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- PDB-5lnk: Entire ovine respiratory complex I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lnk
タイトルEntire ovine respiratory complex I
要素
  • (Mitochondrial complex I, ...NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)) x 42
  • Acyl carrier protein
  • NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADH:ubiquinone / complex I (NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)) / mammalian (哺乳類) / mitochondrial (ミトコンドリア)
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / electron transport coupled proton transport / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I ...Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / electron transport coupled proton transport / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / 細胞呼吸 / ATP metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / respiratory electron transport chain / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / negative regulation of cell growth / 概日リズム / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / ミトコンドリア内膜 / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / negative regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / ミトコンドリア / 核質 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Rossmann fold - #12280 / Helix Hairpins - #3510 / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / de novo design (two linked rop proteins) / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Complex1_LYR-like ...NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / Rossmann fold - #12280 / Helix Hairpins - #3510 / Ubiquitin-like (UB roll) - #600 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit / de novo design (two linked rop proteins) / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Complex1_LYR-like / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Soluble ligand binding domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, metazoa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, animal type / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NADH dehydrogenase 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase 1 alpha subcomplex subunit 3 / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2, NDUC2 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit NDUFB4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit b14.5b (NDUFC2) / NADH-ubiquinone oxidoreductase B15 subunit (NDUFB4) / NADH dehydrogenase 1, beta subcomplex, subunit 6 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB6/B17 subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase chain 4, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2, C-terminal / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4, amino terminus / NADH dehydrogenase subunit 2 C-terminus / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFB5/SGDH subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8 / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit (CI-ASHI or NDUFB8) / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NDUFA6, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NDUFB9, LYR domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Deoxynucleoside kinase domain / デオキシヌクレオシドキナーゼ / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / Complex 1 LYR protein domain / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / Complex 1 protein (LYR family) / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / 鉄・硫黄クラスター / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / フラビンモノヌクレオチド / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / 鉄・硫黄クラスター / Chem-ZMP / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / Complex I-PDSW / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Fiedorczuk, K. / Letts, J.A. / Kaszuba, K. / Sazanov, L.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105674180 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Atomic structure of the entire mammalian mitochondrial complex I.
著者: Karol Fiedorczuk / James A Letts / Gianluca Degliesposti / Karol Kaszuba / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
要旨: Mitochondrial complex I (also known as NADH:ubiquinone oxidoreductase) contributes to cellular energy production by transferring electrons from NADH to ubiquinone coupled to proton translocation ...Mitochondrial complex I (also known as NADH:ubiquinone oxidoreductase) contributes to cellular energy production by transferring electrons from NADH to ubiquinone coupled to proton translocation across the membrane. It is the largest protein assembly of the respiratory chain with a total mass of 970 kilodaltons. Here we present a nearly complete atomic structure of ovine (Ovis aries) mitochondrial complex I at 3.9 Å resolution, solved by cryo-electron microscopy with cross-linking and mass-spectrometry mapping experiments. All 14 conserved core subunits and 31 mitochondria-specific supernumerary subunits are resolved within the L-shaped molecule. The hydrophilic matrix arm comprises flavin mononucleotide and 8 iron-sulfur clusters involved in electron transfer, and the membrane arm contains 78 transmembrane helices, mostly contributed by antiporter-like subunits involved in proton translocation. Supernumerary subunits form an interlinked, stabilizing shell around the conserved core. Tightly bound lipids (including cardiolipins) further stabilize interactions between the hydrophobic subunits. Subunits with possible regulatory roles contain additional cofactors, NADPH and two phosphopantetheine molecules, which are shown to be involved in inter-subunit interactions. We observe two different conformations of the complex, which may be related to the conformationally driven coupling mechanism and to the active-deactive transition of the enzyme. Our structure provides insight into the mechanism, assembly, maturation and dysfunction of mitochondrial complex I, and allows detailed molecular analysis of disease-causing mutations.
履歴
登録2016年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Refinement description
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: em_sample_support / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.42021年6月2日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4093
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Mitochondrial complex I, 51 kDa subunit
2: Mitochondrial complex I, 24 kDa subunit
3: Mitochondrial complex I, 75 kDa subunit
4: Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit
5: Mitochondrial complex I, 30 kDa subunit
6: Mitochondrial complex I, PSST subunit
9: Mitochondrial complex I, TYKY subunit
H: Mitochondrial complex I, ND1 subunit
N: Mitochondrial complex I, ND2 subunit
A: Mitochondrial complex I, ND3 subunit
M: Mitochondrial complex I, ND4 subunit
K: Mitochondrial complex I, ND4L subunit
L: Mitochondrial complex I, ND5 subunit
J: Mitochondrial complex I, ND6 subunit
a: Mitochondrial complex I, 10 kDa subunit
b: Mitochondrial complex I, 13 kDa subunit
c: Mitochondrial complex I, 18 kDa subunit
d: Mitochondrial complex I, 39 kDa subunit
e: Mitochondrial complex I, B8 subunit
f: Mitochondrial complex I, B13 subunit
g: Mitochondrial complex I, B14 subunit
h: Mitochondrial complex I, B14.5a subunit
i: Mitochondrial complex I, B17.2 subunit
j: Acyl carrier protein
k: Mitochondrial complex I, 42 kDa subunit
l: Mitochondrial complex I, 15 kDa subunit
m: Mitochondrial complex I, B9 subunit
n: Mitochondrial complex I, B12 subunit
o: Mitochondrial complex I, B14.5b subunit
p: Mitochondrial complex I, B15 subunit
q: Mitochondrial complex I, B16.6 subunit
r: Mitochondrial complex I, B17 subunit
s: Mitochondrial complex I, B18 subunit
t: Mitochondrial complex I, B22 subunit
u: Mitochondrial complex I, AGGG subunit
v: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
w: Mitochondrial complex I, ESSS subunit
x: Mitochondrial complex I, KFYI subunit
y: Mitochondrial complex I, MNLL subunit
z: Mitochondrial complex I, MWFE subunit
Z: Mitochondrial complex I, PDSW subunit
Y: Mitochondrial complex I, PGIV subunit
X: Acyl carrier protein
W: Mitochondrial complex I, SGDH subunit
V: Mitochondrial complex I, B14.7 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)978,90270
ポリマ－962,23745
非ポリマー16,66525
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area261030 Å2
ΔGint-1817 kcal/mol
Surface area296700 Å2
手法PISA

