / plastid 23S rRNA


分子量: 911344.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084
#10: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA / plastid 5S rRNA


分子量: 39014.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#31: RNA鎖 4.5S ribosomal RNA / plastid 4.5S rRNA


分子量: 34334.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 12299
#35: RNA鎖 tRNA-Phe


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: An idealized full-length E-site E.coli tRNA-Phe (76 residues) from PDB 2J00 was fitted into the density and adjusted prior to minimization.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
#37: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA / plastid 16S rRNA


分子量: 483466.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: GenBank: 7636084

-
30S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 bcdeghklnoprsvwx

#38: タンパク質 30S ribosomal protein S2, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS2c


分子量: 26736.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P08242
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS3c


分子量: 24965.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09595
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS4c


分子量: 23454.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P13788
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S5, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS5c


分子量: 33626.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Residues 122-150 were built as poly-alanine and deposited as UNK.
由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9ST69
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS7c


分子量: 17378.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82129
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS8c


分子量: 15527.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P09597
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS11c


分子量: 14927.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06506
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS12c


分子量: 13794.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P62128
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S14, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS14c


分子量: 11809.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06507
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS15c


分子量: 10778.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3I4
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bS16c


分子量: 10454.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P28807
#54: タンパク質 30S ribosomal protein S18, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bS18c


分子量: 12079.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: Q9M3K7
#55: タンパク質 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein uS19c / CS-S23


分子量: 10632.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P06508
#58: タンパク質 30S ribosomal protein 2, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein cS22 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 2 / PSRP-2


分子量: 28327.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82277
#59: タンパク質 30S ribosomal protein 3, chloroplastic / リボソーム / Pplastid ribosomal protein cS23 / plastid-specific 30S ribosomal protein 3 / PSRP-3


分子量: 20312.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P82412
#60: タンパク質 30S ribosomal protein S31, chloroplastic / リボソーム / plastid ribosomal protein bTHXc / Plastid-specific 30S ribosomal protein 4 / PSRP-4


分子量: 10602.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P47910

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タンパク質 , 1種, 1分子 y

#61: タンパク質 Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / plastid pY / 30S ribosomal protein 1 / CS-S5 / CS5 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 1 / ...plastid pY / 30S ribosomal protein 1 / CS-S5 / CS5 / Plastid-specific 30S ribosomal protein 1 / PSrp-1 / Ribosomal protein 1 / S22


分子量: 33799.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P19954

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非ポリマー , 2種, 781分子

#62: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#63: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chloroplast 70S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#61 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / Organelle: chloroplast / 組織: leaf
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris hydrochlorideTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
225 mMPotassium chlorideKCl1
325 mMMagnesium acetateMg(CH3COO)21
42 mMDithiothreitolジチオトレイトールDTT1
50.05 mMSpermineスペルミン1
62 mMSpermidineスペルミジン1
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.77 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2796
画像スキャン動画フレーム数/画像: 8 / 利用したフレーム数/画像: 2-8

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN1.9粒子像選択Batchboxer
2EPU画像取得
4CTFFIND3CTF補正CTF estimation
5RELION1.4CTF補正Amplitude correction
8UCSF Chimera1.11.2モデルフィッティング
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
14PHENIX1.11.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 326094
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140583 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 90.8 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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