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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lqy | ||||||
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タイトル | Structure of F-ATPase from Pichia angusta, in state2 | ||||||
要素 | (ATP synthase ...ATP合成酵素) x 17 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ATP synthase (ATP合成酵素) / ATP hydrolase / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / negative regulation of hydrolase activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / heme biosynthetic process / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / negative regulation of endothelial cell proliferation / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis ...angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / negative regulation of hydrolase activity / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / heme biosynthetic process / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / negative regulation of endothelial cell proliferation / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / 赤血球形成 / ATPase binding / protein homotetramerization / ミトコンドリア内膜 / calmodulin binding / lipid binding / structural molecule activity / 細胞膜 / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Ogataea angusta (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å | ||||||
データ登録者 | Vinothkumar, K.R. / Montgomery, M.G. / Liu, S. / Walker, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016 タイトル: Structure of the mitochondrial ATP synthase from determined by electron cryo-microscopy. 著者: Kutti R Vinothkumar / Martin G Montgomery / Sidong Liu / John E Walker / 要旨: The structure of the intact monomeric ATP synthase from the fungus, , has been solved by electron cryo-microscopy. The structure provides insights into the mechanical coupling of the transmembrane ...The structure of the intact monomeric ATP synthase from the fungus, , has been solved by electron cryo-microscopy. The structure provides insights into the mechanical coupling of the transmembrane proton motive force across mitochondrial membranes in the synthesis of ATP. This mechanism requires a strong and integral stator, consisting of the catalytic αβ-domain, peripheral stalk, and, in the membrane domain, subunit a and associated supernumerary subunits, kept in contact with the rotor turning at speeds up to 350 Hz. The stator's integrity is ensured by robust attachment of both the oligomycin sensitivity conferral protein (OSCP) to the catalytic domain and the membrane domain of subunit b to subunit a. The ATP8 subunit provides an additional brace between the peripheral stalk and subunit a. At the junction between the OSCP and the apparently stiff, elongated α-helical b-subunit and associated d- and h-subunits, an elbow or joint allows the stator to bend to accommodate lateral movements during the activity of the catalytic domain. The stator may also apply lateral force to help keep the static a-subunit and rotating c-ring together. The interface between the c-ring and the a-subunit contains the transmembrane pathway for protons, and their passage across the membrane generates the turning of the rotor. The pathway has two half-channels containing conserved polar residues provided by a bundle of four α-helices inclined at ∼30° to the plane of the membrane, similar to those described in other species. The structure provides more insights into the workings of this amazing machine. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lqy.cif.gz | 636.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lqy.ent.gz | 445.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lqy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/5lqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/5lqy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATP synthase ... , 17種, 30分子 1234ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 | ||||||||||||||||||||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2145.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 | ||||||||||||||||||||||||
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Helix 1 of subunit a / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 | ||||||||||||||||||||||||
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 | ||||||||||||||||||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 55007.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: C0HK51*PLUS #6: タンパク質 | 分子量: 50852.434 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: C0HK52*PLUS #7: タンパク質 | | 分子量: 29418.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: C0HK53*PLUS #8: タンパク質 | | 分子量: 14171.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: W1QBD1*PLUS #9: タンパク質 | | 分子量: 6910.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: A0A1L1QK34*PLUS #10: タンパク質 | | 分子量: 7462.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P01096*PLUS #11: タンパク質 | 分子量: 7837.380 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: C0HK59*PLUS #12: タンパク質 | | 分子量: 20678.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: W1QCI5*PLUS #13: タンパク質 | | 分子量: 22292.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: C0HK58*PLUS #14: タンパク質 | | 分子量: 16427.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: C0HK60*PLUS #15: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 #16: タンパク質 | | 分子量: 27559.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helices 4, 5 and 6 / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 / 参照: UniProt: E7E837*PLUS #17: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3762.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Helices 2 and 3 of subunit a / 由来: (天然) Ogataea angusta (菌類) / Variant: A16 |
-非ポリマー , 3種, 11分子
#18: 化合物 | ChemComp-ATP / | ||
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#19: 化合物 | ChemComp-MG / #20: 化合物 | ChemComp-ADP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.55 MDa | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The enzyme with bound inhibitor protein extracted in DDM and purified in Cymal-7. | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Grids were blotted for 12-14 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 47000 X / 倍率(補正後): 81395 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 87.5 K |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 69 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The total exposure was 4 seconds resulting in 69 frames and a total dose of 64 e/A2. Frames were captured with an in-house protocol. For processing frames 1-32 were used. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 123683 詳細: After 2D classification, the number of particles used for orientation determination and reconstruction was 100724 particles followed by per-particle motion correction and B-factor weighting. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23065 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: The refinement of whole data was done at 1.72 A sampling. The map was scaled to 1.75 A after comparison with the model. |