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- PDB-5mim: Xray structure of human furin bound with the 2,5-dideoxystreptami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mim
タイトルXray structure of human furin bound with the 2,5-dideoxystreptamine derived small molecule inhibitor 1n
要素Furinフーリン (タンパク質)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / proprotein convertase / inhibitor (酵素阻害剤) / protease (プロテアーゼ) / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


フーリン (タンパク質) / nerve growth factor production / dibasic protein processing / plasma lipoprotein particle remodeling / NGF processing / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / peptide biosynthetic process / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / signal peptide processing / regulation of cholesterol transport ...フーリン (タンパク質) / nerve growth factor production / dibasic protein processing / plasma lipoprotein particle remodeling / NGF processing / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / peptide biosynthetic process / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / signal peptide processing / regulation of cholesterol transport / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / cytokine precursor processing / Pre-NOTCH Processing in Golgi / secretion by cell / Synthesis and processing of ENV and VPU / nerve growth factor binding / Formation of the cornified envelope / Signaling by PDGF / trans-Golgi network transport vesicle / blastocyst formation / Elastic fibre formation / heparan sulfate binding / Signaling by NODAL / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / zymogen activation / regulation of endopeptidase activity / peptide hormone processing / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of protein catabolic process / Activation of Matrix Metalloproteinases / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Uptake and function of anthrax toxins / protein maturation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / regulation of signal transduction / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / ウイルスのライフサイクル / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / serine-type peptidase activity / extracellular matrix organization / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / peptide binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / ゴルジ体 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protein processing / Golgi lumen / heparin binding / peptidase activity / viral translation / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / protease binding / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / viral protein processing / endosome membrane / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / ゴルジ体 / serine-type endopeptidase activity / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase S8, pro-domain / Peptidase S8, pro-domain superfamily / Peptidase S8 pro-domain / Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. ...Peptidase S8, pro-domain / Peptidase S8, pro-domain superfamily / Peptidase S8 pro-domain / Kexin/furin catalytic domain / P domain / Proprotein convertase P-domain / P/Homo B domain profile. / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Galactose-binding domain-like / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1N / フーリン (タンパク質)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dahms, S.O. / Guan-Sheng, J. / Than, M.E.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Studies Revealed Active Site Distortions of Human Furin by a Small Molecule Inhibitor.
著者: Dahms, S.O. / Jiao, G.S. / Than, M.E.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Furin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,81211
ポリマ－52,3891
非ポリマー1,42310
水8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.204, 132.204, 155.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

NA

21A-607-

NA

31A-1122-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Furin / フーリン (タンパク質) / Dibasic-processing enzyme / Paired basic amino acid residue-cleaving enzyme / PACE


分子量: 52388.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FURIN, FUR, PACE, PCSK3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09958, フーリン (タンパク質)

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非ポリマー , 5種, 495分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-1N / 1-[(1~{R},2~{R},4~{S},5~{S})-2,4-bis(4-carbamimidamidophenoxy)-5-[(4-carbamimidamidophenyl)amino]cyclohexyl]guanidine


分子量: 587.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H37N13O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: CRYSTALLIZATION SOLUTION: 100 MM MES, 200 MM K/NAH2PO4, PH 5.5-6.0, 3-4 M NACL, 3% DMSO; RESERVOIR SOLUTION: 3-4 M NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.12 Å / Num. obs: 63025 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.791 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / CC1/2: 0.732 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JXG

5jxg


解像度: 1.9→41.694 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1838 3071 4.87 %
Rwork0.1647 --
obs0.1656 63009 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.694 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3608 0 94 485 4187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.075312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8961438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005709
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9003-1.930.29241400.25342605X-RAY DIFFRACTION97
1.93-1.96170.27111390.23722651X-RAY DIFFRACTION99
1.9617-1.99550.251130.22612669X-RAY DIFFRACTION98
1.9955-2.03180.22331290.21952659X-RAY DIFFRACTION98
2.0318-2.07090.23561410.2052682X-RAY DIFFRACTION99
2.0709-2.11310.21011560.19482670X-RAY DIFFRACTION100
2.1131-2.15910.21371340.1832716X-RAY DIFFRACTION100
2.1591-2.20930.23121400.17742686X-RAY DIFFRACTION99
2.2093-2.26460.2081360.16852695X-RAY DIFFRACTION100
2.2646-2.32580.22651250.17272729X-RAY DIFFRACTION100
2.3258-2.39420.19091270.16422727X-RAY DIFFRACTION100
2.3942-2.47150.20121300.17572717X-RAY DIFFRACTION100
2.4715-2.55980.19211360.16952708X-RAY DIFFRACTION99
2.5598-2.66230.2141230.17612727X-RAY DIFFRACTION99
2.6623-2.78340.18661530.16962704X-RAY DIFFRACTION100
2.7834-2.93010.21531480.1792743X-RAY DIFFRACTION100
2.9301-3.11370.16861400.16512755X-RAY DIFFRACTION100
3.1137-3.3540.17331520.15282750X-RAY DIFFRACTION100
3.354-3.69130.15791510.13792769X-RAY DIFFRACTION100
3.6913-4.2250.13941470.11872789X-RAY DIFFRACTION100
4.225-5.32130.12441510.12492829X-RAY DIFFRACTION99
5.3213-41.70410.16661600.17372958X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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