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要素

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Mitochondrial complex I, ... , 42種, 42分子 1234569HNAMKLJabcdefghiklmnopq...

#1: タンパク質 Mitochondrial complex I, 51 kDa subunit


分子量: 48678.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PUX0
#2: タンパク質 Mitochondrial complex I, 24 kDa subunit


分子量: 23840.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NRY1
#3: タンパク質 Mitochondrial complex I, 75 kDa subunit


分子量: 77031.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QB34
#4: タンパク質 Mitochondrial complex I, 49 kDa subunit


分子量: 47120.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PJ73
#5: タンパク質 Mitochondrial complex I, 30 kDa subunit


分子量: 26441.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PB27
#6: タンパク質 Mitochondrial complex I, PSST subunit


分子量: 20104.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIProt XP_012033846.2 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P42026*PLUS
#7: タンパク質 Mitochondrial complex I, TYKY subunit


分子量: 20219.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_011972879.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P42028*PLUS
#8: タンパク質 Mitochondrial complex I, ND1 subunit / NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 35884.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: O78747
#9: タンパク質 Mitochondrial complex I, ND2 subunit / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39149.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: O78748
#10: タンパク質 Mitochondrial complex I, ND3 subunit / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13106.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: O78753
#11: タンパク質 Mitochondrial complex I, ND4 subunit / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 52058.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: O78755
#12: タンパク質 Mitochondrial complex I, ND4L subunit / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10840.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: O78754
#13: タンパク質 Mitochondrial complex I, ND5 subunit / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 67554.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: O78756
#14: タンパク質 Mitochondrial complex I, ND6 subunit / NADH dehydrogenase subunit 6


分子量: 19126.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: O78757
#15: タンパク質 Mitochondrial complex I, 10 kDa subunit


分子量: 8423.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_011991231.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P25712*PLUS
#16: タンパク質 Mitochondrial complex I, 13 kDa subunit


分子量: 10651.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_011980592.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: P23934*PLUS
#17: タンパク質 Mitochondrial complex I, 18 kDa subunit


分子量: 15375.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004017046.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PE07*PLUS
#18: タンパク質 Mitochondrial complex I, 39 kDa subunit


分子量: 38660.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PI58
#19: タンパク質 Mitochondrial complex I, B8 subunit


分子量: 10966.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QAH8
#20: タンパク質 Mitochondrial complex I, B13 subunit


分子量: 13156.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004005022.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PNX7
#21: タンパク質 Mitochondrial complex I, B14 subunit


分子量: 14923.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QC06
#22: タンパク質 Mitochondrial complex I, B14.5a subunit


分子量: 12399.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004008614.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P0I2
#23: タンパク質 Mitochondrial complex I, B17.2 subunit


