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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ly6 | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the membrane pore complex of Pneumolysin at 4.5A | ||||||
要素 | Pneumolysin | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / Bacterial toxins / pore complex / cryoEM structure / cholesterol-dependent cytolysin (コレステロール依存性細胞溶解素) / Pneumolysin / membrane pore | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholesterol binding / toxin activity / killing of cells of another organism / host cell plasma membrane / extracellular region / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae serotype 2 | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | van Pee, K. / Neuhaus, A. / D'Imprima, E. / Mills, D.J. / Kuehlbrandt, W. / Yildiz, O. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: CryoEM structures of membrane pore and prepore complex reveal cytolytic mechanism of Pneumolysin. 著者: Katharina van Pee / Alexander Neuhaus / Edoardo D'Imprima / Deryck J Mills / Werner Kühlbrandt / Özkan Yildiz / 要旨: Many pathogenic bacteria produce pore-forming toxins to attack and kill human cells. We have determined the 4.5 Å structure of the ~2.2 MDa pore complex of pneumolysin, the main virulence factor of ...Many pathogenic bacteria produce pore-forming toxins to attack and kill human cells. We have determined the 4.5 Å structure of the ~2.2 MDa pore complex of pneumolysin, the main virulence factor of , by cryoEM. The pneumolysin pore is a 400 Å ring of 42 membrane-inserted monomers. Domain 3 of the soluble toxin refolds into two ~85 Å β-hairpins that traverse the lipid bilayer and assemble into a 168-strand β-barrel. The pore complex is stabilized by salt bridges between β-hairpins of adjacent subunits and an internal α-barrel. The apolar outer barrel surface with large sidechains is immersed in the lipid bilayer, while the inner barrel surface is highly charged. Comparison of the cryoEM pore complex to the prepore structure obtained by electron cryo-tomography and the x-ray structure of the soluble form reveals the detailed mechanisms by which the toxin monomers insert into the lipid bilayer to perforate the target membrane. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ly6.cif.gz | 102.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ly6.ent.gz | 81.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ly6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/5ly6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/5ly6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52866.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: ply, SPD_1726 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04IN8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pneumolysin pore complex / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 2.2 MDa |
由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / プラスミド: pET15 |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 1.02 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C42 (42回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6461 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5AOD PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 1-471 |