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- PDB-5me1: Structure of the 30S Pre-Initiation Complex 2 (30S IC-2) Stalled ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5me1
タイトルStructure of the 30S Pre-Initiation Complex 2 (30S IC-2) Stalled by GE81112
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (Translation initiation factor IF- ...) x 4
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • fMet-tRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Initiation of Translation
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / ribosomal small subunit binding / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / chaperone-mediated protein folding ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / ribosomal small subunit binding / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of translational initiation / translational initiation / regulation of mRNA stability / translation initiation factor activity / response to cold / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor 3 ...Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Initiation factor 2 associated domain, bacterial / Bacterial translation initiation factor IF-2 associated region / Translation initiation factor IF-1 / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor IF-2, N-terminal / Translation initiation factor IF-2, N-terminal region / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Translation initiation factor IF-2, domain II / Initiation factor 2 signature. / Translation initiation factor IF-2, bacterial-like / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
N-ホルミルメチオニン / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S16 / Translation initiation factor IF-3 / 30S ribosomal protein S16 ...N-ホルミルメチオニン / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S16 / Translation initiation factor IF-3 / 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Translation initiation factor IF-3 / Translation initiation factor IF-2 / Translation initiation factor IF-3 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Translation initiation factor IF-1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.5 Å
データ登録者Lopez-Alonso, J.P. / Fabbretti, A. / Kaminishi, T. / Iturrioz, I. / Brandi, L. / Gil Carton, D. / Gualerzi, C. / Fucini, P. / Connell, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Structure of a 30S pre-initiation complex stalled by GE81112 reveals structural parallels in bacterial and eukaryotic protein synthesis initiation pathways.
著者: Jorge P López-Alonso / Attilio Fabbretti / Tatsuya Kaminishi / Idoia Iturrioz / Letizia Brandi / David Gil-Carton / Claudio O Gualerzi / Paola Fucini / Sean R Connell /
要旨: In bacteria, the start site and the reading frame of the messenger RNA are selected by the small ribosomal subunit (30S) when the start codon, typically an AUG, is decoded in the P-site by the ...In bacteria, the start site and the reading frame of the messenger RNA are selected by the small ribosomal subunit (30S) when the start codon, typically an AUG, is decoded in the P-site by the initiator tRNA in a process guided and controlled by three initiation factors. This process can be efficiently inhibited by GE81112, a natural tetrapeptide antibiotic that is highly specific toward bacteria. Here GE81112 was used to stabilize the 30S pre-initiation complex and obtain its structure by cryo-electron microscopy. The results obtained reveal the occurrence of changes in both the ribosome conformation and initiator tRNA position that may play a critical role in controlling translational fidelity. Furthermore, the structure highlights similarities with the early steps of initiation in eukaryotes suggesting that shared structural features guide initiation in all kingdoms of life.
履歴
登録2016年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_imaging_optics / em_software ...em_imaging_optics / em_software / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.name
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
改定 1.52019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.62019年11月13日Group: Data collection / Other / カテゴリ: symmetry
Item: _symmetry.Int_Tables_number / _symmetry.space_group_name_H-M

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3495
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S4
E: 30S ribosomal protein S5
F: 30S ribosomal protein S6
G: 30S ribosomal protein S7
H: 30S ribosomal protein S8
I: 30S ribosomal protein S9
J: 30S ribosomal protein S10
K: 30S ribosomal protein S11
L: 30S ribosomal protein S12
M: 30S ribosomal protein S13
N: 30S ribosomal protein S14
O: 30S ribosomal protein S15
P: 30S ribosomal protein S16
Q: 30S ribosomal protein S17
R: 30S ribosomal protein S18
S: 30S ribosomal protein S19
T: 30S ribosomal protein S20
U: 30S ribosomal protein S21
V: Translation initiation factor IF-1
W: Translation initiation factor IF-2
Y: Translation initiation factor IF-3
Z: Translation initiation factor IF-3
X: fMet-tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)953,58827
ポリマ－953,41026
非ポリマー1771
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AX

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 802133627
#26: RNA鎖 fMet-tRNA


分子量: 24818.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 3JCN / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 731469900

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 15211.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13683.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsM, b3298, JW3260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 /


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 11464.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: D8AGC4, UniProt: A0A0U4BH30*PLUS
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21 /


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Taken from PDB entry 4YBB / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

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Translation initiation factor IF- ... , 4種, 4分子 VWYZ

#22: タンパク質 Translation initiation factor IF-1


分子量: 8247.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 1HR0
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: infA, TTHA1669 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SHR1
#23: タンパク質 Translation initiation factor IF-2


分子量: 97498.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 3JCN / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: infB, gicD, ssyG, b3168, JW3137 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A705
#24: タンパク質 Translation initiation factor IF-3


分子量: 19717.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 1TIF
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus)
遺伝子: infC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03000
#25: タンパク質 Translation initiation factor IF-3


分子量: 16667.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Taken from PDB entry 2IFE / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A192C6K3, UniProt: P0A707*PLUS

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非ポリマー , 1種, 1分子

#27: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 30S Pre-Initiation Complex IC-2 Stalled by GE81112 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#26 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンTrisHCl1
27 mMMagnesium chlorideMgCl21
360 mMAmmonium acetateCH3CO2NH41
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 74183 X / Cs: 2 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 17 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 261
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION1.4粒子像選択
2DigitalMicrograph画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Situsモデルフィッティング
9RELION1.4初期オイラー角割当
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.4３次元再構成
13Coot0.8.3モデル精密化For minimizing the conformation of the linking residues of ligands that were fitted as multiple independent bodies i.e. domains G2-C1 and C2 of IF2, and residues 1-72 and 73-76 of the mRNA.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 174142
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 13.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26776 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: The fitting of the model to the EM volume was performed through rigid body fitting. The head and the body of the 30S were treated as independent bodies. Due to the low resolution of the ...詳細: The fitting of the model to the EM volume was performed through rigid body fitting. The head and the body of the 30S were treated as independent bodies. Due to the low resolution of the volume, the conformation of the linking bases was not minimized. In addition, some of the clashes of the model are produced by flexible loops or protein side chains that were not refined.
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
14YBB

4ybb

1
23JCN

3jcn

b1
33JCN

3jcn

v1
41HR0

1hr0

W1
52IFE

2ife

A190-180
61TIF

1tif

A13-78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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