分子量: 17115.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: B9VGZ9
#25: タンパク質 Mitochondrial complex I, 42 kDa subunit


分子量: 36803.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QBF5
#26: タンパク質 Mitochondrial complex I, 15 kDa subunit


分子量: 12474.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004001873.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QFF9*PLUS
#27: タンパク質 Mitochondrial complex I, B9 subunit


分子量: 9194.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NYM7
#28: タンパク質 Mitochondrial complex I, B12 subunit


分子量: 11015.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5Q5T4
#29: タンパク質 Mitochondrial complex I, B14.5b subunit


分子量: 14231.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004019479.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P9Q8*PLUS
#30: タンパク質 Mitochondrial complex I, B15 subunit


分子量: 14975.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004003003.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QF73*PLUS
#31: タンパク質 Mitochondrial complex I, B16.6 subunit / Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic- ...Cell death regulatory protein GRIM-19 / Complex I-B16.6 / CI-B16.6 / Gene associated with retinoic-interferon-induced mortality 19 protein / GRIM-19 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B16.6 subunit


分子量: 16635.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004008450.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: Q95KV7*PLUS
#32: タンパク質 Mitochondrial complex I, B17 subunit


分子量: 15433.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PZE3
#33: タンパク質 Mitochondrial complex I, B18 subunit


分子量: 16282.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5P5V3
#34: タンパク質 Mitochondrial complex I, B22 subunit


分子量: 21648.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PGA3
#35: タンパク質 Mitochondrial complex I, AGGG subunit


分子量: 8500.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PVD7
#37: タンパク質 Mitochondrial complex I, ESSS subunit


分子量: 14455.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PWF1
#38: タンパク質・ペプチド Mitochondrial complex I, KFYI subunit / Complex I-KFYI / CI-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 5808.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004017292.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: Q02376*PLUS
#39: タンパク質 Mitochondrial complex I, MNLL subunit


分子量: 6930.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_004018002.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QG39*PLUS
#40: タンパク質 Mitochondrial complex I, MWFE subunit


分子量: 8211.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot NP_001305903.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: Q02377*PLUS
#41: タンパク質 Mitochondrial complex I, PDSW subunit


分子量: 20880.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NCBIprot XP_011999786.1 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5Q5Y9*PLUS
#42: タンパク質 Mitochondrial complex I, PGIV subunit


分子量: 20008.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5PYA5
#43: タンパク質 Mitochondrial complex I, SGDH subunit


分子量: 16714.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5QHN8
#44: タンパク質 Mitochondrial complex I, B14.7 subunit


分子量: 10145.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: UniProt W5PAR2 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ)

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タンパク質 , 2種, 3分子 jXv

#24: タンパク質 Acyl carrier protein /


分子量: 10119.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5NQT7
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Complex I-ASHI / NADH-ubiquinone oxidoreductase ASHI subunit


分子量: 18818.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: W5Q1B0

-
非ポリマー , 10種, 25分子

#45: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#46: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#47: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#48: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / DSPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 748.065 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#49: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE / ホスファチジルコリン


分子量: 790.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#50: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#51: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#52: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#53: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS
#54: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸 / Phosphopantetheine


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial complex INADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.97 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMSodium Chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
220 mMHEPES1
32 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸1
41.5 %Glycerolグリセリン1
50.2 %Brij-351
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 34s blotting

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 100720 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 26 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2600
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10_2148: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
10RELION1.4最終オイラー角割当
11RELION1.4分類
12RELION1.4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 241000
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4HEA

4hea


詳細: For the fourteen core subunits we used as a starting point our previous structure from T. thermophilus (PDB 4HEA) with sequence adjusted to ovine and side-chains rebuilt in SQWRL4. These are ...詳細: For the fourteen core subunits we used as a starting point our previous structure from T. thermophilus (PDB 4HEA) with sequence adjusted to ovine and side-chains rebuilt in SQWRL4. These are chains 1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, H, A, J, K, N, M and L (with the same chain IDs as in 4HEA). For the remaining supernumerary subunits it was mostly de novo building with some help from homology modeling, which in most cases was not very useful due to low sequence homology. In few cases models produced by Phyre2 server were useful and were used as a starting point, due to the presence of templates with high coverage and confidence: 42kDa (chain k) - PDB ID 1P6X (xray) 39kDa (chain d) - PDB ID 3WJ7 (xray) SDAPs (chains j and X) - PDB ID 2DNW (NMR) B8 (chain e) - PDB ID 1S3A (NMR)
精密化最高解像度: 3.9 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00765328
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.01788635
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.54539246
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0549813
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00611218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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