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万見
- PDB-5lxj: Solution NMR structure of the X domain of Peste des Petits Rumina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lxj
タイトルSolution NMR structure of the X domain of Peste des Petits Ruminants phosphoprotein
要素Phosphoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / XD domain Nucleocapsid binding domain / STRUCTURE FROM CYANA 3.97 (構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / viral nucleocapsid / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Peste-des-petits-ruminants virus (小反芻獣疫)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Pereira, N. / Piuzzi, M. / Bontems, F. / Eleouet, J.-F. / Sizun, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution structure of the X domain of Peste des Petits Ruminants Virus phosphoprotein and interaction with the nucleoprotein
著者: Pereira, N. / Basbous, N. / Piuzzi, M. / Bontems, F. / Eleouet, J.-F. / Sizun, C.
履歴
登録2016年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9651
ポリマ－5,9651
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4130 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Phosphoprotein /


分子量: 5964.977 Da / 分子数: 1 / 断片: X domain, UNP residues 459-509 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: This peptide contains residues S459-P509. The two N-terminal GS residues are left from an N-terminal GST-tag cleaved with thrombin.
由来: (組換発現) Peste-des-petits-ruminants virus (小反芻獣疫)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91QS4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D HN(COCA)CB
181isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D HBHA(CO)NH
161isotropic12D NOESY
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1112isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1102isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1132isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1142isotropic22D NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1200 uM [U-13C; U-15N] PPRV_PXD, 20 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O13C15N_H2O93% H2O/7% D2O
solution2200 uM [U-13C; U-15N] PPRV_PXD, 20 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 100% D2O13C15N_D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMPPRV_PXD[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
300 mMsodium chloridenatural abundance1
200 uMPPRV_PXD[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
300 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 300 mM / Ionic strength err: 30 / Label: 288K / pH: 7.4 / 圧: 1 bar / 温度: 288.0 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.2.2Bruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.2.2CCPNchemical shift assignment
TALOS+Yang Shen, NIDDKデータ解析
CcpNmr Analysis2.2.2CCPNpeak picking
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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